More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1240 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0547  NifA subfamily transcriptional regulator  87.31 
 
 
581 aa  1000    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202829  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1240  transcriptional regulator NifA  100 
 
 
582 aa  1166    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0431383  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2198  transcriptional regulator NifA  87.31 
 
 
581 aa  1000    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3648  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  48.38 
 
 
576 aa  472  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.4281 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0993  transcriptional regulator NifA  45.85 
 
 
600 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4475  transcriptional regulator NifA  46.03 
 
 
580 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.391339 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1061  transcriptional regulator NifA  46.29 
 
 
582 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.798583  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  46.98 
 
 
580 aa  458  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5113  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  45.67 
 
 
584 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0393  transcriptional regulator NifA  44.41 
 
 
627 aa  452  1.0000000000000001e-126  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0957  transcriptional regulator NifA  45.06 
 
 
583 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3529  transcriptional regulator NifA  46.46 
 
 
608 aa  451  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0603248  normal  0.0582265 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0082  transcriptional regulator NifA  44.78 
 
 
597 aa  445  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.765061 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4004  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  43.5 
 
 
599 aa  424  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1577  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  43.41 
 
 
581 aa  421  1e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  46.95 
 
 
572 aa  405  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  41.33 
 
 
545 aa  401  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  41.33 
 
 
545 aa  401  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  49.67 
 
 
547 aa  396  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  41.2 
 
 
593 aa  386  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1570  transcriptional regulator NifA  45.62 
 
 
569 aa  384  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.840602  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6232  transcriptional regulator NifA  45.01 
 
 
541 aa  370  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4925  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  56.18 
 
 
360 aa  364  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5044  transcriptional regulator, Fis family  53.12 
 
 
361 aa  361  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000694611  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  46.58 
 
 
525 aa  341  2.9999999999999998e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  45.41 
 
 
524 aa  340  4e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  40.71 
 
 
522 aa  335  2e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  38.93 
 
 
511 aa  323  5e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1487  helix-turn-helix, Fis-type:Nif-specific regulatory protein  44.32 
 
 
549 aa  316  8e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.659732 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  42.76 
 
 
550 aa  313  4.999999999999999e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  39.23 
 
 
485 aa  311  1e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  33.57 
 
 
502 aa  309  1.0000000000000001e-82  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3032  NifA subfamily transcriptional regulator  37.12 
 
 
532 aa  305  1.0000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  42.14 
 
 
542 aa  305  2.0000000000000002e-81  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.64 
 
 
544 aa  299  9e-80  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  35.25 
 
 
537 aa  295  1e-78  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  33.11 
 
 
549 aa  293  8e-78  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  42.44 
 
 
507 aa  288  1e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  38.09 
 
 
545 aa  287  4e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.42 
 
 
483 aa  286  9e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46 
 
 
472 aa  285  1.0000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.42 
 
 
485 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.42 
 
 
483 aa  285  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  53.88 
 
 
473 aa  284  3.0000000000000004e-75  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.85 
 
 
458 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.71 
 
 
480 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.18 
 
 
543 aa  283  7.000000000000001e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.78 
 
 
515 aa  282  1e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.44 
 
 
458 aa  282  1e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.37 
 
 
544 aa  282  1e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3211  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  40.96 
 
 
535 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.050202  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4152  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.33 
 
 
480 aa  281  3e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.038607 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.41 
 
 
454 aa  280  5e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.57 
 
 
457 aa  280  6e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.69 
 
 
529 aa  279  1e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0344  two component Fis family transcriptional regulator  46.57 
 
 
452 aa  278  2e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0882822  normal  0.355114 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3111  NifA subfamily transcriptional regulator  34.96 
 
 
547 aa  278  2e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  36.91 
 
 
508 aa  278  2e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  41.5 
 
 
534 aa  277  4e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2176  NifA subfamily transcriptional regulator  40.18 
 
 
531 aa  277  4e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000386185  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.23 
 
 
533 aa  276  6e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.5 
 
 
538 aa  276  9e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.98 
 
 
454 aa  276  9e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  46.73 
 
 
539 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  37.66 
 
 
517 aa  275  2.0000000000000002e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.74 
 
 
463 aa  275  2.0000000000000002e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.04 
 
 
473 aa  274  3e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.54 
 
 
495 aa  274  3e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.04 
 
 
473 aa  274  3e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.92 
 
 
544 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.92 
 
 
604 aa  273  9e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.76 
 
 
458 aa  272  1e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.19 
 
 
452 aa  272  1e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.51 
 
 
875 aa  272  1e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2207  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  33.63 
 
 
539 aa  271  2e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  55.79 
 
 
455 aa  272  2e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.35 
 
 
470 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  47.17 
 
 
488 aa  271  2e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  44.13 
 
 
515 aa  271  2e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1505  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.63 
 
 
522 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.034794  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  45.87 
 
 
556 aa  271  2.9999999999999997e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.71 
 
 
469 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.13 
 
 
454 aa  271  2.9999999999999997e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  38.72 
 
 
522 aa  270  5e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1146  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.21 
 
 
522 aa  270  5e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.83 
 
 
488 aa  270  7e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0035  NifA subfamily transcriptional regulator  32.53 
 
 
564 aa  269  1e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.13 
 
 
473 aa  269  1e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  46.86 
 
 
488 aa  269  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  46.86 
 
 
488 aa  269  1e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.95 
 
 
561 aa  268  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  43.52 
 
 
648 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.34 
 
 
469 aa  268  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0965  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.62 
 
 
546 aa  268  2.9999999999999995e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.17468 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.34 
 
 
469 aa  268  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.87 
 
 
459 aa  268  2.9999999999999995e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  46.54 
 
 
488 aa  267  4e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.19 
 
 
458 aa  267  4e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  42.33 
 
 
459 aa  267  5e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  56.25 
 
 
641 aa  267  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>