More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_7728 on replicon NC_010627
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  64.29 
 
 
572 aa  692    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  100 
 
 
547 aa  1117    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1570  transcriptional regulator NifA  60.73 
 
 
569 aa  677    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.840602  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  50 
 
 
593 aa  529  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  50.64 
 
 
545 aa  503  1e-141  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  50.64 
 
 
545 aa  503  1e-141  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0993  transcriptional regulator NifA  45.08 
 
 
600 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3648  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  47.49 
 
 
576 aa  431  1e-119  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.4281 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0957  transcriptional regulator NifA  45.39 
 
 
583 aa  428  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3529  transcriptional regulator NifA  45.77 
 
 
608 aa  428  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0603248  normal  0.0582265 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5113  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  45.41 
 
 
584 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4475  transcriptional regulator NifA  44.7 
 
 
580 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.391339 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  45.05 
 
 
580 aa  418  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0082  transcriptional regulator NifA  44.64 
 
 
597 aa  414  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.765061 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1061  transcriptional regulator NifA  43.73 
 
 
582 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.798583  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4004  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  43.85 
 
 
599 aa  409  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1577  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  41.13 
 
 
581 aa  382  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  42.65 
 
 
511 aa  377  1e-103  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0547  NifA subfamily transcriptional regulator  48.1 
 
 
581 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202829  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1240  transcriptional regulator NifA  49.23 
 
 
582 aa  375  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0431383  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2198  transcriptional regulator NifA  48.1 
 
 
581 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  41.96 
 
 
522 aa  365  1e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0393  transcriptional regulator NifA  47.46 
 
 
627 aa  363  6e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  42.04 
 
 
525 aa  362  9e-99  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4925  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.14 
 
 
360 aa  359  5e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  44.42 
 
 
524 aa  359  7e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3032  NifA subfamily transcriptional regulator  40.19 
 
 
532 aa  354  2.9999999999999997e-96  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1487  helix-turn-helix, Fis-type:Nif-specific regulatory protein  41.19 
 
 
549 aa  353  5e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.659732 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3211  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  40.67 
 
 
535 aa  350  3e-95  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.050202  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6232  transcriptional regulator NifA  40.58 
 
 
541 aa  349  9e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5044  transcriptional regulator, Fis family  53.01 
 
 
361 aa  343  4e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000694611  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  43.31 
 
 
485 aa  342  9e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.62 
 
 
529 aa  342  1e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.55 
 
 
502 aa  333  4e-90  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2528  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.72 
 
 
579 aa  333  5e-90  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1146  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.45 
 
 
522 aa  332  7.000000000000001e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  41.2 
 
 
515 aa  332  1e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  36.22 
 
 
542 aa  331  3e-89  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  38.82 
 
 
510 aa  330  4e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  37.97 
 
 
550 aa  327  5e-88  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  34.61 
 
 
549 aa  326  7e-88  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.2 
 
 
544 aa  325  1e-87  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  34.79 
 
 
545 aa  325  1e-87  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.39 
 
 
543 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.18 
 
 
544 aa  320  5e-86  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  36.04 
 
 
537 aa  320  6e-86  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  36.35 
 
 
507 aa  316  6e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  42.15 
 
 
539 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  37.18 
 
 
508 aa  312  9e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  41.94 
 
 
522 aa  307  2.0000000000000002e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2207  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.6 
 
 
539 aa  308  2.0000000000000002e-82  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  36.3 
 
 
537 aa  307  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.68 
 
 
561 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0831  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.29 
 
 
517 aa  300  6e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0724194  normal  0.196373 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.11 
 
 
480 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  43 
 
 
459 aa  299  1e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0965  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.23 
 
 
546 aa  297  3e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.17468 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  38.56 
 
 
533 aa  296  6e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  37.06 
 
 
534 aa  295  2e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.06 
 
 
538 aa  293  6e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  37.23 
 
 
517 aa  292  9e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.11 
 
 
485 aa  291  1e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.99 
 
 
515 aa  292  1e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.53 
 
 
483 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.13 
 
 
533 aa  291  2e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.24 
 
 
483 aa  291  3e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.77 
 
 
452 aa  290  4e-77  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3111  NifA subfamily transcriptional regulator  35.69 
 
 
547 aa  290  5.0000000000000004e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0366  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.13 
 
 
508 aa  289  9e-77  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.88 
 
 
502 aa  289  1e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.87 
 
 
458 aa  288  2e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3158  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.95 
 
 
462 aa  288  2e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  35.75 
 
 
576 aa  288  2e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.85 
 
 
456 aa  288  2e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0035  NifA subfamily transcriptional regulator  33.15 
 
 
564 aa  286  5e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.78 
 
 
459 aa  286  8e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.69 
 
 
459 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.29 
 
 
458 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.18 
 
 
477 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  33.52 
 
 
527 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000979337 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.24 
 
 
459 aa  283  4.0000000000000003e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4192  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.66 
 
 
454 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00227342  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1505  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.47 
 
 
522 aa  283  5.000000000000001e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.034794  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.7 
 
 
457 aa  283  6.000000000000001e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40 
 
 
458 aa  283  6.000000000000001e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2617  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.09 
 
 
535 aa  282  1e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  42.98 
 
 
668 aa  282  1e-74  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1488  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.07 
 
 
464 aa  282  1e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.781886  normal  0.688737 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.72 
 
 
455 aa  281  2e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0372  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  45.38 
 
 
461 aa  281  2e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.26 
 
 
495 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.7 
 
 
457 aa  281  2e-74  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.06 
 
 
451 aa  281  3e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.19 
 
 
723 aa  281  3e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1219  NifA subfamily transcriptional regulator  33.87 
 
 
529 aa  281  3e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.832328  normal  0.664037 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0965  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  57.89 
 
 
466 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.605384  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.92 
 
 
454 aa  279  9e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0344  two component Fis family transcriptional regulator  46.22 
 
 
452 aa  278  2e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0882822  normal  0.355114 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.52 
 
 
469 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.28 
 
 
467 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21045  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>