More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1411 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  92.13 
 
 		 648 aa  1240    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  100 
 
 		 664 aa  1358    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  49.03 
 
 		 556 aa  481  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  48.05 
 
 		 726 aa  458  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 687 aa  449  1e-125  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.34 
 
 		 1139 aa  415  1e-114  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.77 
 
 		 488 aa  402  9.999999999999999e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  57.35 
 
 		 510 aa  397  1e-109  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 473 aa  386  1e-106  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  53.41 
 
 		 575 aa  383  1e-105  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  54.62 
 
 		 647 aa  380  1e-104  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50.13 
 
 		 806 aa  381  1e-104  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  51.5 
 
 		 641 aa  373  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  52.69 
 
 		 516 aa  375  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.17 
 
 		 875 aa  361  2e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  50.28 
 
 		 480 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  37.5 
 
 		 674 aa  357  3.9999999999999996e-97  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  51.24 
 
 		 664 aa  356  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.01 
 
 		 692 aa  355  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.01 
 
 		 692 aa  355  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.01 
 
 		 687 aa  355  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.01 
 
 		 692 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  49.6 
 
 		 639 aa  355  2e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  51.93 
 
 		 641 aa  354  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.76 
 
 		 687 aa  353  7e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  44.44 
 
 		 630 aa  352  1e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.65 
 
 		 692 aa  350  3e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.41 
 
 		 692 aa  348  1e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  47.16 
 
 		 692 aa  347  5e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.16 
 
 		 692 aa  347  5e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.16 
 
 		 692 aa  347  5e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  47.16 
 
 		 692 aa  347  5e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  47.16 
 
 		 692 aa  347  5e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.26 
 
 		 1082 aa  347  5e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  47.13 
 
 		 690 aa  346  6e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  42.96 
 
 		 629 aa  347  6e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.16 
 
 		 692 aa  347  6e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  48.63 
 
 		 624 aa  346  6e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  50.57 
 
 		 699 aa  346  8.999999999999999e-94  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  43.42 
 
 		 629 aa  345  1e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.27 
 
 		 723 aa  343  8e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  48.9 
 
 		 607 aa  343  8e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  51.97 
 
 		 700 aa  342  1e-92  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.29 
 
 		 693 aa  340  2.9999999999999998e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.86 
 
 		 602 aa  340  4e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.54 
 
 		 694 aa  340  7e-92  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  51.14 
 
 		 699 aa  339  8e-92  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  48.88 
 
 		 486 aa  339  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  48.88 
 
 		 486 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.88 
 
 		 486 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  48.88 
 
 		 486 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.92 
 
 		 635 aa  337  3.9999999999999995e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 484 aa  335  1e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.86 
 
 		 699 aa  335  2e-90  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.54 
 
 		 724 aa  334  3e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  47.61 
 
 		 488 aa  334  3e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  47.61 
 
 		 488 aa  334  3e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  46.32 
 
 		 479 aa  333  4e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  47.89 
 
 		 488 aa  333  5e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  51.75 
 
 		 342 aa  333  8e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  45.7 
 
 		 474 aa  333  9e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 488 aa  332  1e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  47.61 
 
 		 488 aa  331  3e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  52.5 
 
 		 348 aa  329  1.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  48.59 
 
 		 474 aa  327  4.0000000000000003e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  41.15 
 
 		 688 aa  325  2e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.1 
 
 		 653 aa  325  2e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  41.59 
 
 		 514 aa  325  2e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 648 aa  324  3e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  48.45 
 
 		 517 aa  324  3e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4242  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.86 
 
 		 660 aa  323  5e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.29 
 
 		 670 aa  322  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.59 
 
 		 482 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.11 
 
 		 670 aa  320  6e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.55 
 
 		 541 aa  320  6e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  43.02 
 
 		 733 aa  320  7e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.11 
 
 		 670 aa  320  7.999999999999999e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 486 aa  319  7.999999999999999e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  37.64 
 
 		 668 aa  319  1e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  42.72 
 
 		 670 aa  318  1e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  47.71 
 
 		 551 aa  319  1e-85  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  37.64 
 
 		 670 aa  319  1e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  46.35 
 
 		 486 aa  319  1e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.11 
 
 		 648 aa  318  2e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.99 
 
 		 515 aa  317  5e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2932  sigma-54 factor, interaction region  45.11 
 
 		 495 aa  316  7e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00176909  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  36.93 
 
 		 670 aa  316  7e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.31 
 
 		 460 aa  314  2.9999999999999996e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0601  Fis family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 369 aa  312  1e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  48.7 
 
 		 509 aa  312  1e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.2 
 
 		 481 aa  312  2e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  50.16 
 
 		 379 aa  312  2e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.96 
 
 		 601 aa  311  2.9999999999999997e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 		 650 aa  311  2.9999999999999997e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.09 
 
 		 509 aa  311  2.9999999999999997e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.78 
 
 		 515 aa  310  5.9999999999999995e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4753  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.85 
 
 		 557 aa  306  7e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.050677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2604  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 459 aa  305  2.0000000000000002e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.77 
 
 		 502 aa  304  4.0000000000000003e-81  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1179  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 457 aa  302  1e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.655382  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>