More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4854 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
541 aa  1112    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.67 
 
 
1082 aa  489  1e-137  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.91 
 
 
693 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.14 
 
 
515 aa  432  1e-120  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  52.5 
 
 
479 aa  426  1e-118  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.78 
 
 
875 aa  362  7.0000000000000005e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.43 
 
 
457 aa  360  4e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.41 
 
 
481 aa  359  6e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  56.6 
 
 
653 aa  359  7e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.43 
 
 
635 aa  353  5.9999999999999994e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.41 
 
 
515 aa  350  5e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.06 
 
 
723 aa  348  1e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  49.24 
 
 
688 aa  348  1e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.04 
 
 
694 aa  348  1e-94  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  50 
 
 
556 aa  347  3e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  47.07 
 
 
692 aa  346  6e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.07 
 
 
692 aa  346  6e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  47.07 
 
 
692 aa  346  6e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  47.07 
 
 
692 aa  346  6e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.07 
 
 
692 aa  346  6e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  49.09 
 
 
699 aa  345  8.999999999999999e-94  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  39.67 
 
 
699 aa  345  1e-93  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.83 
 
 
692 aa  344  2e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  37.63 
 
 
733 aa  345  2e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.83 
 
 
692 aa  343  4e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.83 
 
 
692 aa  343  5e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.66 
 
 
699 aa  343  5.999999999999999e-93  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.04 
 
 
650 aa  342  1e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.42 
 
 
488 aa  342  1e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.69 
 
 
724 aa  341  2e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.8 
 
 
687 aa  340  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.7 
 
 
692 aa  340  5.9999999999999996e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  45.91 
 
 
690 aa  339  7e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.8 
 
 
687 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.91 
 
 
692 aa  339  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.1 
 
 
670 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.8 
 
 
692 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.1 
 
 
648 aa  338  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  45.11 
 
 
670 aa  337  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.85 
 
 
670 aa  336  5e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.11 
 
 
670 aa  336  5.999999999999999e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  45.85 
 
 
668 aa  336  7e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  45.85 
 
 
670 aa  336  7e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.06 
 
 
575 aa  335  9e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  50.14 
 
 
551 aa  334  3e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  45.61 
 
 
670 aa  334  3e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  45.12 
 
 
700 aa  330  3e-89  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  48.26 
 
 
473 aa  331  3e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  51.81 
 
 
687 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.53 
 
 
461 aa  326  6e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  48.18 
 
 
641 aa  326  7e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1742  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.6 
 
 
346 aa  325  9e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167315  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  48.98 
 
 
510 aa  325  1e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  48.35 
 
 
664 aa  325  2e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  49.14 
 
 
516 aa  323  4e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  54.23 
 
 
457 aa  323  7e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.13 
 
 
1139 aa  322  8e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  49.85 
 
 
647 aa  322  9.000000000000001e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4365  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.32 
 
 
471 aa  322  9.999999999999999e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.231326 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  48.57 
 
 
474 aa  321  1.9999999999999998e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.53 
 
 
648 aa  320  3e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.07 
 
 
806 aa  320  3e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  47.38 
 
 
488 aa  320  3e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  47.38 
 
 
488 aa  320  3e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  47.38 
 
 
488 aa  320  3e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.55 
 
 
664 aa  320  5e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  48.12 
 
 
480 aa  316  9e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.77 
 
 
641 aa  314  2.9999999999999996e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  46.26 
 
 
486 aa  312  7.999999999999999e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  46.54 
 
 
486 aa  311  1e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  46.54 
 
 
486 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3125  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.78 
 
 
703 aa  311  2e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.189473  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  46.54 
 
 
486 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  47.06 
 
 
630 aa  311  2e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  40.97 
 
 
674 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  46.54 
 
 
486 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  46.56 
 
 
488 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  48.43 
 
 
657 aa  310  2.9999999999999997e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  46.69 
 
 
488 aa  310  5e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  46.17 
 
 
509 aa  310  5.9999999999999995e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  46.55 
 
 
474 aa  309  9e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.36 
 
 
602 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.37 
 
 
482 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  44.6 
 
 
486 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.75 
 
 
467 aa  307  3e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21045  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  45.98 
 
 
484 aa  307  3e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  43.15 
 
 
545 aa  307  4.0000000000000004e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  44.36 
 
 
514 aa  306  4.0000000000000004e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  43.15 
 
 
545 aa  307  4.0000000000000004e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.9 
 
 
460 aa  306  7e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.17 
 
 
451 aa  306  7e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  42.93 
 
 
507 aa  306  8.000000000000001e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.33 
 
 
459 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  46.94 
 
 
639 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.33 
 
 
544 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2310  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.02 
 
 
469 aa  304  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.294968  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2398  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.89 
 
 
469 aa  304  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.313034  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3126  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  43.58 
 
 
684 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  46.31 
 
 
629 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  47.73 
 
 
648 aa  303  4.0000000000000003e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>