More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_1185 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  99.7 
 
 
668 aa  1363    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  99.4 
 
 
670 aa  1361    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  100 
 
 
670 aa  1372    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  99.7 
 
 
670 aa  1366    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  99.25 
 
 
670 aa  1363    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  99.69 
 
 
648 aa  1320    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  98.96 
 
 
670 aa  1356    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  99.1 
 
 
670 aa  1362    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.97 
 
 
723 aa  561  1e-158  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.65 
 
 
724 aa  540  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  50.69 
 
 
688 aa  520  1e-146  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.53 
 
 
692 aa  519  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.53 
 
 
687 aa  519  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.88 
 
 
692 aa  519  1e-146  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.88 
 
 
692 aa  520  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.44 
 
 
692 aa  519  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.53 
 
 
687 aa  518  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.61 
 
 
692 aa  519  1e-146  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  50.61 
 
 
692 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.61 
 
 
692 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  50.61 
 
 
692 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.35 
 
 
692 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  50.61 
 
 
692 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.61 
 
 
692 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  50.97 
 
 
690 aa  511  1e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  47.06 
 
 
733 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  44.17 
 
 
674 aa  389  1e-106  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  46.73 
 
 
556 aa  348  2e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.85 
 
 
875 aa  348  2e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.42 
 
 
1082 aa  347  4e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  44.68 
 
 
514 aa  334  2e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  47.04 
 
 
473 aa  335  2e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  46.6 
 
 
630 aa  335  2e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  46.94 
 
 
699 aa  334  3e-90  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.88 
 
 
488 aa  334  3e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.61 
 
 
541 aa  334  4e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  48.4 
 
 
551 aa  333  5e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.58 
 
 
693 aa  332  1e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.8 
 
 
635 aa  331  3e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  48.03 
 
 
624 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  39.84 
 
 
517 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  48.4 
 
 
488 aa  328  3e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  45.22 
 
 
629 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  45.22 
 
 
629 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  48.4 
 
 
488 aa  327  4.0000000000000003e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  45.7 
 
 
509 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  49.12 
 
 
486 aa  326  7e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.9 
 
 
515 aa  326  8.000000000000001e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  49.12 
 
 
486 aa  326  8.000000000000001e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  49.13 
 
 
510 aa  326  9e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  49.42 
 
 
488 aa  326  9e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  50.43 
 
 
726 aa  326  1e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  49.12 
 
 
486 aa  326  1e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.79 
 
 
653 aa  325  1e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  51.56 
 
 
379 aa  326  1e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  48.1 
 
 
488 aa  326  1e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  49.12 
 
 
486 aa  326  1e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  48.1 
 
 
488 aa  324  4e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.66 
 
 
509 aa  323  5e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  48.13 
 
 
479 aa  323  5e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1300  putative phytochrome sensor protein  43.22 
 
 
518 aa  323  5e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  52.01 
 
 
342 aa  322  9.999999999999999e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  45.72 
 
 
516 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  45.52 
 
 
699 aa  321  3e-86  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.72 
 
 
457 aa  321  3e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.1 
 
 
650 aa  321  3e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  51.6 
 
 
641 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  46.87 
 
 
700 aa  320  7e-86  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.96 
 
 
515 aa  320  7.999999999999999e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1401  NifA subfamily transcriptional regulator  37.11 
 
 
562 aa  318  1e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  48 
 
 
474 aa  318  2e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.14 
 
 
575 aa  318  2e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2456  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.17 
 
 
525 aa  318  2e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0352047  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2552  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.17 
 
 
525 aa  317  3e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  51.74 
 
 
664 aa  318  3e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.57 
 
 
699 aa  317  5e-85  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.93 
 
 
664 aa  316  7e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  42.72 
 
 
513 aa  316  7e-85  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.56 
 
 
602 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  50 
 
 
639 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.3 
 
 
459 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.23 
 
 
648 aa  313  3.9999999999999997e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.74 
 
 
515 aa  313  4.999999999999999e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2429  NifA subfamily transcriptional regulator  37.71 
 
 
522 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0629809 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.06 
 
 
694 aa  312  2e-83  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3199  Fis family transcriptional regulator  43.46 
 
 
520 aa  310  5e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43 
 
 
521 aa  309  8e-83  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  43 
 
 
641 aa  310  8e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  49.85 
 
 
648 aa  309  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.55 
 
 
1139 aa  309  1.0000000000000001e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.44 
 
 
473 aa  308  3e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.69 
 
 
481 aa  307  4.0000000000000004e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  46.86 
 
 
486 aa  307  4.0000000000000004e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2604  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.95 
 
 
459 aa  306  5.0000000000000004e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.7 
 
 
463 aa  306  7e-82  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  49.12 
 
 
607 aa  306  9.000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.97 
 
 
454 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0590  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.91 
 
 
440 aa  305  2.0000000000000002e-81  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  45.27 
 
 
806 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.23 
 
 
473 aa  305  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>