More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3238 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
624 aa  1267    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  55.28 
 
 
639 aa  622  1e-177  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  53.11 
 
 
629 aa  616  1e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  53.76 
 
 
630 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  53.02 
 
 
629 aa  610  1e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  53.17 
 
 
664 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  52.78 
 
 
641 aa  597  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  52.79 
 
 
607 aa  595  1e-168  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  47.57 
 
 
486 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.54 
 
 
482 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  47.57 
 
 
486 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  47.57 
 
 
486 aa  445  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  46.61 
 
 
474 aa  439  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.36 
 
 
486 aa  442  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  45.59 
 
 
488 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  47.05 
 
 
488 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  45.59 
 
 
488 aa  436  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  46.51 
 
 
488 aa  439  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  45.38 
 
 
488 aa  437  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  47.36 
 
 
486 aa  432  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  48.1 
 
 
486 aa  435  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  45.36 
 
 
480 aa  432  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  46.51 
 
 
474 aa  431  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  49.05 
 
 
484 aa  427  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2932  sigma-54 factor, interaction region  44.56 
 
 
495 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00176909  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  53.63 
 
 
551 aa  397  1e-109  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.8 
 
 
601 aa  359  9e-98  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  43.23 
 
 
648 aa  357  5e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  49.51 
 
 
551 aa  356  7.999999999999999e-97  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  44.97 
 
 
473 aa  347  4e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.63 
 
 
664 aa  346  6e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.69 
 
 
648 aa  344  2.9999999999999997e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.34 
 
 
488 aa  338  1.9999999999999998e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4242  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.92 
 
 
660 aa  331  2e-89  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.13 
 
 
875 aa  331  2e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.31 
 
 
670 aa  331  3e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.31 
 
 
670 aa  330  4e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  48.31 
 
 
668 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.78 
 
 
670 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  48.31 
 
 
670 aa  330  6e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.31 
 
 
648 aa  330  6e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  48.31 
 
 
670 aa  330  6e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4753  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.71 
 
 
557 aa  329  7e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.050677  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  47.93 
 
 
516 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  48.03 
 
 
670 aa  328  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  49.18 
 
 
687 aa  327  3e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  50.87 
 
 
688 aa  326  1e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  48.36 
 
 
726 aa  324  3e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  49.58 
 
 
699 aa  323  7e-87  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
699 aa  323  8e-87  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.65 
 
 
1139 aa  320  7e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  45.78 
 
 
575 aa  318  1e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  48.41 
 
 
510 aa  317  4e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.35 
 
 
1082 aa  316  6e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  45.67 
 
 
733 aa  316  8e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  47.81 
 
 
692 aa  316  9e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.81 
 
 
692 aa  316  9e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.81 
 
 
692 aa  316  9e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  47.81 
 
 
692 aa  316  9e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  47.81 
 
 
692 aa  316  9e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.81 
 
 
692 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.74 
 
 
459 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  46.13 
 
 
556 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.4 
 
 
693 aa  315  1.9999999999999998e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.81 
 
 
692 aa  315  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.81 
 
 
692 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.42 
 
 
723 aa  314  2.9999999999999996e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.45 
 
 
653 aa  313  3.9999999999999997e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.86 
 
 
694 aa  313  4.999999999999999e-84  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0601  Fis family transcriptional regulator  52.2 
 
 
369 aa  313  5.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.81 
 
 
692 aa  313  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.81 
 
 
692 aa  313  9e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  48.01 
 
 
700 aa  312  1e-83  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.81 
 
 
692 aa  312  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.81 
 
 
687 aa  312  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.81 
 
 
687 aa  312  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  46.51 
 
 
647 aa  311  2e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0918  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.61 
 
 
554 aa  309  8e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  46.09 
 
 
641 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  52.87 
 
 
348 aa  306  5.0000000000000004e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.73 
 
 
699 aa  307  5.0000000000000004e-82  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  45.58 
 
 
806 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.3 
 
 
724 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  46.99 
 
 
690 aa  305  2.0000000000000002e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1399  ATPase  67.28 
 
 
419 aa  303  4.0000000000000003e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  46.31 
 
 
479 aa  303  7.000000000000001e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2569  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.84 
 
 
509 aa  301  2e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.393427  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.56 
 
 
541 aa  301  3e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  45.74 
 
 
517 aa  300  7e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.24 
 
 
515 aa  297  4e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.24 
 
 
442 aa  297  5e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 
650 aa  295  1e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  48.1 
 
 
539 aa  295  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3125  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.15 
 
 
703 aa  295  2e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.189473  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.48 
 
 
515 aa  294  3e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  48.1 
 
 
342 aa  294  3e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  44.79 
 
 
514 aa  294  3e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.87 
 
 
453 aa  293  5e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.45 
 
 
453 aa  293  5e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.16 
 
 
457 aa  293  8e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>