More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5460 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.86 
 
 
635 aa  671    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
650 aa  1331    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5458  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.37 
 
 
582 aa  617  1e-175  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.336827 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  45.81 
 
 
657 aa  568  1e-160  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.99 
 
 
653 aa  555  1e-157  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0268  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.51 
 
 
651 aa  527  1e-148  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  63.38 
 
 
481 aa  411  1e-113  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.89 
 
 
457 aa  385  1e-105  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.66 
 
 
461 aa  358  9.999999999999999e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.6 
 
 
1082 aa  356  5.999999999999999e-97  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.87 
 
 
488 aa  349  1e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4365  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.58 
 
 
471 aa  343  8e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.231326 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  53.85 
 
 
479 aa  341  2e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.04 
 
 
541 aa  342  2e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.82 
 
 
515 aa  340  4e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  53.31 
 
 
875 aa  340  5e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1742  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.22 
 
 
346 aa  336  7e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167315  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.48 
 
 
693 aa  335  1e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.65 
 
 
457 aa  329  8e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.33 
 
 
515 aa  329  9e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  38.26 
 
 
699 aa  327  4.0000000000000003e-88  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.1 
 
 
699 aa  327  5e-88  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  50.48 
 
 
516 aa  326  9e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  51.72 
 
 
670 aa  324  2e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  51.58 
 
 
575 aa  325  2e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  50.48 
 
 
473 aa  323  5e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  51.41 
 
 
668 aa  323  6e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  51.41 
 
 
670 aa  323  6e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.41 
 
 
670 aa  323  6e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  51.41 
 
 
670 aa  323  6e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50.32 
 
 
806 aa  323  6e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.84 
 
 
1139 aa  323  6e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  51.41 
 
 
670 aa  323  7e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  51.41 
 
 
648 aa  323  7e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  54.05 
 
 
474 aa  321  3e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  51.1 
 
 
670 aa  321  3e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  51.89 
 
 
509 aa  320  3.9999999999999996e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.75 
 
 
602 aa  320  7e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  49.51 
 
 
488 aa  318  2e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  41.27 
 
 
699 aa  318  2e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  52.75 
 
 
687 aa  317  4e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  53.57 
 
 
556 aa  317  5e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  49.19 
 
 
488 aa  316  8e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  49.51 
 
 
488 aa  316  9e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.62 
 
 
692 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  49.19 
 
 
488 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  53.35 
 
 
726 aa  316  9.999999999999999e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.62 
 
 
692 aa  315  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.62 
 
 
692 aa  315  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.55 
 
 
451 aa  314  2.9999999999999996e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  51.27 
 
 
687 aa  314  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  50.62 
 
 
692 aa  313  4.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.62 
 
 
692 aa  313  4.999999999999999e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  40.18 
 
 
700 aa  313  4.999999999999999e-84  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  50.62 
 
 
692 aa  313  4.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.62 
 
 
692 aa  313  4.999999999999999e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  50.62 
 
 
692 aa  313  4.999999999999999e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  52.16 
 
 
647 aa  313  5.999999999999999e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.24 
 
 
694 aa  313  5.999999999999999e-84  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.78 
 
 
687 aa  313  5.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.78 
 
 
692 aa  313  6.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.78 
 
 
692 aa  313  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.78 
 
 
692 aa  312  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.49 
 
 
515 aa  312  1e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  49.22 
 
 
517 aa  312  1e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  50.62 
 
 
690 aa  312  1e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  50.81 
 
 
510 aa  311  2e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  47.18 
 
 
668 aa  311  2.9999999999999997e-83  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  50.16 
 
 
486 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50 
 
 
664 aa  311  2.9999999999999997e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.8 
 
 
648 aa  310  4e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  49.19 
 
 
484 aa  310  4e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  50.16 
 
 
486 aa  310  4e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  45.68 
 
 
688 aa  310  4e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  50.16 
 
 
486 aa  310  4e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50.16 
 
 
486 aa  310  4e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.76 
 
 
668 aa  310  5e-83  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
470 aa  310  5.9999999999999995e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  49.84 
 
 
486 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0366  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.47 
 
 
508 aa  308  1.0000000000000001e-82  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.94 
 
 
509 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  49.19 
 
 
488 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  50.96 
 
 
674 aa  307  3e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.94 
 
 
473 aa  307  3e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.94 
 
 
473 aa  307  3e-82  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  48.44 
 
 
379 aa  307  4.0000000000000004e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  46.11 
 
 
342 aa  306  5.0000000000000004e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  49.38 
 
 
648 aa  306  8.000000000000001e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  44.96 
 
 
513 aa  306  9.000000000000001e-82  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.64 
 
 
473 aa  306  1.0000000000000001e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.04 
 
 
544 aa  306  1.0000000000000001e-81  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.07 
 
 
723 aa  306  1.0000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2429  NifA subfamily transcriptional regulator  49.68 
 
 
522 aa  305  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0629809 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2552  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.32 
 
 
525 aa  305  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.92 
 
 
724 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2456  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.64 
 
 
525 aa  305  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0352047  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.35 
 
 
482 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1401  NifA subfamily transcriptional regulator  50.32 
 
 
562 aa  304  3.0000000000000004e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.46 
 
 
544 aa  304  3.0000000000000004e-81  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  47.59 
 
 
474 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>