More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2309 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  100 
 
 		 513 aa  1042    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4327  Sigma 54 interacting domain protein  40.12 
 
 		 507 aa  346  6e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.945677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  43.2 
 
 		 670 aa  320  5e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.35 
 
 		 670 aa  319  6e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  42.35 
 
 		 670 aa  319  6e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  42.96 
 
 		 668 aa  318  1e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.96 
 
 		 670 aa  318  1e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  42.96 
 
 		 670 aa  318  1e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.96 
 
 		 648 aa  318  1e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  42.72 
 
 		 670 aa  316  5e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  42.15 
 
 		 509 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.4 
 
 		 875 aa  313  4.999999999999999e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.33 
 
 		 723 aa  311  2e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.16 
 
 		 724 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.96 
 
 		 650 aa  306  7e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.71 
 
 		 457 aa  306  8.000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 664 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  41.99 
 
 		 514 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.24 
 
 		 692 aa  302  7.000000000000001e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  43.14 
 
 		 688 aa  301  1e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 551 aa  302  1e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  42.79 
 
 		 690 aa  301  2e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.24 
 
 		 692 aa  301  2e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.02 
 
 		 692 aa  301  2e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  41.39 
 
 		 692 aa  300  3e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.39 
 
 		 692 aa  300  3e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.46 
 
 		 687 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  41.39 
 
 		 692 aa  300  3e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  41.39 
 
 		 692 aa  300  3e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.46 
 
 		 692 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.39 
 
 		 692 aa  300  3e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.46 
 
 		 692 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.46 
 
 		 687 aa  300  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1300  putative phytochrome sensor protein  39.41 
 
 		 518 aa  300  6e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.24 
 
 		 692 aa  299  9e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  49.4 
 
 		 551 aa  298  1e-79  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  46.03 
 
 		 629 aa  296  5e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  44.23 
 
 		 674 aa  295  1e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  43.29 
 
 		 733 aa  294  2e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  45.75 
 
 		 629 aa  295  2e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  48.06 
 
 		 641 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.73 
 
 		 635 aa  293  4e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2534  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  41.54 
 
 		 517 aa  293  4e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.847277  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.76 
 
 		 481 aa  293  5e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29620  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  41.54 
 
 		 517 aa  293  5e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  39.81 
 
 		 517 aa  293  5e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  45.73 
 
 		 630 aa  293  6e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.91 
 
 		 521 aa  292  1e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2569  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.96 
 
 		 509 aa  292  1e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.393427  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.73 
 
 		 653 aa  291  2e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.75 
 
 		 488 aa  289  8e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 473 aa  288  1e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.31 
 
 		 601 aa  288  1e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  47.87 
 
 		 639 aa  288  2e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.59 
 
 		 454 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3126  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  39.61 
 
 		 684 aa  286  7e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3181  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  37.92 
 
 		 530 aa  285  1.0000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  42.75 
 
 		 539 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.24 
 
 		 509 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.06 
 
 		 515 aa  283  5.000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3199  Fis family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 520 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2429  NifA subfamily transcriptional regulator  39.37 
 
 		 522 aa  282  8.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0629809 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 484 aa  283  8.000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.66 
 
 		 664 aa  281  2e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  42.71 
 
 		 479 aa  281  2e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4653  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  39.8 
 
 		 517 aa  281  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4753  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.18 
 
 		 557 aa  281  2e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.050677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03872  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  39.58 
 
 		 506 aa  280  3e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.25 
 
 		 1082 aa  280  4e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3823  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  36.75 
 
 		 517 aa  280  4e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172283 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3698  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  35.92 
 
 		 526 aa  280  4e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  42.39 
 
 		 575 aa  280  6e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.8 
 
 		 648 aa  279  7e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3444  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  36.8 
 
 		 516 aa  279  9e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.76 
 
 		 532 aa  279  9e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986503  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51080  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  41.82 
 
 		 514 aa  278  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 348 aa  278  1e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2332  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  37.16 
 
 		 530 aa  278  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0346  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  38.74 
 
 		 518 aa  278  2e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.501163 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 699 aa  278  2e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 700 aa  278  2e-73  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  46.57 
 
 		 648 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6163  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  42.21 
 
 		 531 aa  277  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 488 aa  277  3e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 488 aa  277  3e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  44.82 
 
 		 488 aa  277  3e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 510 aa  277  4e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3041  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  37.92 
 
 		 506 aa  277  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.831786  normal  0.0160289 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02686  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  35.52 
 
 		 509 aa  277  4e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 488 aa  277  4e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.47 
 
 		 694 aa  277  4e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.55 
 
 		 1139 aa  276  6e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2990  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  37.92 
 
 		 506 aa  276  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0307934 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  47.56 
 
 		 533 aa  276  8e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.75 
 
 		 515 aa  276  8e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.57 
 
 		 602 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  45.26 
 
 		 488 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  43.77 
 
 		 516 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 448 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.91 
 
 		 699 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>