More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3993 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  84.11 
 
 
486 aa  813    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  76.03 
 
 
488 aa  770    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  76.21 
 
 
486 aa  764    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  75.79 
 
 
486 aa  759    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
486 aa  1002    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2932  sigma-54 factor, interaction region  68.12 
 
 
495 aa  680    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00176909  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  75.62 
 
 
488 aa  773    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  75.41 
 
 
488 aa  771    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  70.49 
 
 
480 aa  695    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  75.21 
 
 
488 aa  768    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  72.73 
 
 
474 aa  709    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  76.21 
 
 
486 aa  764    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  76 
 
 
486 aa  762    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  73.81 
 
 
482 aa  728    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  74.59 
 
 
488 aa  757    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  83.3 
 
 
484 aa  773    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  62.63 
 
 
474 aa  615  1e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  49.26 
 
 
630 aa  478  1e-133  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  49.79 
 
 
639 aa  478  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  48.11 
 
 
629 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  48.32 
 
 
629 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  50.53 
 
 
664 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  50.52 
 
 
641 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  48.63 
 
 
607 aa  457  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  48.1 
 
 
624 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  41.56 
 
 
641 aa  347  4e-94  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  46.25 
 
 
473 aa  343  2.9999999999999997e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.25 
 
 
1139 aa  341  2e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.17 
 
 
653 aa  340  4e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  48.92 
 
 
556 aa  338  9e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.74 
 
 
575 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  48.61 
 
 
516 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  51.84 
 
 
687 aa  332  1e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  46.96 
 
 
647 aa  329  6e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  48.31 
 
 
726 aa  329  8e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
510 aa  328  2.0000000000000001e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.37 
 
 
664 aa  319  6e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.81 
 
 
648 aa  317  3e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.07 
 
 
693 aa  316  5e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.02 
 
 
457 aa  316  6e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  41.58 
 
 
551 aa  315  9e-85  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.6 
 
 
875 aa  315  9.999999999999999e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  43.6 
 
 
674 aa  314  1.9999999999999998e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.7 
 
 
1082 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  49.27 
 
 
692 aa  311  2e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.27 
 
 
692 aa  311  2e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.56 
 
 
692 aa  311  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  49.27 
 
 
692 aa  311  2e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  48.05 
 
 
348 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.27 
 
 
692 aa  311  2e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  49.27 
 
 
692 aa  311  2e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.56 
 
 
692 aa  310  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.56 
 
 
687 aa  310  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.56 
 
 
687 aa  310  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.56 
 
 
692 aa  310  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  47.14 
 
 
670 aa  310  4e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  44.86 
 
 
551 aa  310  4e-83  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  36.93 
 
 
648 aa  310  4e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.14 
 
 
670 aa  310  4e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  50.16 
 
 
379 aa  310  4e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.11 
 
 
515 aa  310  4e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.14 
 
 
670 aa  310  5e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  47.14 
 
 
668 aa  310  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  47.14 
 
 
670 aa  310  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.14 
 
 
670 aa  309  6.999999999999999e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  47.8 
 
 
688 aa  309  6.999999999999999e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.98 
 
 
488 aa  309  9e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.2 
 
 
635 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.84 
 
 
650 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.97 
 
 
692 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.14 
 
 
648 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.6 
 
 
541 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.97 
 
 
692 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.97 
 
 
692 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  46.86 
 
 
670 aa  307  3e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
342 aa  307  3e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  47.66 
 
 
690 aa  306  6e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  45.11 
 
 
733 aa  305  9.000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.79 
 
 
724 aa  301  2e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.52 
 
 
723 aa  301  2e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  45.04 
 
 
806 aa  301  2e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2569  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.38 
 
 
509 aa  300  5e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.393427  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.85 
 
 
602 aa  299  6e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.38 
 
 
481 aa  299  7e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4242  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.42 
 
 
660 aa  298  2e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  41.26 
 
 
514 aa  296  4e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.87 
 
 
456 aa  296  7e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  45.95 
 
 
479 aa  295  1e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.5 
 
 
515 aa  295  1e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.99 
 
 
601 aa  294  2e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.69 
 
 
472 aa  293  5e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.73 
 
 
470 aa  292  8e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0918  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.65 
 
 
554 aa  291  2e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.92 
 
 
473 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.11 
 
 
473 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.11 
 
 
473 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4753  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.25 
 
 
557 aa  290  4e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.050677  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.28 
 
 
459 aa  288  1e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2930  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.29 
 
 
457 aa  288  1e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.31 
 
 
461 aa  288  2e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>