More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_0582 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  65.75 
 
 
509 aa  658    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  100 
 
 
517 aa  1039    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  63.35 
 
 
509 aa  630  1e-179  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  58.45 
 
 
514 aa  568  1e-160  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3199  Fis family transcriptional regulator  56.32 
 
 
520 aa  556  1e-157  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1300  putative phytochrome sensor protein  54.01 
 
 
518 aa  537  1e-151  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3126  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  48.04 
 
 
684 aa  453  1.0000000000000001e-126  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.09 
 
 
521 aa  449  1e-125  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3125  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.15 
 
 
703 aa  443  1e-123  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.189473  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0361  Fis family transcriptional regulator  49.11 
 
 
681 aa  436  1e-121  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0346  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  44.4 
 
 
518 aa  424  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.501163 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2433  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.76 
 
 
508 aa  414  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0437248  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3059  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  44.95 
 
 
508 aa  410  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1488  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.16 
 
 
508 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2282  Fis family transcriptional regulator  44.12 
 
 
507 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3367  response regulator receiver protein  42.83 
 
 
508 aa  396  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.12 
 
 
875 aa  342  5.999999999999999e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.94 
 
 
723 aa  337  3.9999999999999995e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.7 
 
 
724 aa  334  3e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.53 
 
 
481 aa  333  4e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  40.23 
 
 
668 aa  331  2e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.04 
 
 
670 aa  331  2e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  40.23 
 
 
670 aa  331  2e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.04 
 
 
670 aa  330  3e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.04 
 
 
670 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  39.84 
 
 
670 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  38.24 
 
 
733 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  39.84 
 
 
648 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  38.63 
 
 
688 aa  328  1.0000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  39.84 
 
 
670 aa  328  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.45 
 
 
664 aa  324  2e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.69 
 
 
693 aa  322  7e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.93 
 
 
1082 aa  320  3e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.72 
 
 
635 aa  320  5e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.42 
 
 
648 aa  320  5e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.8 
 
 
687 aa  317  5e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49 
 
 
488 aa  316  7e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.55 
 
 
692 aa  315  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.55 
 
 
687 aa  315  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.55 
 
 
692 aa  315  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.04 
 
 
653 aa  314  1.9999999999999998e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.29 
 
 
692 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.56 
 
 
692 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  44.56 
 
 
692 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.56 
 
 
692 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.56 
 
 
692 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  44.56 
 
 
692 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  44.56 
 
 
692 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  45.04 
 
 
690 aa  314  2.9999999999999996e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.3 
 
 
692 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.56 
 
 
692 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.22 
 
 
650 aa  312  6.999999999999999e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  48 
 
 
516 aa  310  4e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  44.72 
 
 
657 aa  310  5.9999999999999995e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  45.66 
 
 
699 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  47.63 
 
 
551 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  39.5 
 
 
674 aa  307  4.0000000000000004e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.75 
 
 
694 aa  306  6e-82  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  43.93 
 
 
699 aa  306  8.000000000000001e-82  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  44.01 
 
 
700 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  46.72 
 
 
473 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  47.81 
 
 
556 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.47 
 
 
515 aa  303  4.0000000000000003e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.9 
 
 
541 aa  303  7.000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.22 
 
 
699 aa  301  2e-80  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  45.74 
 
 
624 aa  300  6e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.95 
 
 
515 aa  300  6e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  42.27 
 
 
479 aa  299  8e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  48.18 
 
 
630 aa  299  8e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.92 
 
 
601 aa  298  1e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.91 
 
 
457 aa  298  2e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  47.28 
 
 
486 aa  298  2e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  47.28 
 
 
486 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.28 
 
 
486 aa  297  3e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  45.77 
 
 
484 aa  297  3e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.1 
 
 
806 aa  296  4e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  45.61 
 
 
488 aa  297  4e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  45.61 
 
 
488 aa  296  5e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  45.61 
 
 
488 aa  296  6e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2456  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.75 
 
 
525 aa  296  7e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0352047  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.68 
 
 
515 aa  296  7e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  46.99 
 
 
486 aa  296  8e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.26 
 
 
602 aa  295  1e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  44.99 
 
 
480 aa  295  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2552  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.75 
 
 
525 aa  295  1e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.29 
 
 
1139 aa  295  1e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1401  NifA subfamily transcriptional regulator  47.47 
 
 
562 aa  295  2e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2429  NifA subfamily transcriptional regulator  42.42 
 
 
522 aa  294  3e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0629809 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  48.55 
 
 
629 aa  293  4e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  39.81 
 
 
513 aa  293  5e-78  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  47.44 
 
 
664 aa  293  5e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.55 
 
 
480 aa  292  1e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  45.04 
 
 
488 aa  292  1e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  42.78 
 
 
647 aa  292  1e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  46.44 
 
 
641 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  48.87 
 
 
639 aa  291  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  47.97 
 
 
629 aa  290  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  44.8 
 
 
575 aa  289  8e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.01 
 
 
458 aa  289  9e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  51.51 
 
 
648 aa  289  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>