More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0918 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0918  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  100 
 
 
554 aa  1138    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  50.67 
 
 
551 aa  486  1e-136  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4753  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.3 
 
 
557 aa  426  1e-118  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.050677  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.11 
 
 
601 aa  388  1e-106  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  41.76 
 
 
551 aa  376  1e-103  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  48.73 
 
 
630 aa  356  6.999999999999999e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  48.73 
 
 
629 aa  352  1e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  48.73 
 
 
629 aa  351  2e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  44.03 
 
 
639 aa  340  5e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  50.14 
 
 
641 aa  334  2e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  49.73 
 
 
664 aa  332  8e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  41.59 
 
 
674 aa  326  6e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  47.37 
 
 
607 aa  325  2e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1399  ATPase  46.88 
 
 
419 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  46.89 
 
 
624 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4242  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.14 
 
 
660 aa  314  1.9999999999999998e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.46 
 
 
723 aa  314  1.9999999999999998e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
648 aa  312  1e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  43.5 
 
 
733 aa  310  5.9999999999999995e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.61 
 
 
724 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  48.77 
 
 
348 aa  304  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  41.09 
 
 
668 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  41.09 
 
 
670 aa  303  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  46.29 
 
 
379 aa  303  4.0000000000000003e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0601  Fis family transcriptional regulator  49.55 
 
 
369 aa  303  4.0000000000000003e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.09 
 
 
670 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.09 
 
 
670 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  41.09 
 
 
670 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.09 
 
 
648 aa  303  7.000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  47.08 
 
 
342 aa  303  7.000000000000001e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.84 
 
 
670 aa  303  8.000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  40.84 
 
 
670 aa  301  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.84 
 
 
488 aa  300  5e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.03 
 
 
664 aa  299  8e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.75 
 
 
692 aa  299  8e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.75 
 
 
692 aa  298  1e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.49 
 
 
692 aa  298  2e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.49 
 
 
687 aa  298  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.75 
 
 
692 aa  298  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.75 
 
 
687 aa  298  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.75 
 
 
692 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  42.24 
 
 
692 aa  297  3e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.24 
 
 
692 aa  297  3e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  42.24 
 
 
692 aa  297  3e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  42.24 
 
 
692 aa  297  3e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.24 
 
 
692 aa  297  3e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  40.9 
 
 
486 aa  297  4e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  42.75 
 
 
692 aa  297  4e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  42.25 
 
 
688 aa  295  1e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  41.67 
 
 
690 aa  295  1e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.11 
 
 
648 aa  294  3e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2569  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.93 
 
 
509 aa  294  3e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.393427  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  40.65 
 
 
484 aa  293  4e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  40.75 
 
 
474 aa  292  1e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  44.77 
 
 
806 aa  292  1e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.71 
 
 
454 aa  289  7e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  41.76 
 
 
575 aa  289  9e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  44.93 
 
 
687 aa  289  1e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  41 
 
 
480 aa  288  2e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  43.7 
 
 
473 aa  287  4e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  39.9 
 
 
556 aa  286  5e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.23 
 
 
875 aa  286  9e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  44.09 
 
 
726 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45 
 
 
460 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.55 
 
 
515 aa  285  2.0000000000000002e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  40.69 
 
 
474 aa  284  3.0000000000000004e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.54 
 
 
457 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  39.74 
 
 
525 aa  284  3.0000000000000004e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  39.75 
 
 
486 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  42.54 
 
 
510 aa  282  1e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.56 
 
 
1082 aa  282  1e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  41.33 
 
 
516 aa  281  2e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  46.27 
 
 
460 aa  280  3e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2591  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.01 
 
 
457 aa  280  4e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.313706  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0925  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.08 
 
 
484 aa  278  1e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.815173  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  40.25 
 
 
488 aa  279  1e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.56 
 
 
458 aa  279  1e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0944  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.71 
 
 
480 aa  278  2e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2741  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.61 
 
 
474 aa  278  2e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0363909  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  38.96 
 
 
488 aa  278  2e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.97 
 
 
653 aa  278  2e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  37.55 
 
 
515 aa  278  2e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.73 
 
 
453 aa  277  3e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  38.96 
 
 
488 aa  277  3e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  38.96 
 
 
488 aa  277  3e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1179  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.67 
 
 
457 aa  277  3e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.655382  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.99 
 
 
502 aa  277  4e-73  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  40.44 
 
 
507 aa  277  4e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.44 
 
 
481 aa  277  4e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.54 
 
 
453 aa  276  6e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0085  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.15 
 
 
452 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1495  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.27 
 
 
458 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.301103  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  38.75 
 
 
488 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  40.15 
 
 
699 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  40.41 
 
 
699 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40 
 
 
482 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  39 
 
 
486 aa  274  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.71 
 
 
515 aa  273  5.000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  39 
 
 
486 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.12 
 
 
694 aa  273  5.000000000000001e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>