More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1399 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_1399  ATPase  100 
 
 		 419 aa  864    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  65.59 
 
 		 601 aa  534  1e-150  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 551 aa  492  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  50.62 
 
 		 551 aa  366  1e-100  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0918  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.88 
 
 		 554 aa  333  3e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  57.35 
 
 		 630 aa  310  2e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  67.89 
 
 		 641 aa  309  5e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  56.49 
 
 		 664 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  56.62 
 
 		 624 aa  306  6e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  58.67 
 
 		 629 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  58.67 
 
 		 629 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  56.41 
 
 		 639 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4753  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.82 
 
 		 557 aa  301  2e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.050677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 607 aa  298  1e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  56.25 
 
 		 488 aa  282  8.000000000000001e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  60.09 
 
 		 473 aa  270  5e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  50.36 
 
 		 556 aa  268  1e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.61 
 
 		 541 aa  268  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  49.82 
 
 		 688 aa  267  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  59.03 
 
 		 699 aa  265  8e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1577  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  46.2 
 
 		 581 aa  265  8e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  59.19 
 
 		 648 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  49.47 
 
 		 733 aa  264  2e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  60.09 
 
 		 687 aa  265  2e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  58.59 
 
 		 699 aa  263  3e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  56.42 
 
 		 516 aa  262  8e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.83 
 
 		 723 aa  262  8.999999999999999e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  65.78 
 
 		 348 aa  262  1e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  53.25 
 
 		 668 aa  261  2e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  53.25 
 
 		 670 aa  261  2e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  53.88 
 
 		 670 aa  261  2e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  53.25 
 
 		 670 aa  261  2e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.59 
 
 		 648 aa  261  2e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  55.51 
 
 		 875 aa  261  2e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.08 
 
 		 664 aa  261  2e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  53.88 
 
 		 670 aa  261  2e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  53.25 
 
 		 648 aa  261  2e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  58.15 
 
 		 699 aa  260  3e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  46.79 
 
 		 674 aa  260  3e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  53.45 
 
 		 670 aa  260  4e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  52.81 
 
 		 670 aa  259  8e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  61.84 
 
 		 460 aa  258  1e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3090  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.92 
 
 		 518 aa  258  1e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000341917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0882  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.92 
 
 		 518 aa  258  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00745521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  54.51 
 
 		 700 aa  257  2e-67  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.47 
 
 		 495 aa  258  2e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.48 
 
 		 724 aa  256  4e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.26 
 
 		 692 aa  256  7e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.26 
 
 		 692 aa  256  7e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.573281 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  46.26 
 
 		 692 aa  256  8e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.26 
 
 		 692 aa  256  8e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.26 
 
 		 692 aa  255  8e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  54.04 
 
 		 726 aa  255  8e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  46.26 
 
 		 692 aa  256  8e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  46.26 
 
 		 692 aa  256  8e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.26 
 
 		 692 aa  256  8e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3073  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.6 
 
 		 517 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000195534  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  48.58 
 
 		 514 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.51 
 
 		 515 aa  254  2.0000000000000002e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3823  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.52 
 
 		 517 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172283 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  50.56 
 
 		 474 aa  253  5.000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0085  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  63.98 
 
 		 452 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3647  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.79 
 
 		 451 aa  253  5.000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  62.94 
 
 		 485 aa  253  5.000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  55.96 
 
 		 510 aa  252  7e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  64.36 
 
 		 379 aa  252  1e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.46 
 
 		 455 aa  251  1e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  46.05 
 
 		 690 aa  251  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.07 
 
 		 693 aa  251  2e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 461 aa  251  2e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.85 
 
 		 515 aa  251  2e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.14 
 
 		 1139 aa  251  2e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.64 
 
 		 687 aa  250  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.64 
 
 		 692 aa  250  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0760  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.77 
 
 		 525 aa  250  3e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0601  Fis family transcriptional regulator  60.1 
 
 		 369 aa  250  3e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.64 
 
 		 692 aa  250  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.84 
 
 		 518 aa  250  3e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000422276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  53.36 
 
 		 517 aa  250  3e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.64 
 
 		 687 aa  250  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1495  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  57.14 
 
 		 458 aa  249  4e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.301103  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  50.92 
 
 		 539 aa  250  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.64 
 
 		 692 aa  250  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  56.67 
 
 		 453 aa  249  5e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  46.52 
 
 		 488 aa  249  5e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  58.82 
 
 		 451 aa  249  6e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.49 
 
 		 463 aa  249  6e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.96 
 
 		 1082 aa  249  6e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  46.52 
 
 		 488 aa  249  6e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2959  Fis family transcriptional regulator  64.52 
 
 		 341 aa  249  7e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  58.1 
 
 		 458 aa  249  8e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4849  NifA subfamily transcriptional regulator  43.15 
 
 		 566 aa  249  8e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.728864 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  46.52 
 
 		 488 aa  249  8e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  55.96 
 
 		 806 aa  249  9e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  58.45 
 
 		 458 aa  248  1e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0727  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.64 
 
 		 506 aa  248  1e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  46.89 
 
 		 486 aa  248  2e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.19 
 
 		 453 aa  248  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.97 
 
 		 458 aa  248  2e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  46.89 
 
 		 486 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>