More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0882 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3823  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  69.73 
 
 
517 aa  733    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172283 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0760  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  69.08 
 
 
525 aa  733    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3090  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  98.26 
 
 
518 aa  1040    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000341917  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0882  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  100 
 
 
518 aa  1056    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00745521  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3254  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  70.71 
 
 
516 aa  711    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3444  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  70.5 
 
 
516 aa  726    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  97.1 
 
 
518 aa  1028    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000422276  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0727  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  66.6 
 
 
506 aa  677    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  67.76 
 
 
511 aa  708    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3073  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  84.2 
 
 
517 aa  895    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000195534  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2198  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.28 
 
 
512 aa  627  1e-178  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3181  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.04 
 
 
530 aa  609  1e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3259  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.81 
 
 
508 aa  607  9.999999999999999e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0440115  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3032  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.97 
 
 
510 aa  605  9.999999999999999e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0785  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.2 
 
 
530 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.210842  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1022  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.04 
 
 
511 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.734967  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2959  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.78 
 
 
506 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3148  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.97 
 
 
506 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00147569  normal  0.0293519 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2990  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.78 
 
 
506 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0307934 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02559  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.27 
 
 
504 aa  586  1e-166  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.760394  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0980  Sigma 54 interacting domain protein  61.27 
 
 
504 aa  586  1e-166  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00669698  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3041  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.58 
 
 
506 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.831786  normal  0.0160289 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2992  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.27 
 
 
504 aa  586  1e-166  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02524  hypothetical protein  61.27 
 
 
504 aa  586  1e-166  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.788339  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3958  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.27 
 
 
504 aa  585  1e-166  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001300  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  59.22 
 
 
510 aa  586  1e-166  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.208791  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.46 
 
 
504 aa  586  1e-166  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139306 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1003  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.27 
 
 
504 aa  585  1e-166  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00158351  hitchhiker  0.00000580065 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.58 
 
 
506 aa  586  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000363196 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  61.27 
 
 
504 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3169  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  60.89 
 
 
504 aa  579  1e-164  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0851  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.81 
 
 
527 aa  520  1e-146  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.641231  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0688  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.91 
 
 
528 aa  510  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3475  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.89 
 
 
529 aa  485  1e-135  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.232815  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29620  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.9 
 
 
517 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0067  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.18 
 
 
550 aa  476  1e-133  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0861439  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0807  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.7 
 
 
518 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4653  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.8 
 
 
517 aa  473  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0846  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.93 
 
 
518 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.615084  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0831  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  49.7 
 
 
518 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.74 
 
 
516 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2534  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.71 
 
 
517 aa  464  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.847277  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1095  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  50.57 
 
 
530 aa  464  1e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.736443  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4379  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.54 
 
 
516 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51080  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  51.48 
 
 
514 aa  452  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2332  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.14 
 
 
530 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03872  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.46 
 
 
506 aa  447  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6163  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.34 
 
 
531 aa  442  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3407  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.54 
 
 
552 aa  444  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4025  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  48.52 
 
 
532 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986503  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02686  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.99 
 
 
509 aa  435  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003798  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  45.4 
 
 
509 aa  432  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1305  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.2 
 
 
529 aa  435  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1078  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.89 
 
 
523 aa  435  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3698  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.8 
 
 
526 aa  431  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4656  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.94 
 
 
511 aa  427  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.836475  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3579  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.94 
 
 
511 aa  427  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.377853  normal  0.799409 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6323  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.88 
 
 
525 aa  424  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1896  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.33 
 
 
531 aa  424  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0137068  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_003296  RS02290  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  47.9 
 
 
510 aa  421  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.131917 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5057  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.38 
 
 
522 aa  412  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1920  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  46.21 
 
 
512 aa  412  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1970  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.63 
 
 
538 aa  410  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0093  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.57 
 
 
540 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0110  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  44.57 
 
 
536 aa  405  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0451  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.28 
 
 
522 aa  402  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.778162  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3166  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  45.49 
 
 
525 aa  402  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3749  Sigma 54 interacting domain protein  40.99 
 
 
596 aa  296  6e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.552068  normal  0.248061 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2092  NifA subfamily transcriptional regulator  39.86 
 
 
606 aa  293  5e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.103572 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.17 
 
 
693 aa  291  2e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.71 
 
 
875 aa  291  2e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2079  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  39.81 
 
 
505 aa  288  2e-76  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.43 
 
 
515 aa  287  2.9999999999999996e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2137  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.93 
 
 
608 aa  287  2.9999999999999996e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.475688  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2227  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.93 
 
 
608 aa  287  2.9999999999999996e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.025766  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1711  NifA subfamily transcriptional regulator  38.93 
 
 
608 aa  287  4e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.478536  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  53.75 
 
 
551 aa  286  5.999999999999999e-76  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.39 
 
 
1082 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3623  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.55 
 
 
489 aa  283  6.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.568637  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3555  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.55 
 
 
489 aa  283  6.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3471  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.8 
 
 
489 aa  281  1e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2149  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.1 
 
 
477 aa  281  2e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.53 
 
 
463 aa  281  3e-74  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  45.94 
 
 
551 aa  281  3e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.14 
 
 
451 aa  280  5e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0838  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.23 
 
 
457 aa  278  2e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.9 
 
 
544 aa  278  2e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  43.18 
 
 
466 aa  278  2e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.64 
 
 
456 aa  278  2e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  38.18 
 
 
549 aa  277  3e-73  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  41.9 
 
 
539 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  40.19 
 
 
542 aa  277  3e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  47.88 
 
 
624 aa  277  4e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  48.04 
 
 
630 aa  277  4e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  47.13 
 
 
537 aa  277  4e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.06 
 
 
635 aa  276  5e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1577  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  45.71 
 
 
581 aa  275  1.0000000000000001e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  39.95 
 
 
733 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  41.79 
 
 
508 aa  275  1.0000000000000001e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  46.36 
 
 
629 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>