More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4996 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
572 aa  1085    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  50.83 
 
 
866 aa  482  1e-135  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  45.15 
 
 
865 aa  397  1e-109  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  45.37 
 
 
685 aa  375  1e-102  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  43.91 
 
 
930 aa  358  9.999999999999999e-98  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  41.22 
 
 
932 aa  351  2e-95  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  43.59 
 
 
547 aa  340  4e-92  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  45.11 
 
 
956 aa  340  5e-92  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  48.96 
 
 
607 aa  334  2e-90  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  43.12 
 
 
730 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  39.73 
 
 
723 aa  256  7e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.18 
 
 
553 aa  235  2.0000000000000002e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  47.59 
 
 
614 aa  233  5e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  38.9 
 
 
562 aa  230  7e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  36.94 
 
 
546 aa  229  1e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  55.6 
 
 
770 aa  226  7e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  36.28 
 
 
760 aa  219  1e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  43.66 
 
 
427 aa  216  7e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
574 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  45.29 
 
 
627 aa  213  5.999999999999999e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  39.91 
 
 
652 aa  207  5e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  31.98 
 
 
618 aa  204  5e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  36.69 
 
 
583 aa  202  1.9999999999999998e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  39.61 
 
 
607 aa  201  3.9999999999999996e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  36 
 
 
585 aa  197  6e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  34.75 
 
 
544 aa  186  9e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  34.68 
 
 
570 aa  184  4.0000000000000006e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  42.07 
 
 
576 aa  174  2.9999999999999996e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  44.9 
 
 
692 aa  172  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  33.96 
 
 
670 aa  171  3e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13090  Stage II sporulation protein E (SpoIIE)  39.42 
 
 
576 aa  169  1e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  33.26 
 
 
580 aa  167  5e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  34.38 
 
 
721 aa  164  4.0000000000000004e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.21 
 
 
450 aa  163  6e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  42.01 
 
 
308 aa  159  9e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.03 
 
 
775 aa  159  1e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06030  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  41.57 
 
 
567 aa  159  2e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.486099  normal  0.150997 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0207  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.96 
 
 
613 aa  155  2.9999999999999998e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  29.91 
 
 
581 aa  152  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  32.4 
 
 
776 aa  146  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  35.86 
 
 
757 aa  146  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  29.46 
 
 
709 aa  145  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  34.56 
 
 
453 aa  145  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  36.97 
 
 
745 aa  143  7e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  30.57 
 
 
817 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  28.6 
 
 
688 aa  141  3.9999999999999997e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.36 
 
 
560 aa  140  4.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  28.38 
 
 
754 aa  139  1e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  35.29 
 
 
700 aa  138  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  35.24 
 
 
591 aa  137  5e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  37.46 
 
 
697 aa  136  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.93 
 
 
1711 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3606  protein serine/threonine phosphatase  42.64 
 
 
395 aa  135  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.44 
 
 
579 aa  135  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  33.97 
 
 
1051 aa  135  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  40.07 
 
 
1432 aa  132  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  38.46 
 
 
746 aa  131  3e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  38.04 
 
 
716 aa  130  7.000000000000001e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  32.28 
 
 
692 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6994  putative PAS/PAC sensor protein  41.15 
 
 
797 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126059  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  35.55 
 
 
697 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  32.71 
 
 
693 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  34.81 
 
 
573 aa  129  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  31.37 
 
 
744 aa  128  3e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.86 
 
 
1361 aa  128  3e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  29.03 
 
 
702 aa  127  6e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.55 
 
 
738 aa  127  7e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.51 
 
 
1248 aa  126  8.000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  39.26 
 
 
1039 aa  126  8.000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  35.11 
 
 
828 aa  126  1e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.33 
 
 
1045 aa  125  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3071  protein serine/threonine phosphatase  43.35 
 
 
260 aa  125  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.136695 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4118  ANTAR domain protein with unknown sensor  40.36 
 
 
847 aa  124  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.09 
 
 
1390 aa  124  6e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.09 
 
 
1390 aa  124  6e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.09 
 
 
1390 aa  124  6e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  33.69 
 
 
851 aa  124  6e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0287  protein phosphatase 2C-like protein  29.62 
 
 
743 aa  123  9e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.575817  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5201  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.69 
 
 
728 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.171311  normal  0.162808 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.71 
 
 
583 aa  121  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.06 
 
 
750 aa  121  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  34.04 
 
 
537 aa  120  6e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  31.77 
 
 
1225 aa  120  7e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  35.06 
 
 
594 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3764  putative PAS/PAC sensor protein  35.06 
 
 
643 aa  120  9.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124369  normal  0.415801 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  30.08 
 
 
743 aa  119  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  28.19 
 
 
753 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3736  putative PAS/PAC sensor protein  38.43 
 
 
1017 aa  119  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  29.96 
 
 
765 aa  119  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0186  protein serine/threonine phosphatase  33.81 
 
 
512 aa  117  6e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8733  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  34.96 
 
 
532 aa  117  6.9999999999999995e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.04 
 
 
1385 aa  117  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.56 
 
 
952 aa  116  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  36.14 
 
 
771 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2818  putative PAS/PAC sensor protein  37.45 
 
 
649 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  36.82 
 
 
755 aa  114  3e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  33.33 
 
 
688 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4524  protein serine/threonine phosphatase  30.17 
 
 
693 aa  114  5e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280283 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  30.07 
 
 
616 aa  114  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35020  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  32 
 
 
437 aa  114  5e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>