More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_6994 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_6994  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
797 aa  1559    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126059  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4118  ANTAR domain protein with unknown sensor  39.97 
 
 
847 aa  464  1e-129  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3329  ANTAR domain protein with unknown sensor  32.78 
 
 
830 aa  275  3e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8733  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  33.46 
 
 
532 aa  228  4e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5852  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  39.84 
 
 
424 aa  218  5e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.910285  normal  0.678328 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1818  protein serine/threonine phosphatase  43.04 
 
 
309 aa  174  5e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23057  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2800  putative PAS/PAC sensor protein  25.38 
 
 
783 aa  148  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.336879  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  40.32 
 
 
614 aa  144  6e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  42.68 
 
 
607 aa  140  8.999999999999999e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  38.25 
 
 
688 aa  139  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  43.46 
 
 
956 aa  135  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  38.52 
 
 
692 aa  136  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.08 
 
 
579 aa  134  7.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  37.62 
 
 
427 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.8 
 
 
560 aa  133  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  40.08 
 
 
562 aa  132  3e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  39.11 
 
 
627 aa  131  5.0000000000000004e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  37.44 
 
 
591 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  38.21 
 
 
866 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  39.75 
 
 
453 aa  129  2.0000000000000002e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  39.43 
 
 
770 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  38.27 
 
 
574 aa  128  4.0000000000000003e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  39.16 
 
 
865 aa  127  9e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13090  Stage II sporulation protein E (SpoIIE)  34.14 
 
 
576 aa  127  1e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  36.75 
 
 
1039 aa  125  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  38.31 
 
 
932 aa  126  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  40 
 
 
546 aa  125  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  36.05 
 
 
1051 aa  125  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  35.71 
 
 
745 aa  125  4e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0479  response regulator receiver modulated serine phosphatase  39.41 
 
 
529 aa  124  6e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.53029  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  37.31 
 
 
652 aa  124  7e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.79 
 
 
553 aa  124  9.999999999999999e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  37.5 
 
 
618 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  35 
 
 
817 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  37.55 
 
 
573 aa  122  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  39.38 
 
 
547 aa  121  4.9999999999999996e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  38.96 
 
 
572 aa  120  7.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2115  putative PAS/PAC sensor protein  29.5 
 
 
536 aa  120  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2818  putative PAS/PAC sensor protein  34.36 
 
 
649 aa  120  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3764  putative PAS/PAC sensor protein  38.93 
 
 
643 aa  120  9.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124369  normal  0.415801 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.43 
 
 
1370 aa  120  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  38.93 
 
 
594 aa  119  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  36.12 
 
 
685 aa  118  3.9999999999999997e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3071  protein serine/threonine phosphatase  38.2 
 
 
260 aa  117  6.9999999999999995e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.136695 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  36.89 
 
 
723 aa  116  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  43.5 
 
 
544 aa  116  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.4 
 
 
738 aa  116  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  33.71 
 
 
716 aa  115  3e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.29 
 
 
952 aa  115  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  32.9 
 
 
754 aa  115  3e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.9 
 
 
775 aa  115  3e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.51 
 
 
1390 aa  115  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.51 
 
 
1390 aa  115  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.51 
 
 
1390 aa  115  5e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.75 
 
 
1248 aa  114  6e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.46 
 
 
583 aa  114  7.000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2264  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  35.17 
 
 
525 aa  112  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0874374 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06030  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  34.22 
 
 
567 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.486099  normal  0.150997 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  37.25 
 
 
755 aa  113  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  38.25 
 
 
308 aa  112  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  35.86 
 
 
1432 aa  112  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3736  putative PAS/PAC sensor protein  34.69 
 
 
1017 aa  112  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.98 
 
 
576 aa  112  4.0000000000000004e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0700  sensory box/response regulator  32.95 
 
 
637 aa  111  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  36.04 
 
 
697 aa  111  5e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  42.57 
 
 
450 aa  111  6e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  38.79 
 
 
738 aa  110  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  41.26 
 
 
730 aa  109  2e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  33.47 
 
 
537 aa  109  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  34.43 
 
 
776 aa  108  4e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11810  PAS domain S-box  31.21 
 
 
502 aa  108  5e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.85834  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  37.74 
 
 
570 aa  108  5e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  34.44 
 
 
798 aa  107  7e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  32.34 
 
 
692 aa  107  7e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  35.44 
 
 
746 aa  107  9e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  40.59 
 
 
702 aa  107  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1622  putative PAS/PAC sensor protein  35.19 
 
 
775 aa  107  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0914545  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  32.78 
 
 
828 aa  107  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  33.2 
 
 
721 aa  105  2e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.1 
 
 
1385 aa  105  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2798  response regulator receiver modulated serine phosphatase  37.5 
 
 
538 aa  105  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  34.2 
 
 
771 aa  105  4e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  36.45 
 
 
585 aa  105  4e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  34.71 
 
 
607 aa  104  6e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  34.39 
 
 
583 aa  104  7e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  32.48 
 
 
688 aa  103  1e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  35.09 
 
 
709 aa  102  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
765 aa  102  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  31.58 
 
 
851 aa  102  3e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.01 
 
 
1045 aa  102  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  33.58 
 
 
772 aa  102  4e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  37.4 
 
 
930 aa  101  5e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  38.94 
 
 
757 aa  101  6e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  33.6 
 
 
670 aa  101  7e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.62 
 
 
1711 aa  100  9e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.87 
 
 
1383 aa  100  9e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1586  putative phytochrome sensor protein  36.13 
 
 
1087 aa  100  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0975529 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  31.35 
 
 
744 aa  100  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3606  protein serine/threonine phosphatase  34.13 
 
 
395 aa  100  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.64 
 
 
1361 aa  100  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>