More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_0109 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
776 aa  1542    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  37.92 
 
 
753 aa  402  1e-111  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  36.17 
 
 
744 aa  397  1e-109  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  36.61 
 
 
754 aa  399  1e-109  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  36.73 
 
 
765 aa  387  1e-106  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  35.32 
 
 
743 aa  362  1e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  34.01 
 
 
817 aa  266  1e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  33.64 
 
 
713 aa  241  4e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  35.09 
 
 
573 aa  239  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  32.91 
 
 
697 aa  234  3e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.35 
 
 
1045 aa  230  9e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  34.89 
 
 
855 aa  228  3e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.24 
 
 
616 aa  226  2e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  33.9 
 
 
591 aa  222  1.9999999999999999e-56  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  38.1 
 
 
1039 aa  221  3e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  32.17 
 
 
722 aa  207  6e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  38.79 
 
 
750 aa  206  1e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.94 
 
 
579 aa  206  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  29.39 
 
 
952 aa  189  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  37.14 
 
 
713 aa  188  3e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  31.41 
 
 
688 aa  188  4e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  32.3 
 
 
688 aa  182  2.9999999999999997e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  37.27 
 
 
1432 aa  174  3.9999999999999995e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  34.27 
 
 
760 aa  172  3e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  31.75 
 
 
693 aa  171  7e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  29.82 
 
 
697 aa  169  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
594 aa  168  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  29.29 
 
 
700 aa  164  6e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  33.42 
 
 
721 aa  162  2e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3764  putative PAS/PAC sensor protein  41 
 
 
643 aa  159  2e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124369  normal  0.415801 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  33.15 
 
 
537 aa  159  2e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  29.76 
 
 
692 aa  158  3e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  35.35 
 
 
716 aa  156  1e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.41 
 
 
738 aa  154  5e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  30.52 
 
 
583 aa  153  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  34.81 
 
 
956 aa  153  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  35.4 
 
 
745 aa  152  3e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  29.42 
 
 
574 aa  150  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.9 
 
 
553 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  29.6 
 
 
866 aa  148  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  30.89 
 
 
607 aa  148  5e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  29.04 
 
 
932 aa  147  9e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.97 
 
 
549 aa  146  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  31.62 
 
 
562 aa  145  3e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  27.49 
 
 
1225 aa  144  6e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  33.25 
 
 
757 aa  144  6e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  33.64 
 
 
685 aa  144  7e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.13 
 
 
560 aa  140  7.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
607 aa  140  1e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  33.04 
 
 
865 aa  140  1e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  29.73 
 
 
544 aa  139  3.0000000000000003e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  33.59 
 
 
581 aa  138  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  29.36 
 
 
570 aa  137  6.0000000000000005e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  28.19 
 
 
618 aa  137  7.000000000000001e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  29.43 
 
 
692 aa  137  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.68 
 
 
1711 aa  134  5e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  31.91 
 
 
572 aa  134  9e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8305  putative PAS/PAC sensor protein  32.84 
 
 
528 aa  132  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.817018 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  27.24 
 
 
585 aa  131  4.0000000000000003e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1052  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.88 
 
 
655 aa  130  7.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.620454  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6792  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.52 
 
 
585 aa  130  9.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  31.18 
 
 
723 aa  130  9.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.15 
 
 
1248 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  29.7 
 
 
730 aa  130  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  29.03 
 
 
583 aa  129  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  30.23 
 
 
580 aa  126  1e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  30.87 
 
 
547 aa  127  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  31.34 
 
 
693 aa  126  1e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.85 
 
 
1370 aa  126  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.76 
 
 
450 aa  125  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  33.98 
 
 
453 aa  125  4e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  32.03 
 
 
746 aa  124  6e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  31.35 
 
 
709 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  36.1 
 
 
652 aa  122  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  33.7 
 
 
828 aa  122  3e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0479  response regulator receiver modulated serine phosphatase  34.25 
 
 
529 aa  121  4.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.53029  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.01 
 
 
1385 aa  121  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  29.16 
 
 
771 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.25 
 
 
1361 aa  119  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  38.65 
 
 
772 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0169  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.11 
 
 
711 aa  117  6e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00160079  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  36.14 
 
 
614 aa  117  7.999999999999999e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  28.06 
 
 
670 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6994  putative PAS/PAC sensor protein  34.43 
 
 
797 aa  116  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126059  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  34.47 
 
 
702 aa  115  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3329  ANTAR domain protein with unknown sensor  34.51 
 
 
830 aa  115  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  37.11 
 
 
1051 aa  115  4.0000000000000004e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4524  protein serine/threonine phosphatase  31.61 
 
 
693 aa  115  4.0000000000000004e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280283 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2083  PAS/protein phosphatase 2C-like  27.53 
 
 
672 aa  114  5e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2687  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.09 
 
 
480 aa  114  6e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2643  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.27 
 
 
688 aa  114  6e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000425716  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  28.26 
 
 
930 aa  114  8.000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3071  protein serine/threonine phosphatase  36.78 
 
 
260 aa  113  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.136695 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2329  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.82 
 
 
748 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.681955  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  34.32 
 
 
427 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1253  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.09 
 
 
1332 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3739  response regulator receiver modulated serine phosphatase  33.88 
 
 
523 aa  112  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.433453  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2911  protein serine/threonine phosphatase  30.35 
 
 
658 aa  111  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  31.53 
 
 
851 aa  111  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4122  Stage II sporulation E family protein  31.88 
 
 
805 aa  111  6e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.530219  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>