More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_6225 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
713 aa  1410    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  51.87 
 
 
722 aa  582  1e-164  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  52.37 
 
 
594 aa  456  1e-127  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3764  putative PAS/PAC sensor protein  50.17 
 
 
643 aa  449  1e-125  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124369  normal  0.415801 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  35.55 
 
 
855 aa  319  1e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  33.53 
 
 
817 aa  310  8e-83  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40 
 
 
1045 aa  306  7e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  35.94 
 
 
591 aa  293  1e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  38.49 
 
 
1039 aa  288  4e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.65 
 
 
952 aa  283  5.000000000000001e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.08 
 
 
579 aa  279  1e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.35 
 
 
616 aa  274  5.000000000000001e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  31.42 
 
 
754 aa  267  5.999999999999999e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  35.84 
 
 
573 aa  266  1e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  30.97 
 
 
744 aa  266  1e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  31.68 
 
 
765 aa  263  8.999999999999999e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  31.4 
 
 
753 aa  259  1e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  32.12 
 
 
697 aa  248  3e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  32.88 
 
 
743 aa  246  9.999999999999999e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  37.06 
 
 
776 aa  242  2e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  38.61 
 
 
1225 aa  213  1e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  37.56 
 
 
1432 aa  206  1e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  29.23 
 
 
688 aa  206  2e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.25 
 
 
750 aa  180  7e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  41.35 
 
 
713 aa  179  2e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.66 
 
 
738 aa  172  2e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.69 
 
 
549 aa  168  4e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  33.18 
 
 
574 aa  167  9e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  32.95 
 
 
760 aa  160  7e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  31.88 
 
 
697 aa  160  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8305  putative PAS/PAC sensor protein  36.66 
 
 
528 aa  159  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.817018 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  35.22 
 
 
688 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  30.97 
 
 
700 aa  153  8.999999999999999e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  32.58 
 
 
828 aa  152  2e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  32.45 
 
 
745 aa  151  4e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  33.33 
 
 
693 aa  151  5e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  30.08 
 
 
670 aa  148  3e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  30.88 
 
 
537 aa  147  7.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6792  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  44.97 
 
 
585 aa  146  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  31.44 
 
 
716 aa  146  1e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  30.19 
 
 
692 aa  146  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  36.33 
 
 
709 aa  146  1e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.07 
 
 
1385 aa  145  3e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  29.89 
 
 
583 aa  142  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  35.03 
 
 
453 aa  142  3e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  33.43 
 
 
851 aa  141  4.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.95 
 
 
1390 aa  140  6e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.95 
 
 
1390 aa  140  6e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.32 
 
 
1361 aa  140  7.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.95 
 
 
1390 aa  140  8.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  30.05 
 
 
562 aa  140  1e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3739  response regulator receiver modulated serine phosphatase  37.24 
 
 
523 aa  139  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.433453  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  29.34 
 
 
693 aa  139  3.0000000000000003e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  29.92 
 
 
570 aa  138  4e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  28.5 
 
 
583 aa  137  6.0000000000000005e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  30.95 
 
 
723 aa  137  9e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  28.76 
 
 
721 aa  137  9e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  31 
 
 
607 aa  136  9.999999999999999e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  30.69 
 
 
692 aa  135  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  31.36 
 
 
771 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  30.94 
 
 
685 aa  135  3e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  30.65 
 
 
746 aa  134  5e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.85 
 
 
553 aa  134  6e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.32 
 
 
1248 aa  134  7.999999999999999e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  36.52 
 
 
702 aa  134  7.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.69 
 
 
450 aa  133  9e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  33.44 
 
 
618 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  31.63 
 
 
757 aa  131  5.0000000000000004e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  37.22 
 
 
544 aa  130  7.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  31.26 
 
 
580 aa  130  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0207  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  30.58 
 
 
613 aa  129  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.85 
 
 
560 aa  129  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  28.55 
 
 
866 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4122  Stage II sporulation E family protein  30.12 
 
 
805 aa  127  5e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.530219  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.7 
 
 
1370 aa  127  6e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.93 
 
 
1711 aa  126  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.89 
 
 
1383 aa  125  4e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0169  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.46 
 
 
711 aa  123  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00160079  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  32.57 
 
 
585 aa  121  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  28.89 
 
 
865 aa  122  3e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  34.43 
 
 
614 aa  122  3e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2798  response regulator receiver modulated serine phosphatase  36.74 
 
 
538 aa  120  9e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2264  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  35.23 
 
 
525 aa  118  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0874374 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0479  response regulator receiver modulated serine phosphatase  36.46 
 
 
529 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.53029  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  30.19 
 
 
932 aa  116  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  28.93 
 
 
581 aa  115  3e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0665  protein serine/threonine phosphatase  29.66 
 
 
800 aa  114  6e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.72005 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2092  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.43 
 
 
882 aa  114  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.112279  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3736  putative PAS/PAC sensor protein  33.52 
 
 
1017 aa  112  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  26.66 
 
 
627 aa  113  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  37.08 
 
 
798 aa  111  6e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  36.02 
 
 
772 aa  111  6e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  34.72 
 
 
308 aa  111  6e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  30.72 
 
 
607 aa  109  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4524  protein serine/threonine phosphatase  27.93 
 
 
693 aa  109  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280283 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  35.41 
 
 
652 aa  108  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0362  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.13 
 
 
1184 aa  108  5e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.656273  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3071  protein serine/threonine phosphatase  36.29 
 
 
260 aa  107  9e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.136695 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  43.75 
 
 
738 aa  107  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.69 
 
 
576 aa  106  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>