More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3280 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3280  PAS sensor protein  100 
 
 		 354 aa  701    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3604  signal transduction histidine kinase  97.46 
 
 		 354 aa  663    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3478  putative signal transduction histidine kinase  82.1 
 
 		 354 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4555  signal transduction histidine kinase  43.35 
 
 		 369 aa  248  8e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5540  sensory box histidine kinase  42.64 
 
 		 411 aa  245  6.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6934  signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0476013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4519  signal transduction histidine kinase  39.6 
 
 		 366 aa  208  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175783  normal  0.446714 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4037  PAS sensor protein  38.46 
 
 		 366 aa  204  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.221223 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4407  signal transduction histidine kinase  38.18 
 
 		 366 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0623  signal transduction histidine kinase  37.87 
 
 		 334 aa  196  7e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  38.93 
 
 		 539 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4511  putative PAS/PAC sensor protein  67.94 
 
 		 164 aa  187  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3297  hypothetical protein  41.48 
 
 		 360 aa  178  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.747205  normal  0.456251 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2896  sensory box histidine kinase/response regulator  34.49 
 
 		 534 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.287234  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2700  histidine kinase  35.28 
 
 		 534 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483155  normal  0.0451896 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1894  PAS sensor protein  34.86 
 
 		 387 aa  172  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.383857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  36.78 
 
 		 541 aa  171  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  36.43 
 
 		 541 aa  169  8e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  36.43 
 
 		 541 aa  169  8e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2346  hypothetical protein  36.36 
 
 		 364 aa  165  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3139  histidine kinase  37.67 
 
 		 533 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468681  normal  0.330779 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7100  signal transduction histidine kinase  35.31 
 
 		 357 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3461  histidine kinase  37.67 
 
 		 533 aa  162  9e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  35.31 
 
 		 533 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3564  histidine kinase  35.11 
 
 		 544 aa  160  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  34.04 
 
 		 534 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6532  signal transduction histidine kinase  35.93 
 
 		 368 aa  159  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0793858  normal  0.366363 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3336  histidine kinase  36.03 
 
 		 531 aa  159  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6213  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 		 559 aa  156  6e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1135  putative signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 		 338 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.177976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.17 
 
 		 888 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  36.36 
 
 		 544 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  58.02 
 
 		 488 aa  153  5e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  58.02 
 
 		 488 aa  153  5e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.94 
 
 		 890 aa  152  8e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  58.02 
 
 		 488 aa  151  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5263  hypothetical protein  32.93 
 
 		 345 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  56.59 
 
 		 503 aa  144  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01426  histidine kinase  47.02 
 
 		 507 aa  143  5e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.643455  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.02 
 
 		 814 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  44.79 
 
 		 491 aa  139  6e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5559  hypothetical protein  46.75 
 
 		 342 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472868  normal  0.0109335 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  55.04 
 
 		 723 aa  135  8e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.31 
 
 		 812 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3021  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  60.48 
 
 		 812 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.510865  normal  0.160517 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0896  signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 		 839 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.335338  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.75 
 
 		 654 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0315  signal transduction histidine kinase  52.1 
 
 		 901 aa  126  7e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  46.67 
 
 		 463 aa  125  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  30.9 
 
 		 1676 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  46.67 
 
 		 463 aa  124  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3126  signal transduction histidine kinase  34.36 
 
 		 352 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  51.35 
 
 		 760 aa  120  3e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0662  putative PAS/PAC sensor protein  48.48 
 
 		 644 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  47.93 
 
 		 581 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5895  signal transduction histidine kinase  32.06 
 
 		 356 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.677371  normal  0.686603 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 481 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4331  signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 545 aa  117  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.364366 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 481 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  46.83 
 
 		 580 aa  117  3.9999999999999997e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 		 2693 aa  116  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.48 
 
 		 743 aa  116  5e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1888  PAS sensor protein  33.83 
 
 		 326 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0471  signal transduction histidine kinase  31.75 
 
 		 349 aa  115  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3753  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.15 
 
 		 913 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0468324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1364  signal transduction histidine kinase  30.5 
 
 		 382 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00521592 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1259  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 		 578 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3344  signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 		 336 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3899  signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 		 613 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.796516 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0167  signal transduction histidine kinase  33.43 
 
 		 336 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1231  LuxR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 223 aa  113  4.0000000000000004e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0698119  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2986  PAS domain-containing protein  42.02 
 
 		 150 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24395  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  34.21 
 
 		 547 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.9 
 
 		 1877 aa  111  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2006  putative blue-light photoreceptor  52.48 
 
 		 139 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0395879 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5893  signal transduction histidine kinase  29.01 
 
 		 465 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0090  signal transduction histidine kinase  27.71 
 
 		 358 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1419  signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 		 551 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3509  signal transduction histidine kinase  32.72 
 
 		 439 aa  109  7.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2468 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0075  signal transduction histidine kinase  27.74 
 
 		 358 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.232772  normal  0.0544453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0507  signal transduction histidine kinase  34.63 
 
 		 336 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  30.67 
 
 		 3706 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11268  histidine kinase sensor protein  27.07 
 
 		 624 aa  107  3e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40751  predicted protein  42.4 
 
 		 734 aa  107  3e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00189379 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1370  signal transduction histidine kinase  29.67 
 
 		 1560 aa  107  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.71177  normal  0.70667 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0936  signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 		 1177 aa  106  6e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.194621  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_8113  predicted protein  50 
 
 		 103 aa  106  6e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00382654  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  27.2 
 
 		 1390 aa  105  1e-21  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3597  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.14 
 
 		 587 aa  105  2e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0317  bacterio-opsin activator  42.15 
 
 		 680 aa  105  2e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.331726  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0591  signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 		 367 aa  105  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.76494 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1756  Signal transduction histidine kinase  33.49 
 
 		 362 aa  104  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.38054  normal  0.143124 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.69 
 
 		 1820 aa  104  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0913  multisensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 		 991 aa  104  3e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.650855  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4431  signal transduction histidine kinase  29.69 
 
 		 767 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.222195  normal  0.392293 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15977  predicted protein  45.63 
 
 		 108 aa  103  3e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.13 
 
 		 1021 aa  103  4e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2710  hypothetical protein  31.51 
 
 		 744 aa  103  4e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2710  signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 		 363 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.304131  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2192  signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 		 362 aa  103  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>