More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2648 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1429  hypothetical protein  65.04 
 
 
910 aa  1102    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2100  putative phytochrome sensor protein  55.31 
 
 
1082 aa  1164    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.758651  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1230  serine phosphatase  62.08 
 
 
1100 aa  1307    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.081901 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2061  Na+/solute symporter  51.11 
 
 
671 aa  668    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.274324 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2045  putative GAF sensor protein  66.73 
 
 
1079 aa  1476    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0456906  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1586  putative phytochrome sensor protein  97.06 
 
 
1087 aa  2100    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0975529 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2659  serine phosphatase  54.6 
 
 
1083 aa  1174    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.623664  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2648  putative phytochrome sensor protein  100 
 
 
1087 aa  2214    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4149  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  46.6 
 
 
919 aa  575  1.0000000000000001e-162  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2030  histidine kinase  44.49 
 
 
927 aa  554  1e-156  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1502  Histidine kinase  42.27 
 
 
919 aa  546  1e-153  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.11 
 
 
1088 aa  539  1e-151  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2045  histidine kinase  42.64 
 
 
906 aa  526  1e-147  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189516  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2650  ATP-binding region ATPase domain protein  42.24 
 
 
913 aa  516  1e-144  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.574534  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1631  sensor histidine kinase  43.16 
 
 
903 aa  513  1e-144  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.857286 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0294  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.92 
 
 
1071 aa  509  9.999999999999999e-143  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.565561 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3779  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.54 
 
 
920 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0666  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.11 
 
 
917 aa  482  1e-134  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.220304  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0715  Na+/solute symporter  43.29 
 
 
1039 aa  478  1e-133  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.723376  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0236  histidine kinase  42.19 
 
 
935 aa  476  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00442274 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1904  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.42 
 
 
932 aa  476  1e-132  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.636099  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3243  PAS sensor protein  40.16 
 
 
1323 aa  460  9.999999999999999e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1408  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.41 
 
 
897 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.263667  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5112  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.68 
 
 
901 aa  454  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1017  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.56 
 
 
1323 aa  450  1e-125  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0385374  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1803  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.29 
 
 
894 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.27583 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0169  Na+/solute symporter  40.29 
 
 
894 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0827667  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0898  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.47 
 
 
1172 aa  441  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.149338  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2428  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.85 
 
 
945 aa  437  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.396366 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0869  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.4 
 
 
1316 aa  434  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0225926  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1474  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.55 
 
 
894 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2900  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.18 
 
 
1069 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.095908  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1498  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39 
 
 
1070 aa  410  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.308131  normal  0.537019 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2991  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.81 
 
 
1069 aa  408  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0090  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.97 
 
 
1163 aa  404  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.43 
 
 
1070 aa  401  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0921  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.92 
 
 
1169 aa  399  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306622  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0316  sensor histidine kinase/response regulator  36.86 
 
 
1174 aa  395  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0058  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.56 
 
 
1170 aa  394  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950876  normal  0.562732 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4564  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.82 
 
 
1169 aa  395  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519353  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4538  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.51 
 
 
1172 aa  392  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3900  sensory box histidine kinase/response regulator  37.4 
 
 
1157 aa  389  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1585  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  37.4 
 
 
1158 aa  389  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.484303 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4823  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.27 
 
 
1169 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  34.01 
 
 
950 aa  387  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1507  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.5 
 
 
896 aa  389  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.808684  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0409  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.82 
 
 
1171 aa  384  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1850  putative two-component sensor  37.08 
 
 
1159 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460329  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21700  putative two-component sensor  37.08 
 
 
1159 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0860  putative two-component hybrid sensor histidine kinase and response regulator  36.78 
 
 
1169 aa  384  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0827695 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0224  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.94 
 
 
1167 aa  382  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2742  sensor histidine kinase/response regulator  36.89 
 
 
1145 aa  381  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1660  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.67 
 
 
1156 aa  382  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0486727  normal  0.0112915 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0252  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.11 
 
 
1174 aa  382  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854881  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0274  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.52 
 
 
1169 aa  382  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.41273  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.12 
 
 
1159 aa  379  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.948496  normal  0.574545 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  38.18 
 
 
1168 aa  377  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3978  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.12 
 
 
1152 aa  379  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.508831  normal  0.169335 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3255  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.56 
 
 
1177 aa  378  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0680649  normal  0.187811 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0837  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.54 
 
 
1168 aa  380  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.303418 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1292  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.85 
 
 
1159 aa  378  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0372313  normal  0.867611 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4025  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.82 
 
 
1159 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0792472  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0165  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.27 
 
 
1168 aa  378  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.53132  normal  0.851256 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02752  two-component system sensor protein  37.27 
 
 
1150 aa  374  1e-102  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2693  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.11 
 
 
893 aa  375  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194917  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1250  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.81 
 
 
1158 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0252543 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3169  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.99 
 
 
1168 aa  374  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2348  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.3 
 
 
1145 aa  370  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0620  two component sensor kinase/response regulator hybrid  36.55 
 
 
1169 aa  372  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2531  histidine kinase  35.92 
 
 
1146 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014523  hitchhiker  0.00504999 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1753  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.22 
 
 
1146 aa  368  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1749  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 
1146 aa  366  1e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0353406  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2361  multi-sensor hybrid histidine kinase  36 
 
 
1146 aa  365  3e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00248753 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2557  histidine kinase  36.15 
 
 
1142 aa  363  8e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257497  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0523  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  35.31 
 
 
1179 aa  363  9e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.183484 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35230  integral membrane sensor hybrid histidine protein kinase  36.96 
 
 
1161 aa  362  2e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234785  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2724  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.79 
 
 
1140 aa  362  2e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178694  hitchhiker  0.00103188 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1792  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.92 
 
 
1146 aa  361  5e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.103598  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1864  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.08 
 
 
1159 aa  357  6.999999999999999e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0562222 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3284  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.21 
 
 
1168 aa  357  6.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.431447 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3460  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.91 
 
 
1175 aa  357  7.999999999999999e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.549126 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1470  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.68 
 
 
1140 aa  356  1e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0663  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.08 
 
 
1172 aa  355  2e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.564919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2433  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.76 
 
 
1146 aa  355  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0799381 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2695  sensor histidine kinase  35.52 
 
 
1147 aa  352  1e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1534  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 
1140 aa  350  6e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.254728  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2522  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.61 
 
 
1146 aa  348  4e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00042371 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2062  serine phosphatase  46.93 
 
 
366 aa  340  9.999999999999999e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.39738 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00164  sensor histidine kinase  35.59 
 
 
1177 aa  340  9.999999999999999e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2829  membrane associated response regulator, histidine kinase  36.14 
 
 
1148 aa  340  9.999999999999999e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0068  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  34.54 
 
 
1156 aa  338  3.9999999999999995e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2078  sensor histidine kinase/response regulator  34.7 
 
 
1141 aa  327  8.000000000000001e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.45474  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0523  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.11 
 
 
1145 aa  325  2e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1788  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.62 
 
 
885 aa  321  5e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00597808  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3139  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.17 
 
 
1161 aa  313  7.999999999999999e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.305564 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3419  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  33.85 
 
 
1184 aa  309  2.0000000000000002e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.285921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1829  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
1185 aa  309  2.0000000000000002e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2613  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.01 
 
 
1166 aa  304  6.000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2542  putative PAS/PAC sensor protein  55.08 
 
 
637 aa  293  2e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0849  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.23 
 
 
981 aa  291  3e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000864337  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>