More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1408 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_1631  sensor histidine kinase  42.84 
 
 		 903 aa  644    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.857286 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1502  Histidine kinase  43.92 
 
 		 919 aa  674    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1803  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  65.62 
 
 		 894 aa  1154    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.27583 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0169  Na+/solute symporter  65.85 
 
 		 894 aa  1157    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0827667  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1408  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 897 aa  1795    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.263667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2693  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  62.99 
 
 		 893 aa  1057    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1474  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  65.85 
 
 		 894 aa  1137    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4149  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  42.59 
 
 		 919 aa  692    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1507  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  63.8 
 
 		 896 aa  1117    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.808684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1904  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.23 
 
 		 932 aa  654    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.636099  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0666  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  43.2 
 
 		 917 aa  661    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.220304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1788  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  54.78 
 
 		 885 aa  854    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00597808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2030  histidine kinase  43.34 
 
 		 927 aa  671    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2650  ATP-binding region ATPase domain protein  41.94 
 
 		 913 aa  629  1e-179  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.574534  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3779  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.18 
 
 		 920 aa  619  1e-176  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0236  histidine kinase  43.68 
 
 		 935 aa  609  1e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00442274 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2045  histidine kinase  39.32 
 
 		 906 aa  606  9.999999999999999e-173  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189516  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5112  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.46 
 
 		 901 aa  581  1e-164  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2428  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.1 
 
 		 945 aa  563  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.396366 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.81 
 
 		 1088 aa  481  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3978  multi-sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 1152 aa  454  1.0000000000000001e-126  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.508831  normal  0.169335 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2045  putative GAF sensor protein  39.66 
 
 		 1079 aa  442  1e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0456906  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1586  putative phytochrome sensor protein  38.23 
 
 		 1087 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0975529 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0898  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.12 
 
 		 1172 aa  442  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.149338  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2648  putative phytochrome sensor protein  41.32 
 
 		 1087 aa  439  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1429  hypothetical protein  40.37 
 
 		 910 aa  436  1e-120  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2061  Na+/solute symporter  40.89 
 
 		 671 aa  431  1e-119  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.274324 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1850  putative two-component sensor  40.49 
 
 		 1159 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460329  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0869  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.31 
 
 		 1316 aa  427  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0225926  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21700  putative two-component sensor  40.49 
 
 		 1159 aa  426  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1660  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  40.06 
 
 		 1156 aa  422  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0486727  normal  0.0112915 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2100  putative phytochrome sensor protein  40.3 
 
 		 1082 aa  419  9.999999999999999e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.758651  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1230  serine phosphatase  41.31 
 
 		 1100 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.081901 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0274  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.67 
 
 		 1169 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.41273  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0294  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.38 
 
 		 1071 aa  419  9.999999999999999e-116  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.565561 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0165  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.06 
 
 		 1168 aa  414  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.53132  normal  0.851256 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0409  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.06 
 
 		 1171 aa  413  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0860  putative two-component hybrid sensor histidine kinase and response regulator  38.33 
 
 		 1169 aa  411  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827695 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02752  two-component system sensor protein  38.2 
 
 		 1150 aa  412  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0921  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.02 
 
 		 1169 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306622  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0090  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  39.26 
 
 		 1163 aa  406  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0316  sensor histidine kinase/response regulator  40.63 
 
 		 1174 aa  405  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35230  integral membrane sensor hybrid histidine protein kinase  39.06 
 
 		 1161 aa  404  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234785  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3900  sensory box histidine kinase/response regulator  38.12 
 
 		 1157 aa  405  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1585  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  38.53 
 
 		 1158 aa  403  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.484303 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1250  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.38 
 
 		 1158 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0252543 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1292  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.08 
 
 		 1159 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0372313  normal  0.867611 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4564  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.77 
 
 		 1169 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519353  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.52 
 
 		 1159 aa  399  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.948496  normal  0.574545 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0224  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.85 
 
 		 1167 aa  399  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0252  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.97 
 
 		 1174 aa  399  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4025  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.37 
 
 		 1159 aa  399  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0792472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2659  serine phosphatase  36.2 
 
 		 1083 aa  397  1e-109  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.623664  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4823  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.13 
 
 		 1169 aa  395  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0837  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36 
 
 		 1168 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.303418 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0058  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.49 
 
 		 1170 aa  392  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950876  normal  0.562732 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0620  two component sensor kinase/response regulator hybrid  37.6 
 
 		 1169 aa  389  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.89 
 
 		 1070 aa  389  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0715  Na+/solute symporter  38.3 
 
 		 1039 aa  389  1e-106  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.723376  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4538  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.18 
 
 		 1172 aa  389  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  30.17 
 
 		 950 aa  386  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3243  PAS sensor protein  33.95 
 
 		 1323 aa  380  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2991  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.23 
 
 		 1069 aa  379  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2900  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.23 
 
 		 1069 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.095908  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1498  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.95 
 
 		 1070 aa  373  1e-102  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.308131  normal  0.537019 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1017  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.55 
 
 		 1323 aa  370  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0385374  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2695  sensor histidine kinase  36.25 
 
 		 1147 aa  369  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3255  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.39 
 
 		 1177 aa  369  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0680649  normal  0.187811 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3169  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.26 
 
 		 1168 aa  365  2e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1749  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.26 
 
 		 1146 aa  363  5.0000000000000005e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0353406  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1753  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.26 
 
 		 1146 aa  363  6e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2531  histidine kinase  35.12 
 
 		 1146 aa  363  7.0000000000000005e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014523  hitchhiker  0.00504999 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00164  sensor histidine kinase  36.36 
 
 		 1177 aa  362  2e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2742  sensor histidine kinase/response regulator  34.75 
 
 		 1145 aa  359  9.999999999999999e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1792  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.08 
 
 		 1146 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.103598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3460  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.56 
 
 		 1175 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.549126 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3284  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.41 
 
 		 1168 aa  357  7.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.431447 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0663  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.41 
 
 		 1172 aa  357  7.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.564919 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2361  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.25 
 
 		 1146 aa  355  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248753 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2348  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.17 
 
 		 1145 aa  351  3e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2829  membrane associated response regulator, histidine kinase  35.39 
 
 		 1148 aa  348  2e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0523  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  35.95 
 
 		 1179 aa  348  4e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.183484 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1534  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.57 
 
 		 1140 aa  345  2e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.254728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1470  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.15 
 
 		 1140 aa  345  2.9999999999999997e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2724  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.21 
 
 		 1140 aa  344  4e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178694  hitchhiker  0.00103188 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1864  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.43 
 
 		 1159 aa  341  4e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0562222 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  34.31 
 
 		 1168 aa  340  9.999999999999999e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2557  histidine kinase  34.15 
 
 		 1142 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257497  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2433  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.3 
 
 		 1146 aa  335  3e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0799381 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2522  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.25 
 
 		 1146 aa  333  1e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042371 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2078  sensor histidine kinase/response regulator  33.15 
 
 		 1141 aa  330  6e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.45474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1985  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.68 
 
 		 1138 aa  328  4.0000000000000003e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0068  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  32.51 
 
 		 1156 aa  322  1.9999999999999998e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0523  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.64 
 
 		 1145 aa  319  2e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1829  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  32.82 
 
 		 1185 aa  317  8e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1424  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.03 
 
 		 1152 aa  306  1.0000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.68675 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3139  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.09 
 
 		 1161 aa  300  9e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.305564 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3419  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  31.21 
 
 		 1184 aa  295  2e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.285921  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002203  sensor histidine kinase  34.88 
 
 		 1055 aa  292  2e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0849  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 		 981 aa  289  1e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000864337  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>