More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1470 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.74 
 
 		 1159 aa  1018    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.948496  normal  0.574545 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2829  membrane associated response regulator, histidine kinase  44.65 
 
 		 1148 aa  931    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2613  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.4 
 
 		 1166 aa  830    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0068  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  42.92 
 
 		 1156 aa  891    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  37.81 
 
 		 1168 aa  739    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3419  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  39.25 
 
 		 1184 aa  814    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.285921  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0620  two component sensor kinase/response regulator hybrid  36.18 
 
 		 1169 aa  703    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0316  sensor histidine kinase/response regulator  37.89 
 
 		 1174 aa  721    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2522  multi-sensor hybrid histidine kinase  82.68 
 
 		 1146 aa  1932    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042371 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2742  sensor histidine kinase/response regulator  82.78 
 
 		 1145 aa  1966    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4538  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.85 
 
 		 1172 aa  664    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1792  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  83.42 
 
 		 1146 aa  1968    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.103598  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3900  sensory box histidine kinase/response regulator  45.72 
 
 		 1157 aa  991    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2695  sensor histidine kinase  44.61 
 
 		 1147 aa  939    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0165  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.45 
 
 		 1168 aa  725    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.53132  normal  0.851256 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1585  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  45.57 
 
 		 1158 aa  988    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.484303 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1534  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  78.86 
 
 		 1140 aa  1830    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.254728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2348  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  82.15 
 
 		 1145 aa  1937    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1660  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  47.96 
 
 		 1156 aa  1013    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0486727  normal  0.0112915 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3978  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.81 
 
 		 1152 aa  823    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.508831  normal  0.169335 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002203  sensor histidine kinase  44.81 
 
 		 1055 aa  878    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00719  Multidomain protein contains Na+/proline symporter PutP-like domain, sensory histidine kinase and receiver domain  36.62 
 
 		 1147 aa  703    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0409  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.65 
 
 		 1171 aa  723    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02752  two-component system sensor protein  38.1 
 
 		 1150 aa  773    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3139  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.12 
 
 		 1161 aa  845    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.305564 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0224  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.78 
 
 		 1167 aa  745    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2724  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  78.95 
 
 		 1140 aa  1863    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178694  hitchhiker  0.00103188 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0921  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.64 
 
 		 1169 aa  690    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306622  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1850  putative two-component sensor  47.02 
 
 		 1159 aa  1026    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460329  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1864  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  80.19 
 
 		 1159 aa  1898    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0562222 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2557  histidine kinase  79.75 
 
 		 1142 aa  1871    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257497  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4564  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.94 
 
 		 1169 aa  666    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0898  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.19 
 
 		 1172 aa  895    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.149338  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00164  sensor histidine kinase  44.6 
 
 		 1177 aa  948    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1753  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  83.42 
 
 		 1146 aa  1976    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0058  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.96 
 
 		 1170 aa  678    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950876  normal  0.562732 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4823  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.54 
 
 		 1169 aa  711    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1749  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  83.51 
 
 		 1146 aa  1979    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0353406  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0837  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.05 
 
 		 1168 aa  680    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.303418 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0274  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.63 
 
 		 1169 aa  716    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.41273  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0252  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.86 
 
 		 1174 aa  745    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0523  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.72 
 
 		 1145 aa  726    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2531  histidine kinase  83.51 
 
 		 1146 aa  1975    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014523  hitchhiker  0.00504999 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1985  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.24 
 
 		 1138 aa  714    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0090  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 		 1163 aa  709    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1292  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.22 
 
 		 1159 aa  1014    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0372313  normal  0.867611 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3460  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.61 
 
 		 1175 aa  754    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.549126 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1424  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.27 
 
 		 1152 aa  743    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.68675 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2361  multi-sensor hybrid histidine kinase  82.26 
 
 		 1146 aa  1947    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248753 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3284  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.71 
 
 		 1168 aa  758    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.431447 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0663  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.88 
 
 		 1172 aa  760    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.564919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2433  multi-sensor hybrid histidine kinase  82.26 
 
 		 1146 aa  1934    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0799381 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1470  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 1140 aa  2325    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1829  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.82 
 
 		 1185 aa  773    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3169  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.01 
 
 		 1168 aa  741    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0523  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  38.24 
 
 		 1179 aa  719    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.183484 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4025  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.57 
 
 		 1159 aa  1009    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0792472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21700  putative two-component sensor  47.2 
 
 		 1159 aa  1028    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2078  sensor histidine kinase/response regulator  79.05 
 
 		 1141 aa  1845    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.45474  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35230  integral membrane sensor hybrid histidine protein kinase  47.46 
 
 		 1161 aa  1019    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234785  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0860  putative two-component hybrid sensor histidine kinase and response regulator  38.02 
 
 		 1169 aa  717    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827695 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1250  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.35 
 
 		 1158 aa  1021    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0252543 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3255  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.14 
 
 		 1177 aa  632  1e-179  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0680649  normal  0.187811 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02256  Multidomain protein, contains Na+/proline symporter PutP-like domain, sensory histidine kinase and receiver domain  35.88 
 
 		 1006 aa  593  1e-168  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.371064  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2060  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.95 
 
 		 1111 aa  585  1.0000000000000001e-165  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.749505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0869  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.54 
 
 		 1316 aa  557  1e-157  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0225926  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2627  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.99 
 
 		 1116 aa  548  1e-154  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.594612  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2030  histidine kinase  39.46 
 
 		 927 aa  418  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1502  Histidine kinase  38.86 
 
 		 919 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1631  sensor histidine kinase  39.7 
 
 		 903 aa  396  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.857286 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4149  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.05 
 
 		 919 aa  392  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1904  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.16 
 
 		 932 aa  384  1e-105  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.636099  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3355  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.31 
 
 		 880 aa  381  1e-104  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0607488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02398  sensor histidine kinase  40.34 
 
 		 881 aa  375  1e-102  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0262  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.42 
 
 		 545 aa  374  1e-102  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.446369  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0291  sensor histidine kinase  40.23 
 
 		 545 aa  376  1e-102  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2650  ATP-binding region ATPase domain protein  38.15 
 
 		 913 aa  370  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.574534  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2922  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.42 
 
 		 883 aa  370  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301068 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0236  histidine kinase  38.35 
 
 		 935 aa  367  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00442274 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3779  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.12 
 
 		 920 aa  367  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.31 
 
 		 1088 aa  365  3e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0666  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.14 
 
 		 917 aa  358  3.9999999999999996e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.220304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1586  putative phytochrome sensor protein  37.76 
 
 		 1087 aa  352  2e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0975529 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2693  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.55 
 
 		 893 aa  348  2e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2648  putative phytochrome sensor protein  37.65 
 
 		 1087 aa  346  1e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1408  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.25 
 
 		 897 aa  344  5.999999999999999e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.263667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0028  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.39 
 
 		 884 aa  343  9e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.465168  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2100  putative phytochrome sensor protein  34.26 
 
 		 1082 aa  343  9e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.758651  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0010  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.39 
 
 		 884 aa  343  1e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2045  putative GAF sensor protein  34.85 
 
 		 1079 aa  339  1.9999999999999998e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0456906  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2061  Na+/solute symporter  35.01 
 
 		 671 aa  338  2.9999999999999997e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.274324 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2045  histidine kinase  33.08 
 
 		 906 aa  338  2.9999999999999997e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189516  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1429  hypothetical protein  33.98 
 
 		 910 aa  335  2e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0294  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.96 
 
 		 1071 aa  335  3e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.565561 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1882  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  38.27 
 
 		 854 aa  334  6e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2428  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.9 
 
 		 945 aa  332  2e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.396366 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5112  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.62 
 
 		 901 aa  331  4e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2659  serine phosphatase  31.63 
 
 		 1083 aa  330  1.0000000000000001e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.623664  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0715  Na+/solute symporter  32.19 
 
 		 1039 aa  327  6e-88  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.723376  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0169  Na+/solute symporter  31.43 
 
 		 894 aa  320  1e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0827667  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>