More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1897 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1502  Histidine kinase  57.72 
 
 
919 aa  691    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2030  histidine kinase  61.41 
 
 
927 aa  775    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1631  sensor histidine kinase  56.82 
 
 
903 aa  665    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.857286 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2650  ATP-binding region ATPase domain protein  56.43 
 
 
913 aa  678    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.574534  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
1088 aa  2173    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4149  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  60.48 
 
 
919 aa  765    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0666  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  51.88 
 
 
917 aa  655    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.220304  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3779  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  51.21 
 
 
920 aa  633  1e-180  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0236  histidine kinase  53.24 
 
 
935 aa  632  1e-179  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00442274 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1904  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  51.59 
 
 
932 aa  600  1e-170  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.636099  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2045  histidine kinase  47.22 
 
 
906 aa  583  1.0000000000000001e-165  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189516  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1429  hypothetical protein  49.53 
 
 
910 aa  580  1e-164  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2045  putative GAF sensor protein  47.47 
 
 
1079 aa  567  1e-160  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0456906  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5112  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  52.55 
 
 
901 aa  551  1e-155  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2428  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  50.94 
 
 
945 aa  544  1e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.396366 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1230  serine phosphatase  48.45 
 
 
1100 aa  539  9.999999999999999e-153  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.081901 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2061  Na+/solute symporter  44.09 
 
 
671 aa  535  1e-150  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.274324 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2648  putative phytochrome sensor protein  46.25 
 
 
1087 aa  528  1e-148  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1586  putative phytochrome sensor protein  46.25 
 
 
1087 aa  525  1e-147  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0975529 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2100  putative phytochrome sensor protein  44.48 
 
 
1082 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.758651  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2659  serine phosphatase  41.04 
 
 
1083 aa  515  1e-144  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.623664  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0898  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.62 
 
 
1172 aa  512  1e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.149338  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0715  Na+/solute symporter  41.19 
 
 
1039 aa  491  1e-137  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.723376  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0869  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.14 
 
 
1316 aa  485  1e-135  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0225926  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0294  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.78 
 
 
1071 aa  481  1e-134  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.565561 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1408  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.81 
 
 
897 aa  481  1e-134  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.263667  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1803  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.71 
 
 
894 aa  481  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.27583 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0169  Na+/solute symporter  43.71 
 
 
894 aa  479  1e-133  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0827667  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1474  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  44.63 
 
 
894 aa  475  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2693  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  46.17 
 
 
893 aa  468  9.999999999999999e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194917  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3243  PAS sensor protein  40.87 
 
 
1323 aa  457  1e-127  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1507  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  43.49 
 
 
896 aa  459  1e-127  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.808684  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1850  putative two-component sensor  42.1 
 
 
1159 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460329  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21700  putative two-component sensor  41.95 
 
 
1159 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0058  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.83 
 
 
1170 aa  451  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950876  normal  0.562732 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3900  sensory box histidine kinase/response regulator  40.52 
 
 
1157 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1585  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  40.38 
 
 
1158 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.484303 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1660  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  42.11 
 
 
1156 aa  443  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0486727  normal  0.0112915 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1017  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.81 
 
 
1323 aa  446  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0385374  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0274  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  39.54 
 
 
1169 aa  445  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.41273  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0860  putative two-component hybrid sensor histidine kinase and response regulator  37.97 
 
 
1169 aa  440  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0827695 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3978  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.88 
 
 
1152 aa  435  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.508831  normal  0.169335 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35230  integral membrane sensor hybrid histidine protein kinase  40.43 
 
 
1161 aa  435  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234785  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0316  sensor histidine kinase/response regulator  39.34 
 
 
1174 aa  431  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4025  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.17 
 
 
1159 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0792472  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1292  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.17 
 
 
1159 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0372313  normal  0.867611 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0921  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.33 
 
 
1169 aa  429  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306622  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.03 
 
 
1159 aa  429  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.948496  normal  0.574545 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2710  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50 
 
 
585 aa  429  1e-118  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.132036  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0409  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.85 
 
 
1171 aa  427  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1250  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.58 
 
 
1158 aa  426  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0252543 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4823  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  39.81 
 
 
1169 aa  425  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0090  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.61 
 
 
1163 aa  425  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  37.73 
 
 
1168 aa  421  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.48 
 
 
1021 aa  420  1e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4564  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  39.5 
 
 
1169 aa  422  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519353  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02752  two-component system sensor protein  39.73 
 
 
1150 aa  419  9.999999999999999e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0224  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.6 
 
 
1167 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0252  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.35 
 
 
1174 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854881  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.84 
 
 
1143 aa  417  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3169  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.5 
 
 
1168 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.6 
 
 
1143 aa  416  1e-114  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0620  two component sensor kinase/response regulator hybrid  38.62 
 
 
1169 aa  414  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0837  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.94 
 
 
1168 aa  416  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.303418 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0165  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.33 
 
 
1168 aa  414  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.53132  normal  0.851256 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3460  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 
1175 aa  404  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.549126 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4538  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.11 
 
 
1172 aa  406  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3284  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 
1168 aa  405  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.431447 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0663  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 
1172 aa  404  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.564919 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.01 
 
 
1471 aa  400  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.25 
 
 
593 aa  395  1e-108  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  44.24 
 
 
865 aa  393  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.64169e-22 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1286  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.44 
 
 
706 aa  395  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.780244 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.23 
 
 
919 aa  394  1e-108  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.25 
 
 
593 aa  395  1e-108  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1498  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.12 
 
 
1070 aa  396  1e-108  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.308131  normal  0.537019 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0523  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  39.26 
 
 
1179 aa  396  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.183484 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0492  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.37 
 
 
754 aa  393  1e-108  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.73 
 
 
842 aa  395  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.223359  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3255  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.23 
 
 
1177 aa  392  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0680649  normal  0.187811 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2695  sensor histidine kinase  39.43 
 
 
1147 aa  389  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.3 
 
 
611 aa  387  1e-106  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4974  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.82 
 
 
877 aa  384  1e-105  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3532  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.82 
 
 
744 aa  385  1e-105  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.543005 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1608  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.15 
 
 
1015 aa  385  1e-105  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363686 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.81 
 
 
1070 aa  384  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.75 
 
 
897 aa  382  1e-104  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000208588 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2900  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.28 
 
 
1069 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.095908  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46 
 
 
921 aa  377  1e-103  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.25 
 
 
900 aa  378  1e-103  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1855  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  45.52 
 
 
872 aa  375  1e-102  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.311227  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3878  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.9 
 
 
892 aa  375  1e-102  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  45.52 
 
 
872 aa  375  1e-102  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2991  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.1 
 
 
1069 aa  375  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  38.38 
 
 
950 aa  369  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2724  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.25 
 
 
1140 aa  367  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178694  hitchhiker  0.00103188 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.08 
 
 
1047 aa  368  1e-100  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.122124  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1470  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.31 
 
 
1140 aa  365  2e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2742  sensor histidine kinase/response regulator  36.42 
 
 
1145 aa  364  4e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4412  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.02 
 
 
726 aa  364  5.0000000000000005e-99  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0426067 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>