159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1586 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2707  putative PAS/PAC sensor protein  78.84 
 
 
640 aa  711    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.109569 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1994  putative PAS/PAC sensor protein  67.84 
 
 
543 aa  748    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.199074  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1586  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
541 aa  1099    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.822014  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.98 
 
 
1325 aa  70.9  0.00000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.120961 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3233  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.09 
 
 
1151 aa  64.3  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.885558  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2554  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.1 
 
 
844 aa  63.2  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  26.77 
 
 
893 aa  63.2  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  22.13 
 
 
603 aa  62.4  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  29.57 
 
 
1442 aa  61.6  0.00000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.22 
 
 
916 aa  59.3  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  25.64 
 
 
655 aa  59.3  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.94 
 
 
986 aa  58.5  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.98 
 
 
885 aa  58.5  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.07 
 
 
780 aa  58.2  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0350  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.97 
 
 
1140 aa  58.2  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.78 
 
 
982 aa  57.4  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.288363 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.21 
 
 
898 aa  57.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.27 
 
 
1262 aa  57.8  0.0000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2450  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  26.56 
 
 
617 aa  57  0.0000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1261  putative phage repressor  45.76 
 
 
236 aa  56.6  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000205761 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0047  signal transduction histidine kinase  34.07 
 
 
980 aa  56.6  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1419  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.91 
 
 
769 aa  56.6  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0849788  normal  0.753623 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3966  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.59 
 
 
677 aa  56.6  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000186378 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.71 
 
 
1080 aa  55.8  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3878  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.58 
 
 
673 aa  55.8  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.97 
 
 
891 aa  55.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  25.1 
 
 
653 aa  55.8  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  24.9 
 
 
3706 aa  56.2  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2373  putative PAS/PAC sensor protein  30.41 
 
 
424 aa  55.8  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0322633  normal  0.629706 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1218  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.82 
 
 
933 aa  55.5  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.493639  hitchhiker  0.0000319453 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3250  sensory transduction histidine kinase  24.79 
 
 
1019 aa  55.1  0.000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.145129 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1041  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  23.15 
 
 
1121 aa  54.7  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.700011  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.26 
 
 
1301 aa  54.3  0.000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.012558 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  29.08 
 
 
255 aa  53.5  0.000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.28 
 
 
996 aa  53.5  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2693  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.02 
 
 
727 aa  53.1  0.00001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0252521 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3508  putative PAS/PAC sensor protein  23.08 
 
 
554 aa  52.8  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.254838 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2130  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.4 
 
 
530 aa  52.8  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.32 
 
 
900 aa  53.5  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.51 
 
 
448 aa  53.1  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.78 
 
 
1333 aa  52.8  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000202305 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.28 
 
 
1094 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  24.42 
 
 
433 aa  52.4  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 
1050 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1342  bacteriophage CI repressor  44.83 
 
 
198 aa  52  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0453655  normal  0.646856 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.91 
 
 
819 aa  52  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2708  sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 
530 aa  52  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.752029  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.81 
 
 
893 aa  51.2  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1100  PAS  31.17 
 
 
576 aa  51.2  0.00005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.897667  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1858  multi-sensor hybrid histidine kinase  21.69 
 
 
1191 aa  51.2  0.00005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  25.21 
 
 
653 aa  51.2  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.81 
 
 
1369 aa  50.8  0.00007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  23.17 
 
 
1741 aa  50.4  0.00008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0819  putative phage repressor  40.98 
 
 
229 aa  50.4  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0545  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.9 
 
 
896 aa  49.7  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.91043  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0420  CI repressor  35.94 
 
 
116 aa  50.1  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.54 
 
 
957 aa  49.7  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0868  putative phage repressor  38.33 
 
 
242 aa  50.1  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0373508  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0244  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  21.74 
 
 
1066 aa  48.9  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3872  PAS  26.15 
 
 
853 aa  48.9  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.81 
 
 
1069 aa  49.7  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.52 
 
 
416 aa  48.9  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2281  putative phage repressor  38.98 
 
 
232 aa  48.9  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1919  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24 
 
 
862 aa  48.9  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.592004  normal  0.385421 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  34.06 
 
 
627 aa  48.9  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2949  DNA-binding protein, putative  38.98 
 
 
231 aa  48.9  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3657  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.31 
 
 
478 aa  48.5  0.0003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2074  sensor histidine kinase  36 
 
 
816 aa  48.1  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.17 
 
 
324 aa  48.1  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1846  multi-sensor signal transduction histidine kinase  20.77 
 
 
737 aa  48.1  0.0004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1158  putative PAS/PAC sensor protein  34.83 
 
 
753 aa  47.8  0.0005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3312  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.11 
 
 
1226 aa  47.8  0.0005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 
245 aa  47.8  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
789 aa  47.4  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.73 
 
 
859 aa  47.8  0.0006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.14 
 
 
416 aa  47.8  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  23.11 
 
 
548 aa  47.4  0.0007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.56 
 
 
900 aa  47.4  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48160  putative sensor/response regulator hybrid  31.94 
 
 
858 aa  47.4  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1335  putative PAS/PAC sensor protein  29.31 
 
 
1113 aa  47.4  0.0007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  24.36 
 
 
1135 aa  47.4  0.0007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2676  putative phage repressor  37.29 
 
 
231 aa  47  0.0008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0135442 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2106  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  25.51 
 
 
635 aa  47  0.0008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0972  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.82 
 
 
994 aa  47  0.0009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.172335  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00817  Repressor protein  36.21 
 
 
187 aa  46.2  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.392805  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.94 
 
 
683 aa  46.6  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00833  hypothetical protein  36.21 
 
 
189 aa  46.2  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  29.63 
 
 
1037 aa  46.6  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.56 
 
 
901 aa  46.6  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.89 
 
 
689 aa  47  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3094  putative PAS/PAC sensor protein  26.5 
 
 
519 aa  46.6  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.259313 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.41 
 
 
960 aa  46.2  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0300  sensory box/GGDEF family protein  26.55 
 
 
321 aa  46.6  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.759411  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1550  putative PAS/PAC sensor protein  25 
 
 
556 aa  46.6  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.87 
 
 
819 aa  46.2  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0911  putative bacteriophage CI repressor protein  36.21 
 
 
189 aa  46.6  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000321718  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25270  sensory histidine protein kinase  25.43 
 
 
600 aa  46.2  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1859  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.98 
 
 
917 aa  45.8  0.002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2546  Signal transduction histidine kinase-like protein  21.76 
 
 
804 aa  46.2  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  32.65 
 
 
1228 aa  45.8  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>