211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2707 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2707  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
640 aa  1307    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.109569 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1994  putative PAS/PAC sensor protein  74.54 
 
 
543 aa  676    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.199074  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1586  putative PAS/PAC sensor protein  78.84 
 
 
541 aa  695    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.822014  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  30.73 
 
 
1442 aa  69.3  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.03 
 
 
448 aa  69.3  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.47 
 
 
982 aa  67.8  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.288363 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  23.01 
 
 
603 aa  67  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.49 
 
 
1080 aa  62  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1218  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.02 
 
 
933 aa  62.4  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.493639  hitchhiker  0.0000319453 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2554  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.17 
 
 
844 aa  62  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3878  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.34 
 
 
673 aa  61.6  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2373  putative PAS/PAC sensor protein  31.33 
 
 
424 aa  61.6  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0322633  normal  0.629706 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 
893 aa  61.2  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.43 
 
 
916 aa  60.8  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.27 
 
 
986 aa  60.5  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0545  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.29 
 
 
896 aa  60.1  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.91043  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0047  signal transduction histidine kinase  32.61 
 
 
980 aa  59.3  0.0000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.44 
 
 
1262 aa  59.3  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1261  putative phage repressor  47.46 
 
 
236 aa  59.7  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000205761 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2450  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  24.57 
 
 
617 aa  58.5  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3250  sensory transduction histidine kinase  27.59 
 
 
1019 aa  58.9  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.145129 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  20.94 
 
 
1021 aa  58.5  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2693  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.19 
 
 
727 aa  58.9  0.0000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0252521 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.52 
 
 
1325 aa  58.2  0.0000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.120961 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.17 
 
 
891 aa  57.4  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.86 
 
 
1301 aa  56.6  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.012558 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.46 
 
 
885 aa  56.6  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3966  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.23 
 
 
677 aa  57  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000186378 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0366  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.52 
 
 
1266 aa  56.6  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.926091  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  28.05 
 
 
255 aa  57  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 
996 aa  55.8  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3508  putative PAS/PAC sensor protein  23.23 
 
 
554 aa  55.8  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.254838 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1893  putative PAS/PAC sensor protein  26.28 
 
 
879 aa  55.5  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3233  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.83 
 
 
1151 aa  55.5  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.885558  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0079  signal transduction histidine kinase  25.77 
 
 
909 aa  54.7  0.000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2546  Signal transduction histidine kinase-like protein  25 
 
 
804 aa  55.1  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.09 
 
 
898 aa  54.7  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  25.1 
 
 
655 aa  54.3  0.000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1919  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.15 
 
 
862 aa  54.3  0.000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.592004  normal  0.385421 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1041  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  22.48 
 
 
1121 aa  53.5  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.700011  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.47 
 
 
1568 aa  53.5  0.00001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  32.33 
 
 
627 aa  53.5  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.73 
 
 
812 aa  53.5  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0566  MCP methyltransferase, CheR-type with PAS/PAC sensor  31.4 
 
 
1193 aa  53.9  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2743  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.65 
 
 
929 aa  53.5  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00773709  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  22.46 
 
 
1741 aa  52.8  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.42 
 
 
1050 aa  52.8  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0091  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  24.37 
 
 
686 aa  52.8  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000101658 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3094  putative PAS/PAC sensor protein  25.64 
 
 
519 aa  52  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.259313 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1514  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.25 
 
 
1253 aa  52  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.841858  normal  0.0475592 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.8 
 
 
416 aa  52.4  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.76 
 
 
1050 aa  52.4  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  26.36 
 
 
420 aa  52  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.66 
 
 
1039 aa  52  0.00004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.763661  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1419  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.9 
 
 
769 aa  51.6  0.00004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0849788  normal  0.753623 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1335  putative PAS/PAC sensor protein  23.77 
 
 
1113 aa  51.6  0.00004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0420  CI repressor  37.7 
 
 
116 aa  51.6  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1342  bacteriophage CI repressor  41.38 
 
 
198 aa  51.6  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0453655  normal  0.646856 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.9 
 
 
957 aa  51.2  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  26.88 
 
 
433 aa  51.6  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0967  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.38 
 
 
1004 aa  51.2  0.00006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.48 
 
 
1245 aa  51.2  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.56 
 
 
859 aa  50.8  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2281  putative phage repressor  38.98 
 
 
232 aa  50.8  0.00008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0868  putative phage repressor  36.67 
 
 
242 aa  50.8  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0373508  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.76 
 
 
780 aa  50.4  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2949  DNA-binding protein, putative  38.98 
 
 
231 aa  50.4  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  25.09 
 
 
1177 aa  50.1  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.36 
 
 
762 aa  50.4  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0219  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.43 
 
 
1452 aa  50.1  0.0001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  26.49 
 
 
3706 aa  50.1  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2784  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.73 
 
 
1222 aa  50.1  0.0001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0520121 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2708  sensor hybrid histidine kinase  34.15 
 
 
530 aa  50.4  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.752029  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.14 
 
 
893 aa  50.1  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1120  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.27 
 
 
805 aa  50.1  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.37757  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  19.92 
 
 
983 aa  50.1  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2272  putative PAS/PAC sensor protein  26.71 
 
 
925 aa  50.4  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0350  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.58 
 
 
1140 aa  50.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2074  sensor histidine kinase  37.5 
 
 
816 aa  49.3  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6717  transcriptional regulator, LuxR family  29.17 
 
 
509 aa  49.7  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.440846  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4990  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.66 
 
 
955 aa  49.7  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.4 
 
 
416 aa  49.7  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46030  putative chemotaxis transducer  22.76 
 
 
417 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.825122 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2676  putative phage repressor  37.29 
 
 
231 aa  49.3  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0135442 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.11 
 
 
324 aa  49.7  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  26.32 
 
 
425 aa  48.9  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2084  sensor histidine kinase  37.5 
 
 
816 aa  48.9  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3623  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.56 
 
 
583 aa  48.9  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0877329 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0819  putative phage repressor  42.37 
 
 
229 aa  48.5  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.58 
 
 
611 aa  48.9  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5154  LuxR family transcriptional regulator  26.03 
 
 
510 aa  48.9  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2130  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.31 
 
 
530 aa  48.5  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.15 
 
 
500 aa  48.9  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.3427  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0602  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 
711 aa  48.1  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.598881  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.59 
 
 
1069 aa  48.5  0.0004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.63 
 
 
789 aa  48.5  0.0004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0157  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.19 
 
 
1329 aa  48.1  0.0004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.41 
 
 
960 aa  48.5  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1100  PAS  28.57 
 
 
576 aa  48.1  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.897667  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0093  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.49 
 
 
856 aa  48.1  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>