More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0516 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  100 
 
 		 255 aa  531  1e-150  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1669  PAS fold-4 domain protein  32.02 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2498  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 245 aa  140  3e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 248 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4130  putative transcriptional regulator  31.08 
 
 		 265 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3416  AraC family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0904858  normal  0.667905 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3003  transcriptional regulator, AraC family  30.17 
 
 		 240 aa  129  5.0000000000000004e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723875 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5196  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 264 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.82206  normal  0.599062 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4668  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 264 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.622787 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2310  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.141971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4671  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01433  transcriptional regulator  29.65 
 
 		 242 aa  126  4.0000000000000003e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.738294  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4563  transcriptional regulator, AraC family  29.6 
 
 		 255 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0238722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3060  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 264 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5307  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 264 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4961  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 264 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0263791 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0878  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 256 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776666  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47910  putative transcriptional regulator  29.95 
 
 		 224 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00926121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0341  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 264 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.729431 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4131  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 260 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696726  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4602  AraC family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0287774  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1839  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2063  AraC family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0477  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.555067  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1415  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.172682  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1891  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0574  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.389496  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0885  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2199  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1287  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 260 aa  118  9e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.400393 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  27.27 
 
 		 241 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2851  transcriptional regulator with PAS/PAC sensors, AraC family  31 
 
 		 256 aa  113  3e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.595855 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 267 aa  103  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  41.84 
 
 		 291 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  37.17 
 
 		 332 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 293 aa  85.9  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  37.07 
 
 		 335 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  38.38 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3327  AraC family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 146 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000116444  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  32.85 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 322 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 287 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 334 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 334 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 332 aa  82.4  0.000000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  32.11 
 
 		 326 aa  82.4  0.000000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  37.27 
 
 		 334 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  37.17 
 
 		 334 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 296 aa  82  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  41.05 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  37.07 
 
 		 336 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  36.43 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 278 aa  81.3  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 366 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 316 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  31.79 
 
 		 293 aa  80.9  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 513 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 285 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  36.7 
 
 		 331 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 286 aa  80.1  0.00000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 287 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  36.63 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  36.63 
 
 		 287 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 287 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  37.61 
 
 		 325 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  41.05 
 
 		 415 aa  79  0.00000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  37.23 
 
 		 346 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 324 aa  79  0.00000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  36.73 
 
 		 293 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 299 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2672  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 270 aa  77.8  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 355 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 312 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  38.95 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 315 aa  78.6  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 330 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  41.35 
 
 		 282 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  31.58 
 
 		 266 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 359 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 348 aa  77.8  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 273 aa  77.8  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 154 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  35.35 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 278 aa  77.4  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  36.96 
 
 		 318 aa  76.6  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 		 202 aa  77  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>