More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2142 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 324 aa  673    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  54.18 
 
 		 329 aa  378  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  48.77 
 
 		 332 aa  324  2e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  46.47 
 
 		 348 aa  315  8e-85  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 330 aa  293  3e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  39.44 
 
 		 325 aa  243  3e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  35.31 
 
 		 334 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  34.88 
 
 		 321 aa  229  5e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  35.6 
 
 		 335 aa  227  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.54 
 
 		 327 aa  226  3e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 334 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 334 aa  225  8e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  36.42 
 
 		 326 aa  217  2e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 331 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  36.13 
 
 		 324 aa  216  4e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  35.47 
 
 		 340 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  34.69 
 
 		 334 aa  211  9e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  37 
 
 		 331 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 336 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.19 
 
 		 326 aa  208  1e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.12 
 
 		 327 aa  205  1e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 322 aa  203  3e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.26 
 
 		 325 aa  201  9.999999999999999e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 326 aa  201  9.999999999999999e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  33.23 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  34.77 
 
 		 336 aa  200  3e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  38.08 
 
 		 332 aa  200  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  36.27 
 
 		 326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  35.6 
 
 		 326 aa  195  9e-49  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  34.77 
 
 		 351 aa  194  2e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  33.75 
 
 		 330 aa  194  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 332 aa  193  4e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  33.84 
 
 		 345 aa  192  6e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 361 aa  192  8e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 		 322 aa  189  5e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  32.15 
 
 		 320 aa  187  2e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.2 
 
 		 323 aa  185  7e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  32.12 
 
 		 347 aa  186  7e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  32.12 
 
 		 347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  32.53 
 
 		 330 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  32.92 
 
 		 360 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  30.67 
 
 		 326 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 329 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.86 
 
 		 293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 343 aa  179  5.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 347 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  30.89 
 
 		 347 aa  179  7e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  31.04 
 
 		 335 aa  179  8e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.9 
 
 		 324 aa  176  4e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 341 aa  176  7e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 339 aa  175  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  40.37 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  38.5 
 
 		 344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 285 aa  172  9e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  32.1 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  35.49 
 
 		 319 aa  170  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 335 aa  168  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7121  transcriptional activator FtrA  30.96 
 
 		 328 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0749123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 333 aa  166  5e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  34.62 
 
 		 320 aa  164  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  37.39 
 
 		 337 aa  162  9e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  29.13 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  29.91 
 
 		 314 aa  159  8e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 342 aa  159  8e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 337 aa  158  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  35.97 
 
 		 320 aa  155  8e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 324 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 330 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1693  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 321 aa  152  5e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.69841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 323 aa  152  5e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 316 aa  152  5.9999999999999996e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 333 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 334 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 324 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 324 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 330 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 338 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3442  putative transcriptional regulator  30.7 
 
 		 334 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  32.16 
 
 		 313 aa  149  6e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  29.08 
 
 		 344 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1023  AraC family transcription regulator  29.08 
 
 		 345 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.243872  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  29.08 
 
 		 344 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3394  transcriptional regulator  31.42 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.482598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 344 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  29.54 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3383  transcriptional regulator  31.42 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.690138  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3445  transcriptional regulator  31.42 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.68449 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40600  putative transcriptional regulator  30.38 
 
 		 334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2453  transcriptional regulator  29.3 
 
 		 339 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  29.08 
 
 		 341 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0621  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  29.35 
 
 		 344 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.627949  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  29.35 
 
 		 344 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 322 aa  146  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>