More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4411 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  99.67 
 
 		 306 aa  639    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 334 aa  696    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  97.01 
 
 		 334 aa  679    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  99.1 
 
 		 334 aa  691    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  85.8 
 
 		 331 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  82.87 
 
 		 336 aa  584  1e-166  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  84.33 
 
 		 334 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  80.66 
 
 		 335 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  75.45 
 
 		 332 aa  535  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  76.43 
 
 		 299 aa  495  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 328 aa  259  4e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 324 aa  229  5e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 330 aa  216  4e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  37.55 
 
 		 330 aa  214  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  33.75 
 
 		 325 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 322 aa  209  4e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  36.7 
 
 		 331 aa  209  6e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 329 aa  208  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  32.52 
 
 		 321 aa  205  1e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 332 aa  203  3e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  32.92 
 
 		 329 aa  201  9.999999999999999e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 332 aa  193  4e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  36.06 
 
 		 330 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  32.32 
 
 		 336 aa  187  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  33.94 
 
 		 340 aa  187  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 344 aa  186  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  33.75 
 
 		 361 aa  186  7e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.17 
 
 		 327 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  34.03 
 
 		 324 aa  183  5.0000000000000004e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 348 aa  182  7e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  32.64 
 
 		 326 aa  182  8.000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.14 
 
 		 326 aa  176  5e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 324 aa  176  7e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 343 aa  175  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  34.03 
 
 		 360 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  38.94 
 
 		 331 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.53 
 
 		 327 aa  172  6.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  31.6 
 
 		 326 aa  172  6.999999999999999e-42  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.36 
 
 		 325 aa  172  9e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  29.14 
 
 		 326 aa  170  3e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 335 aa  169  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 337 aa  169  9e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  33.13 
 
 		 347 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 341 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  30.7 
 
 		 345 aa  166  4e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  33.03 
 
 		 320 aa  166  5.9999999999999996e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  32.5 
 
 		 339 aa  165  9e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.62 
 
 		 293 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  30.09 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  29.48 
 
 		 347 aa  163  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 347 aa  163  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  35.2 
 
 		 337 aa  163  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 285 aa  163  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 338 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 333 aa  162  7e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  31.2 
 
 		 320 aa  162  8.000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 330 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  31.94 
 
 		 351 aa  159  5e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  29.48 
 
 		 326 aa  158  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 332 aa  158  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  32.19 
 
 		 336 aa  157  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  31.79 
 
 		 322 aa  157  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  34.82 
 
 		 327 aa  155  8e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 326 aa  155  9e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 335 aa  155  9e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  34.06 
 
 		 319 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.27 
 
 		 324 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.08 
 
 		 323 aa  153  4e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  37 
 
 		 344 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  31.6 
 
 		 329 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7121  transcriptional activator FtrA  31.3 
 
 		 328 aa  146  6e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0749123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  30.25 
 
 		 322 aa  145  9e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2875  ThiJ/PfpI domain-containing protein  32.95 
 
 		 330 aa  145  1e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.276432  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2327  transcriptional regulator  31.37 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.223293  normal  0.02817 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  34.65 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  31.62 
 
 		 320 aa  143  5e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0113  transcriptional regulator, AraC family  28.82 
 
 		 354 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1985  transcriptional activator FtrA  29.85 
 
 		 333 aa  142  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0670847 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 320 aa  139  6e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.59349 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4599  transcriptional regulator, AraC family  30.54 
 
 		 332 aa  139  8.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1692  transcriptional regulator, AraC family  30.92 
 
 		 333 aa  138  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6981  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 345 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0671274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1506  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 345 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.570084  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0385  transcriptional regulator  29.08 
 
 		 334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6323  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 345 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1023  AraC family transcription regulator  27.93 
 
 		 345 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.243872  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 344 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2197  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 344 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0323  AraC family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 344 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0069  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 344 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 344 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0621  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 344 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.627949  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 342 aa  135  8e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5233  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 349 aa  135  8e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.896357  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1234  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>