More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3467 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  652    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  37.31 
 
 		 347 aa  210  3e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  36.83 
 
 		 347 aa  209  4e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  37.24 
 
 		 347 aa  209  5e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  37.16 
 
 		 336 aa  194  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 335 aa  192  6e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 335 aa  189  4e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  45.37 
 
 		 331 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 337 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 341 aa  185  7e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  44.7 
 
 		 330 aa  186  7e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  35.58 
 
 		 325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 326 aa  165  8e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  31.29 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 333 aa  161  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  35.93 
 
 		 329 aa  160  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  32.18 
 
 		 337 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  41.01 
 
 		 344 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  33.44 
 
 		 327 aa  156  4e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 332 aa  155  7e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 324 aa  152  5e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  31 
 
 		 345 aa  152  7e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1180  AraC family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 320 aa  152  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.688099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  27.83 
 
 		 324 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5650  AraC family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 337 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5594  AraC family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 321 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  32.21 
 
 		 335 aa  151  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 334 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  33.03 
 
 		 324 aa  150  3e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2856  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 314 aa  150  4e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 285 aa  149  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  32.51 
 
 		 331 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  38.55 
 
 		 334 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2723  transcriptional regulator, AraC family  36.62 
 
 		 331 aa  147  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.844059  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 348 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  31.61 
 
 		 334 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  29.62 
 
 		 347 aa  145  8.000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6096  AraC family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 342 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0230  transcriptional regulator  37.67 
 
 		 315 aa  145  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.14 
 
 		 326 aa  143  3e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  28.04 
 
 		 314 aa  143  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  28.05 
 
 		 340 aa  143  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4763  AraC family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 315 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  35.32 
 
 		 331 aa  142  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.92 
 
 		 327 aa  142  6e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 336 aa  142  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 330 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  30.41 
 
 		 326 aa  141  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  29.97 
 
 		 361 aa  141  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 342 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4847  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4725  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 332 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5440  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5422  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0424919  normal  0.013013 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 338 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  30.67 
 
 		 326 aa  140  3.9999999999999997e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  36.82 
 
 		 313 aa  140  3.9999999999999997e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 338 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6821  AraC family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 324 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2955  transcriptional regulator, AraC family  32.13 
 
 		 317 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.012422  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 343 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  28.77 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5233  AraC family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 349 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.896357  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5545  AraC family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.7737  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5910  AraC family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  30.7 
 
 		 326 aa  138  2e-31  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3598  transcriptional regulator, AraC family  34.53 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0167816  normal  0.0986203 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2197  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6286  transcriptional regulator, AraC family  44.27 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6415  AraC family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 320 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6981  AraC family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 345 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0671274  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0954  transcriptional regulator, AraC family  34.27 
 
 		 346 aa  136  5e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.856165  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  37.5 
 
 		 329 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1506  AraC family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 345 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.570084  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6323  AraC family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 345 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0966  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 354 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2740  transcriptional activator FtrA  30.8 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4495  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  33.71 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3394  transcriptional regulator  34.84 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.482598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2995  transcriptional regulator, AraC family  34.56 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3383  transcriptional regulator  34.84 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.690138  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  35.78 
 
 		 351 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3774  transcriptional regulator, AraC family  32.13 
 
 		 349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0964953  normal  0.0117202 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3445  transcriptional regulator  34.84 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.68449 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2289  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 332 aa  133  3e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0296172  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0923  AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 331 aa  134  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0228  ThiJ/PfpI domain protein  32 
 
 		 313 aa  134  3e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.000506965  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1985  transcriptional activator FtrA  30.37 
 
 		 333 aa  134  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0670847 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  34.4 
 
 		 336 aa  133  3.9999999999999996e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2875  ThiJ/PfpI domain-containing protein  36.36 
 
 		 330 aa  133  5e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.276432  normal  0.168058 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>