More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3787 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  665    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  62.93 
 
 		 326 aa  439  9.999999999999999e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  59.81 
 
 		 326 aa  425  1e-118  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  59.63 
 
 		 327 aa  419  1e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  60.56 
 
 		 327 aa  412  1e-114  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  50.47 
 
 		 326 aa  373  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  51.86 
 
 		 326 aa  346  3e-94  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  53.21 
 
 		 293 aa  337  9.999999999999999e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  51.55 
 
 		 324 aa  334  1e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  46.39 
 
 		 323 aa  330  1e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  49.53 
 
 		 326 aa  329  4e-89  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  48.12 
 
 		 325 aa  329  4e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  44.93 
 
 		 322 aa  264  2e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  43.46 
 
 		 332 aa  259  4e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.13 
 
 		 324 aa  245  6e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 		 324 aa  242  6e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  38.44 
 
 		 339 aa  232  8.000000000000001e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 324 aa  229  5e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  32.92 
 
 		 329 aa  208  1e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  32.52 
 
 		 334 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 334 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 332 aa  202  6e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 320 aa  198  1.0000000000000001e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 334 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  30.62 
 
 		 325 aa  194  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 330 aa  193  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  30.51 
 
 		 331 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  30.72 
 
 		 330 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  30.54 
 
 		 334 aa  190  4e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  30.54 
 
 		 336 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  30.12 
 
 		 332 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  31.34 
 
 		 335 aa  187  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  34.08 
 
 		 336 aa  187  3e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 299 aa  186  6e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  30.3 
 
 		 340 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 341 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 343 aa  179  4.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 332 aa  179  4.999999999999999e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 326 aa  177  1e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  29.36 
 
 		 361 aa  178  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 348 aa  177  2e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 285 aa  176  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  29.28 
 
 		 313 aa  169  6e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  30.34 
 
 		 344 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  29.27 
 
 		 351 aa  166  4e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 328 aa  166  4e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  28.06 
 
 		 330 aa  164  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  29.12 
 
 		 360 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  29.74 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 331 aa  160  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 335 aa  159  5e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  31.84 
 
 		 327 aa  158  1e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  30.94 
 
 		 336 aa  157  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 333 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  28.31 
 
 		 347 aa  155  7e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 329 aa  154  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  28.18 
 
 		 347 aa  153  5e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  27.88 
 
 		 347 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  29.01 
 
 		 345 aa  151  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  27.58 
 
 		 347 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  30.36 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 342 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 316 aa  145  7.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 330 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  30.9 
 
 		 319 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 330 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 319 aa  142  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 338 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  27.58 
 
 		 335 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5976  transcriptional regulator  27.1 
 
 		 325 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.557743  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 322 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  25.67 
 
 		 313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  32.16 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4079  transcriptional regulator, AraC family  27.3 
 
 		 321 aa  139  6e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0276978  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  29.87 
 
 		 314 aa  139  7.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1956  transcriptional regulator  25.47 
 
 		 316 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 324 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 324 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 324 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 344 aa  136  6.0000000000000005e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 322 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2808  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.627946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1693  AraC family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.69841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5796  transcriptional regulator, AraC family  26.13 
 
 		 317 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3004  transcriptional regulator  26.99 
 
 		 319 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000291789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 		 334 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  26.77 
 
 		 334 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 341 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 331 aa  132  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3465  transcriptional regulator, AraC family  25.7 
 
 		 327 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7238  transcriptional regulator  32.26 
 
 		 315 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.402407  normal  0.120552 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  26.67 
 
 		 322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>