More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5208 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
324 aa  677    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  41.21 
 
 
327 aa  245  9e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  37.89 
 
 
321 aa  242  7e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  45.95 
 
 
327 aa  239  5e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39.55 
 
 
326 aa  237  2e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  43.48 
 
 
326 aa  237  2e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  42.21 
 
 
324 aa  233  3e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 
326 aa  218  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  40.61 
 
 
326 aa  216  4e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  41.04 
 
 
332 aa  215  5.9999999999999996e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  43.55 
 
 
325 aa  212  7.999999999999999e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.5 
 
 
323 aa  209  4e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  38.85 
 
 
322 aa  204  1e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  40.95 
 
 
326 aa  202  6e-51  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  38.15 
 
 
339 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 
324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.5 
 
 
293 aa  197  3e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  39.52 
 
 
320 aa  194  2e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  30.96 
 
 
331 aa  192  6e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  30.77 
 
 
325 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.15 
 
 
324 aa  188  8e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 
330 aa  188  1e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  30.56 
 
 
329 aa  187  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 
332 aa  187  2e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  29.75 
 
 
347 aa  182  6e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  34.9 
 
 
341 aa  182  9.000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  27.83 
 
 
345 aa  179  4.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  30.89 
 
 
336 aa  179  5.999999999999999e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 
332 aa  179  8e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 
334 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 
334 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  31.78 
 
 
337 aa  176  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  33.57 
 
 
331 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 
334 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  28.62 
 
 
340 aa  176  7e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  35.02 
 
 
333 aa  175  9e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 
326 aa  174  9.999999999999999e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  35.08 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  32.39 
 
 
336 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  32.75 
 
 
336 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  34.96 
 
 
344 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  30.31 
 
 
334 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  36.49 
 
 
327 aa  170  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  29.06 
 
 
335 aa  169  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  35.94 
 
 
347 aa  169  5e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 
348 aa  168  1e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  35.48 
 
 
347 aa  168  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  35.48 
 
 
347 aa  168  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  27.91 
 
 
361 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 
285 aa  167  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  31.38 
 
 
299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  31.14 
 
 
341 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 
343 aa  164  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  31.03 
 
 
332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  34.06 
 
 
331 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  32.01 
 
 
330 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 
360 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 
335 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3465  transcriptional regulator  33.05 
 
 
341 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 
351 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 
328 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  33.8 
 
 
337 aa  153  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  34.56 
 
 
342 aa  152  7e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 
335 aa  152  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  33.73 
 
 
322 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 
338 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  27.83 
 
 
323 aa  150  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4403  transcriptional activator FtrA  33.73 
 
 
333 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 
329 aa  150  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 
344 aa  149  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  28.67 
 
 
344 aa  149  9e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1023  AraC family transcription regulator  28.67 
 
 
345 aa  149  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.243872  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  28.67 
 
 
344 aa  149  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0323  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 
344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 
313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0069  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  28.67 
 
 
344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0621  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  28.67 
 
 
344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.627949  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  28.67 
 
 
344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  32.31 
 
 
338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  32.75 
 
 
338 aa  147  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5246  transcriptional regulator, AraC family  30.4 
 
 
331 aa  147  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.893549 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2453  transcriptional regulator  29.09 
 
 
339 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 
322 aa  146  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 
341 aa  146  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  26.69 
 
 
330 aa  146  6e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 
322 aa  146  6e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 
330 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2375  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
351 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.229949  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5399  transcriptional regulator  27.58 
 
 
321 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654414  hitchhiker  0.00149287 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  27.54 
 
 
334 aa  145  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 
336 aa  145  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 
330 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 
344 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5796  transcriptional regulator, AraC family  27.96 
 
 
317 aa  143  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  26.32 
 
 
334 aa  144  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  29.32 
 
 
320 aa  144  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3465  transcriptional regulator, AraC family  28.88 
 
 
327 aa  142  6e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2043  transcriptional regulator, AraC family  27.83 
 
 
330 aa  142  6e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.437  normal  0.109712 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 
331 aa  142  7e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
316 aa  142  7e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>