More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01004 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  100 
 
 		 329 aa  691    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  54.18 
 
 		 324 aa  378  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 330 aa  329  3e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 332 aa  326  3e-88  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 348 aa  310  1e-83  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  37.89 
 
 		 325 aa  230  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 335 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.39 
 
 		 327 aa  210  2e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  37.07 
 
 		 331 aa  209  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  32.92 
 
 		 321 aa  208  1e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.23 
 
 		 326 aa  207  3e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  33.55 
 
 		 324 aa  206  4e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 326 aa  204  1e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  33.44 
 
 		 335 aa  204  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  34.76 
 
 		 347 aa  205  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 334 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 334 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  34.45 
 
 		 347 aa  203  4e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  33.84 
 
 		 347 aa  203  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.15 
 
 		 327 aa  202  7e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  34.26 
 
 		 351 aa  201  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  32.92 
 
 		 334 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 326 aa  199  7.999999999999999e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  33.13 
 
 		 331 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 326 aa  196  5.000000000000001e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 		 360 aa  195  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  34.76 
 
 		 336 aa  195  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.69 
 
 		 325 aa  193  4e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  33.95 
 
 		 336 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 335 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  36.15 
 
 		 332 aa  189  5.999999999999999e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  33.44 
 
 		 334 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  32.81 
 
 		 332 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 337 aa  186  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  31.6 
 
 		 345 aa  186  5e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  32 
 
 		 340 aa  186  6e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  32.21 
 
 		 330 aa  185  8e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.52 
 
 		 293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 343 aa  182  5.0000000000000004e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  30.99 
 
 		 326 aa  182  8.000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 341 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  34.19 
 
 		 339 aa  181  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  32.01 
 
 		 336 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 299 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 344 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  34.46 
 
 		 344 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  34.18 
 
 		 330 aa  176  5e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 329 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  31.95 
 
 		 347 aa  175  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  33.59 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  35.12 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 333 aa  172  5e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  30.56 
 
 		 361 aa  171  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 322 aa  168  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  33.73 
 
 		 331 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 285 aa  166  6.9999999999999995e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.55 
 
 		 324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  33.21 
 
 		 326 aa  163  3e-39  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 319 aa  164  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  30.74 
 
 		 322 aa  164  3e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  29.1 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.74 
 
 		 323 aa  160  4e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2640  AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 329 aa  157  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 328 aa  156  4e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 330 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5399  transcriptional regulator  28.26 
 
 		 321 aa  149  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654414  hitchhiker  0.00149287 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1023  AraC family transcription regulator  26.38 
 
 		 345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.243872  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  26.22 
 
 		 334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 344 aa  147  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 333 aa  146  4.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0323  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 344 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0069  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 344 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 344 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0621  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 344 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.627949  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 330 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  27.38 
 
 		 322 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2740  transcriptional activator FtrA  29.04 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5675  transcriptional regulator, AraC family  29.19 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 324 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  29.7 
 
 		 314 aa  144  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 324 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2955  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 317 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.012422  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 338 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 322 aa  142  7e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 322 aa  142  8e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4403  transcriptional activator FtrA  31.44 
 
 		 333 aa  142  9e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  28.27 
 
 		 320 aa  142  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 324 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1956  transcriptional regulator  27.86 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3465  transcriptional regulator, AraC family  28.89 
 
 		 327 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>