More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2995 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2995  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 341 aa  706    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0954  transcriptional regulator, AraC family  80.42 
 
 		 346 aa  565  1e-160  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.856165  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2723  transcriptional regulator, AraC family  80.66 
 
 		 331 aa  553  1e-156  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.844059  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1506  AraC family transcriptional regulator  58.06 
 
 		 345 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.570084  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6981  AraC family transcriptional regulator  59.04 
 
 		 345 aa  431  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0671274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6323  AraC family transcriptional regulator  58.06 
 
 		 345 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0385  transcriptional regulator  56.27 
 
 		 334 aa  400  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  27.69 
 
 		 336 aa  149  7e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  29.94 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  28.53 
 
 		 330 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  27.96 
 
 		 320 aa  135  8e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  29.97 
 
 		 325 aa  135  9e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 326 aa  135  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  30.15 
 
 		 335 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  29.27 
 
 		 331 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  28.44 
 
 		 331 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  29.91 
 
 		 332 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 334 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.35 
 
 		 323 aa  129  6e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 334 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 		 324 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  25.31 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  30.66 
 
 		 336 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  28 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 285 aa  127  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  28.77 
 
 		 336 aa  126  5e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  28.66 
 
 		 334 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0916  AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 335 aa  125  9e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1180  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.688099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  26.77 
 
 		 331 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  26.09 
 
 		 347 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  31.53 
 
 		 324 aa  123  5e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  26.09 
 
 		 347 aa  123  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  26.09 
 
 		 347 aa  123  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.45 
 
 		 325 aa  122  6e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 299 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  28.53 
 
 		 345 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  29.05 
 
 		 347 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 		 326 aa  120  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  28.66 
 
 		 360 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.44 
 
 		 327 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  29.62 
 
 		 334 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5650  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 337 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 330 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 327 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0966  transcriptional regulator, AraC family  30.72 
 
 		 354 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  24.85 
 
 		 344 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.15 
 
 		 327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5594  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 332 aa  116  5e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  26.38 
 
 		 361 aa  116  5e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  25.47 
 
 		 329 aa  115  8.999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 326 aa  115  8.999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  29.06 
 
 		 332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  26.93 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6821  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 326 aa  114  3e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5399  transcriptional regulator  27.83 
 
 		 321 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654414  hitchhiker  0.00149287 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 341 aa  114  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  27.05 
 
 		 340 aa  114  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 336 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3129  transcriptional regulator, AraC family  29.14 
 
 		 328 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.554919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4725  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 332 aa  112  7.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  28.06 
 
 		 336 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4747  AraC family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169446 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  30.36 
 
 		 322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 368 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 336 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.12 
 
 		 326 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 333 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6979  transcriptional regulator, AraC family  26.52 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 335 aa  110  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1956  transcriptional regulator  26.27 
 
 		 316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  27.25 
 
 		 342 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6286  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 320 aa  109  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2399  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 324 aa  109  6e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3004  transcriptional regulator  25.61 
 
 		 319 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000291789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6415  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 320 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 322 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 335 aa  108  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 355 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 334 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 345 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 338 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 357 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4246  AraC family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  26.85 
 
 		 326 aa  107  3e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 337 aa  107  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5545  AraC family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 320 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.7737  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 360 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5910  AraC family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 320 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  27.58 
 
 		 341 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 351 aa  106  5e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0326  transcriptional regulator  26.46 
 
 		 323 aa  106  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.237468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5349  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 325 aa  106  5e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>