More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1330 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 326 aa  676    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  52.94 
 
 		 327 aa  382  1e-105  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  50.93 
 
 		 326 aa  374  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  50.47 
 
 		 321 aa  373  1e-102  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  50.62 
 
 		 326 aa  368  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  49.85 
 
 		 327 aa  350  3e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  43.57 
 
 		 325 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  42.41 
 
 		 323 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  48.06 
 
 		 293 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  42.11 
 
 		 326 aa  300  2e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  42.95 
 
 		 326 aa  282  7.000000000000001e-75  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  41.98 
 
 		 324 aa  274  1.0000000000000001e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  36.25 
 
 		 322 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  39.27 
 
 		 332 aa  221  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  36.27 
 
 		 339 aa  218  7.999999999999999e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  40.61 
 
 		 324 aa  216  4e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.39 
 
 		 324 aa  216  5e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  32.81 
 
 		 320 aa  191  2e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 324 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  30.99 
 
 		 329 aa  182  8.000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  30.37 
 
 		 325 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 330 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 343 aa  172  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 348 aa  172  1e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  29.48 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  28.79 
 
 		 361 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 326 aa  163  3e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  27.85 
 
 		 330 aa  163  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  29.18 
 
 		 340 aa  160  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  28.62 
 
 		 332 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 330 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 334 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 334 aa  158  9e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  29.48 
 
 		 334 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  29.15 
 
 		 331 aa  156  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  30.28 
 
 		 334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 332 aa  155  6e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 341 aa  156  6e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  32.14 
 
 		 337 aa  156  6e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 330 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  31.01 
 
 		 336 aa  155  9e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 336 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  30.68 
 
 		 331 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  30.43 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  30.1 
 
 		 335 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 342 aa  153  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 329 aa  153  5e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 333 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 344 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 327 aa  152  7e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  33.05 
 
 		 330 aa  152  8e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 338 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 335 aa  151  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 328 aa  151  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 360 aa  150  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  31.84 
 
 		 314 aa  144  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 322 aa  142  9e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  30.68 
 
 		 320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  29.73 
 
 		 347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  32.26 
 
 		 347 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 344 aa  139  4.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  31.51 
 
 		 347 aa  139  7e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 342 aa  138  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  31.8 
 
 		 347 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  28 
 
 		 319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  29.24 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  30.27 
 
 		 345 aa  137  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0954  transcriptional regulator, AraC family  33.19 
 
 		 346 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.856165  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  28.29 
 
 		 331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2723  transcriptional regulator, AraC family  33.04 
 
 		 331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.844059  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1956  transcriptional regulator  26.54 
 
 		 316 aa  134  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  24.52 
 
 		 338 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  25.16 
 
 		 338 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 337 aa  132  9e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.59349 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5399  transcriptional regulator  27.12 
 
 		 321 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654414  hitchhiker  0.00149287 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0282  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 342 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 351 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4142  transcriptional regulator, AraC family  30.62 
 
 		 318 aa  130  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00637596  normal  0.887483 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4080  transcriptional regulator  26.76 
 
 		 348 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1097  ThiJ/PfpI domain protein  29.05 
 
 		 350 aa  130  4.0000000000000003e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0266562  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6981  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 345 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0671274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1506  AraC family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 345 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.570084  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6323  AraC family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 345 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5187  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 317 aa  129  6e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4725  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 332 aa  129  8.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3004  transcriptional regulator  27.61 
 
 		 319 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000291789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  28.52 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7238  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.402407  normal  0.120552 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2133  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.205913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1693  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 321 aa  127  3e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.69841  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>