More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4083 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 341 aa  695    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  58.97 
 
 		 327 aa  373  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  54.43 
 
 		 332 aa  351  1e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  49.24 
 
 		 331 aa  330  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 326 aa  327  1.0000000000000001e-88  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  50.45 
 
 		 344 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 343 aa  305  5.0000000000000004e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  47.72 
 
 		 330 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  53.55 
 
 		 285 aa  304  2.0000000000000002e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 330 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  49.07 
 
 		 338 aa  299  4e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  40.69 
 
 		 337 aa  249  4e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 333 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  38.29 
 
 		 320 aa  226  3e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  38.14 
 
 		 314 aa  225  7e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  39.92 
 
 		 325 aa  199  7e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  35.24 
 
 		 336 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  35.6 
 
 		 340 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 330 aa  193  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 323 aa  185  8e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  31.91 
 
 		 321 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  34.9 
 
 		 324 aa  182  9.000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  40.93 
 
 		 329 aa  181  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  33.14 
 
 		 331 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  34.11 
 
 		 361 aa  178  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 324 aa  176  7e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  37.3 
 
 		 336 aa  173  2.9999999999999996e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.86 
 
 		 324 aa  172  7.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  37.35 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  32.82 
 
 		 324 aa  170  3e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  31.38 
 
 		 360 aa  169  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  33.84 
 
 		 326 aa  169  6e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  32.95 
 
 		 326 aa  168  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  39.21 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.18 
 
 		 326 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  38.72 
 
 		 345 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 334 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  39.42 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 335 aa  163  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 339 aa  162  6e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  38.53 
 
 		 331 aa  162  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  40 
 
 		 347 aa  162  7e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.7 
 
 		 327 aa  162  7e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  38.53 
 
 		 330 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  33.9 
 
 		 326 aa  162  9e-39  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  30.72 
 
 		 351 aa  162  9e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.33 
 
 		 327 aa  162  1e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  32.8 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  39.56 
 
 		 347 aa  161  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  39.46 
 
 		 347 aa  160  4e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  35.16 
 
 		 334 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  28.8 
 
 		 326 aa  156  6e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  38.22 
 
 		 329 aa  155  9e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  34.8 
 
 		 336 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2398  cyclic nucleotide-binding protein  31.86 
 
 		 355 aa  155  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.72 
 
 		 323 aa  155  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  39.39 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.1 
 
 		 293 aa  152  1e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4403  transcriptional activator FtrA  39.48 
 
 		 333 aa  151  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4426  transcriptional activator FtrA  38.39 
 
 		 331 aa  150  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 299 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  32.55 
 
 		 322 aa  149  5e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  33.85 
 
 		 335 aa  149  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  35.38 
 
 		 332 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  31.15 
 
 		 330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  38.49 
 
 		 313 aa  148  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  31.13 
 
 		 319 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 348 aa  147  3e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  37.67 
 
 		 320 aa  143  5e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 336 aa  142  7e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 342 aa  142  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7121  transcriptional activator FtrA  34.62 
 
 		 328 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0749123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 322 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 333 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2157  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 346 aa  139  8.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.256833  hitchhiker  0.00609835 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 338 aa  139  1e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  30.27 
 
 		 338 aa  138  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 333 aa  138  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6340  transcriptional regulator, AraC family  35.81 
 
 		 326 aa  138  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000351976 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.59349 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0966  transcriptional regulator, AraC family  36.33 
 
 		 354 aa  138  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  29.5 
 
 		 338 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0230  transcriptional regulator  36.57 
 
 		 315 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0731  transcriptional regulator  31.06 
 
 		 349 aa  137  4e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.523916 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1180  AraC family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 320 aa  136  5e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.688099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1985  transcriptional activator FtrA  36.24 
 
 		 333 aa  136  5e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0670847 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5650  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 337 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4763  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 315 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3004  transcriptional regulator  31.78 
 
 		 319 aa  135  9e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000291789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.72 
 
 		 325 aa  135  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2532  AraC family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1023  AraC family transcription regulator  29.39 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.243872  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2287  transcriptional regulator, AraC family  34.03 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322568  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1844  transcriptional regulator, AraC family  32.68 
 
 		 326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>