More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1602 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  100 
 
 		 330 aa  692    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  57.62 
 
 		 329 aa  404  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 344 aa  305  6e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  36.68 
 
 		 336 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  35.2 
 
 		 335 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  36.36 
 
 		 334 aa  216  5e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 334 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 334 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  37.15 
 
 		 331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  37.55 
 
 		 334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 322 aa  211  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  37.05 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  34.06 
 
 		 325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  30.75 
 
 		 336 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  34.18 
 
 		 329 aa  176  5e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 348 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  29.19 
 
 		 324 aa  169  4e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.72 
 
 		 326 aa  167  2e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  30.48 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  28.06 
 
 		 321 aa  164  3e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  27.85 
 
 		 326 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  31.14 
 
 		 345 aa  159  9e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  29.77 
 
 		 331 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  28.53 
 
 		 351 aa  158  1e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 285 aa  157  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 331 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  29.35 
 
 		 326 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  29.62 
 
 		 336 aa  151  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  28.27 
 
 		 340 aa  151  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  29.61 
 
 		 347 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.62 
 
 		 327 aa  149  7e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  30.89 
 
 		 320 aa  149  9e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 		 360 aa  149  9e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 324 aa  146  6e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  27.3 
 
 		 326 aa  145  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  28.96 
 
 		 326 aa  144  1e-33  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.36 
 
 		 324 aa  143  3e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.55 
 
 		 293 aa  144  3e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.82 
 
 		 327 aa  143  4e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 330 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 330 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  33.79 
 
 		 327 aa  142  6e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.24 
 
 		 325 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  31.28 
 
 		 344 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  30.89 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2399  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 324 aa  138  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 338 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  25.93 
 
 		 361 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 333 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 335 aa  135  8e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  25.46 
 
 		 322 aa  135  9e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4747  AraC family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169446 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3578  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.54425 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2157  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 346 aa  134  3e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.256833  hitchhiker  0.00609835 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  28.88 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2631  transcriptional regulator  27.52 
 
 		 347 aa  130  4.0000000000000003e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0133443  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  29.23 
 
 		 319 aa  129  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2641  AraC family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 338 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  31.63 
 
 		 347 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5943  transcriptional regulator  29.72 
 
 		 338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4142  transcriptional regulator, AraC family  29.06 
 
 		 318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00637596  normal  0.887483 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  31.78 
 
 		 347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  31.78 
 
 		 347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 323 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2886  AraC family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0162981  normal  0.0527553 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 320 aa  127  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.59349 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3287  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 331 aa  126  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.242748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2532  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 333 aa  126  6e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 336 aa  126  6e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2002  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 341 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.513633  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2612  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 341 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  25.7 
 
 		 336 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0686  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 330 aa  125  9e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.334624 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0761  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 321 aa  125  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.321335  normal  0.450606 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4903  AraC family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2364  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000189765 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7121  transcriptional activator FtrA  27.51 
 
 		 328 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0749123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0747  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 321 aa  125  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.46918  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3843  transcriptional regulator, AraC family  25.08 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.295718  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0741  AraC family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 321 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.885746 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1234  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 335 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  26.18 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5650  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 337 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>