More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_2398 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_2398  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 355 aa  705    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  35.46 
 
 		 327 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  34.37 
 
 		 332 aa  179  7e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 326 aa  178  2e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  36.01 
 
 		 331 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  33.95 
 
 		 344 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  42.48 
 
 		 285 aa  172  7.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 330 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 338 aa  149  9e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  30.98 
 
 		 337 aa  139  7e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  29.28 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 333 aa  135  8e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  32.37 
 
 		 340 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  35.95 
 
 		 361 aa  127  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  29.26 
 
 		 324 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.33 
 
 		 326 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  28.92 
 
 		 336 aa  117  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  26.64 
 
 		 320 aa  115  8.999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  29.37 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  27.47 
 
 		 321 aa  112  9e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  34.5 
 
 		 347 aa  110  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  32.17 
 
 		 347 aa  110  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  31.78 
 
 		 347 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  31.78 
 
 		 347 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  27.51 
 
 		 326 aa  107  4e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  31.27 
 
 		 339 aa  106  8e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  31.8 
 
 		 334 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  33.62 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  27.3 
 
 		 329 aa  104  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  28.02 
 
 		 330 aa  105  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 330 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  33.05 
 
 		 330 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2087  transcriptional activator FtrA  33.44 
 
 		 321 aa  103  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.31788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  31.47 
 
 		 351 aa  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  26.86 
 
 		 326 aa  102  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 324 aa  102  7e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 329 aa  102  7e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.3 
 
 		 324 aa  102  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4737  transcriptional activator FtrA  32.47 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.196215 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  32.47 
 
 		 335 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.48 
 
 		 293 aa  101  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.58 
 
 		 327 aa  100  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  31.37 
 
 		 336 aa  100  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6821  AraC family transcriptional regulator  27.79 
 
 		 324 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  31.49 
 
 		 336 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.59 
 
 		 327 aa  99.8  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 323 aa  99.8  7e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  31.17 
 
 		 331 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3699  transcriptional activator FtrA  34.6 
 
 		 324 aa  99.4  9e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507684  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  29.74 
 
 		 360 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  28.03 
 
 		 332 aa  98.6  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 		 326 aa  97.4  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  31.62 
 
 		 332 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4348  transcriptional activator FtrA  32.33 
 
 		 324 aa  97.4  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000580095 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 334 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4864  transcriptional activator FtrA  33.11 
 
 		 324 aa  97.4  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.427794  hitchhiker  0.000178687 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 322 aa  97.1  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 299 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5373  transcriptional activator FtrA  32.77 
 
 		 320 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.379602  normal  0.0775766 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0835  transcriptional activator FtrA  32.44 
 
 		 318 aa  96.7  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1565  transcriptional activator FtrA  32.44 
 
 		 318 aa  96.7  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0715182  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0872  transcriptional activator FtrA  32.44 
 
 		 318 aa  96.7  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.637455  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0055  transcriptional activator FtrA  32.44 
 
 		 318 aa  96.7  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00213604  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2214  transcriptional activator FtrA  32.44 
 
 		 318 aa  96.3  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00591748  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0964  transcriptional activator FtrA  32.44 
 
 		 318 aa  96.3  8e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.368238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 335 aa  96.3  8e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3453  transcriptional activator FtrA  32.77 
 
 		 320 aa  96.3  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.171159  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4913  transcriptional activator FtrA  32.77 
 
 		 320 aa  96.3  8e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.860168  normal  0.680733 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  29.96 
 
 		 331 aa  95.9  9e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5890  transcriptional activator FtrA  32.67 
 
 		 321 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0778  transcriptional activator FtrA  32.76 
 
 		 324 aa  95.5  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.221913  normal  0.0400061 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 348 aa  95.5  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 306 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  29.74 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 332 aa  94.7  2e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 		 326 aa  93.6  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1506  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 345 aa  93.6  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.570084  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6981  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 345 aa  93.6  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0671274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6323  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 345 aa  93.6  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.2 
 
 		 325 aa  92.8  8e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2740  transcriptional activator FtrA  31.03 
 
 		 317 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.61 
 
 		 323 aa  91.3  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 335 aa  91.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 322 aa  91.7  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  32.15 
 
 		 313 aa  90.9  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2727  AraC family transcription regulator  32.97 
 
 		 336 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1826  AraC/XylS family transcription factor  32.97 
 
 		 336 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3481  transcriptional regulator  32.97 
 
 		 336 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  37.21 
 
 		 319 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 337 aa  90.1  5e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1692  transcriptional regulator, AraC family  32.43 
 
 		 333 aa  90.1  5e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 344 aa  89.7  7e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0059  AraC family transcription regulator  32.25 
 
 		 404 aa  89.7  7e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2955  transcriptional regulator, AraC family  30.6 
 
 		 317 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.012422  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>