More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0125 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  100 
 
 		 325 aa  667    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 324 aa  243  3e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  42.3 
 
 		 331 aa  237  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  37.89 
 
 		 329 aa  230  3e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 330 aa  225  7e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 336 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  35.26 
 
 		 336 aa  218  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  34.37 
 
 		 334 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  35.4 
 
 		 335 aa  216  5e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  34.38 
 
 		 334 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  34.37 
 
 		 334 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  34.16 
 
 		 331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 322 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  33.75 
 
 		 334 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 347 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 347 aa  206  6e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  35.94 
 
 		 332 aa  205  8e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  35.78 
 
 		 340 aa  204  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  34.24 
 
 		 326 aa  204  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 337 aa  203  3e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 329 aa  203  3e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  34.95 
 
 		 347 aa  203  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 299 aa  202  6e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 335 aa  200  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 330 aa  200  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  33.94 
 
 		 336 aa  200  3e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 341 aa  199  6e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 335 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.09 
 
 		 327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  34.06 
 
 		 330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  32.09 
 
 		 324 aa  196  3e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  30.62 
 
 		 321 aa  194  1e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 326 aa  194  2e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  34.14 
 
 		 345 aa  193  4e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.65 
 
 		 326 aa  192  6e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 324 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  33.23 
 
 		 361 aa  190  4e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 332 aa  189  5e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 285 aa  187  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 348 aa  187  3e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.48 
 
 		 325 aa  186  5e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  33.03 
 
 		 347 aa  186  5e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 343 aa  186  6e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  38.94 
 
 		 327 aa  186  7e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 344 aa  185  9e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 323 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.64 
 
 		 327 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  37.18 
 
 		 322 aa  182  7e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  36.61 
 
 		 331 aa  181  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 328 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  32.42 
 
 		 360 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  33.13 
 
 		 351 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  30.37 
 
 		 326 aa  179  5.999999999999999e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  32.34 
 
 		 326 aa  178  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  32.51 
 
 		 339 aa  178  1e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 330 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 330 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 333 aa  176  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  38 
 
 		 337 aa  176  7e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  36.67 
 
 		 319 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  31.79 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  38.95 
 
 		 313 aa  172  6.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1704  transcriptional regulator, AraC family  34.2 
 
 		 362 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 342 aa  171  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4725  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  29.69 
 
 		 326 aa  170  3e-41  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1985  transcriptional activator FtrA  35.13 
 
 		 333 aa  169  4e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0670847 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.55 
 
 		 293 aa  169  6e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 333 aa  169  7e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 313 aa  168  9e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  37.55 
 
 		 320 aa  168  9e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2518  transcriptional regulator, AraC family  32.9 
 
 		 336 aa  168  9e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.179818 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  33.8 
 
 		 329 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 338 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  34.12 
 
 		 332 aa  166  5e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2641  AraC family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 338 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.05 
 
 		 324 aa  166  5e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5943  transcriptional regulator  37.02 
 
 		 338 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2150  transcriptional activator FtrA  32.86 
 
 		 330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5675  transcriptional regulator, AraC family  39.51 
 
 		 320 aa  164  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2532  AraC family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 333 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2002  AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 341 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.513633  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2612  AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 341 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 344 aa  162  8.000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5155  AraC family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 348 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.976904 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5245  AraC family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 328 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.608948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2740  transcriptional activator FtrA  32.16 
 
 		 317 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0282  AraC family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 342 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4495  AraC family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 340 aa  161  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2157  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 346 aa  161  1e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.256833  hitchhiker  0.00609835 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  32.16 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7121  transcriptional activator FtrA  34.15 
 
 		 328 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0749123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0686  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 330 aa  161  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.334624 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2197  AraC family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 314 aa  159  4e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2289  transcriptional regulator, AraC family  38.7 
 
 		 332 aa  159  8e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0296172  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2955  transcriptional regulator, AraC family  31.45 
 
 		 317 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.012422  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>