More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2762 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
332 aa  694    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  54.94 
 
 
339 aa  391  1e-108  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  55.94 
 
 
324 aa  370  1e-101  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  48.58 
 
 
320 aa  321  9.999999999999999e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  45.64 
 
 
327 aa  264  2e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  43.46 
 
 
321 aa  259  4e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  42.38 
 
 
327 aa  245  6e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  39.32 
 
 
326 aa  245  9.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.71 
 
 
326 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  46.3 
 
 
324 aa  242  7e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  40.43 
 
 
326 aa  242  7.999999999999999e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  43.66 
 
 
322 aa  238  9e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  39.27 
 
 
326 aa  221  9.999999999999999e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  46.35 
 
 
326 aa  221  1.9999999999999999e-56  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.78 
 
 
323 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  41.77 
 
 
293 aa  218  8.999999999999998e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  41.04 
 
 
324 aa  215  7e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.8 
 
 
325 aa  212  9e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  38.08 
 
 
324 aa  200  3e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 
306 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 
334 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 
334 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 
330 aa  192  9e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  36.15 
 
 
329 aa  189  7e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  37.15 
 
 
334 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  35.92 
 
 
335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  36.24 
 
 
334 aa  184  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  36.52 
 
 
331 aa  180  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  36.52 
 
 
336 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  33.92 
 
 
336 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 
299 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  40.18 
 
 
330 aa  176  6e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  36.24 
 
 
332 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  33.46 
 
 
348 aa  171  1e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  37.35 
 
 
341 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  38.5 
 
 
345 aa  170  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  34.36 
 
 
360 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  31.08 
 
 
361 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  34.12 
 
 
325 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  35.34 
 
 
337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 
326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 
328 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  34.68 
 
 
333 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  33.21 
 
 
340 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 
327 aa  162  6e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 
342 aa  162  7e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
285 aa  162  9e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  34.65 
 
 
331 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 
343 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  34.51 
 
 
347 aa  161  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  32.49 
 
 
336 aa  160  4e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 
344 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 
322 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 
332 aa  157  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  33.21 
 
 
344 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  32.23 
 
 
347 aa  156  4e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1023  AraC family transcription regulator  26.83 
 
 
345 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.243872  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  31.58 
 
 
331 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  26.83 
 
 
344 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  31.93 
 
 
347 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  26.83 
 
 
344 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  28.48 
 
 
341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0323  AraC family transcriptional regulator  26.83 
 
 
344 aa  153  4e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0621  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  26.83 
 
 
344 aa  153  4e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.627949  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  26.83 
 
 
344 aa  153  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0069  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  26.83 
 
 
344 aa  153  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  31.63 
 
 
347 aa  153  5e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  35.71 
 
 
319 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  31.74 
 
 
331 aa  152  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  29.19 
 
 
324 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  32.93 
 
 
320 aa  152  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 
324 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 
324 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 
322 aa  149  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1848  transcriptional regulator, AraC family  30.89 
 
 
338 aa  149  8e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.172735  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 
335 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  28.8 
 
 
334 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  30.46 
 
 
336 aa  144  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5976  transcriptional regulator  27.55 
 
 
325 aa  144  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.557743  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  33.06 
 
 
341 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2578  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 
322 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  33.6 
 
 
314 aa  143  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  30.92 
 
 
351 aa  142  6e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  36.16 
 
 
330 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 
333 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  35.75 
 
 
330 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 
338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1036  transcriptional regulator  32.81 
 
 
375 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2502  transcriptional regulator, AraC family  31.95 
 
 
327 aa  139  6e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2747  transcriptional regulator  31.01 
 
 
338 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6986  transcriptional regulator, AraC family  34.43 
 
 
356 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.667581  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 
335 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  30.89 
 
 
330 aa  138  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  35.11 
 
 
319 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5245  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 
328 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.608948  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1836  transcriptional regulator  30.49 
 
 
327 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0747  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 
321 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.46918  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  32.95 
 
 
313 aa  137  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0761  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 
321 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.321335  normal  0.450606 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>