More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1857 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 338 aa  679    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  90.61 
 
 		 330 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  90.3 
 
 		 330 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  53.8 
 
 		 331 aa  350  2e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  53.25 
 
 		 332 aa  318  7.999999999999999e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  52.5 
 
 		 327 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  49.07 
 
 		 341 aa  306  3e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 326 aa  297  2e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  50.61 
 
 		 344 aa  292  6e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 343 aa  272  6e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 285 aa  249  7e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  38.75 
 
 		 337 aa  232  9e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 333 aa  216  4e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  37.78 
 
 		 314 aa  211  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  34.13 
 
 		 320 aa  194  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  33.84 
 
 		 336 aa  177  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  37.8 
 
 		 361 aa  171  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  37.31 
 
 		 325 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 330 aa  168  9e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  36.6 
 
 		 336 aa  167  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  35.66 
 
 		 334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 334 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 306 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  34.12 
 
 		 347 aa  162  8.000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2398  cyclic nucleotide-binding protein  36.73 
 
 		 355 aa  158  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  32.29 
 
 		 326 aa  158  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  36.09 
 
 		 338 aa  158  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  30.91 
 
 		 332 aa  158  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  31.77 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  33.46 
 
 		 336 aa  156  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  36.09 
 
 		 338 aa  155  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  37.44 
 
 		 340 aa  155  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  30.49 
 
 		 324 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  33.85 
 
 		 331 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  34.35 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 316 aa  151  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 324 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  39.21 
 
 		 320 aa  149  6e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  27.95 
 
 		 320 aa  149  8e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  32.88 
 
 		 329 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.62 
 
 		 326 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  32.61 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  31.82 
 
 		 345 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  28.66 
 
 		 324 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  31.17 
 
 		 326 aa  146  6e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  38.64 
 
 		 329 aa  145  9e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  31.17 
 
 		 321 aa  144  2e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  31.85 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 323 aa  144  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 		 332 aa  142  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  33.03 
 
 		 330 aa  142  6e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.41 
 
 		 324 aa  142  7e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4403  transcriptional activator FtrA  38.75 
 
 		 333 aa  142  9e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  38.94 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0731  transcriptional regulator  32.06 
 
 		 349 aa  142  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.523916 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4142  transcriptional regulator, AraC family  38.16 
 
 		 318 aa  141  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00637596  normal  0.887483 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0231  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0955  DarR  40.91 
 
 		 369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 348 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0268  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 346 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4748  transcriptional regulator  35.65 
 
 		 326 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.760248  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1414  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 346 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5134  transcriptional regulator  35.65 
 
 		 326 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.479216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  33.21 
 
 		 322 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2526  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  40.91 
 
 		 369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374888  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2667  DarR  40.91 
 
 		 374 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1610  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 346 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4834  transcriptional regulator  35.65 
 
 		 326 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  29.36 
 
 		 360 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.41 
 
 		 327 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  32.32 
 
 		 330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4827  transcriptional regulator, AraC family  34.8 
 
 		 319 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.15 
 
 		 293 aa  139  4.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.86 
 
 		 327 aa  139  6e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4426  transcriptional activator FtrA  36.75 
 
 		 331 aa  139  6e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 387 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1481  transcriptional regulator, AraC family  35.78 
 
 		 321 aa  139  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7121  transcriptional activator FtrA  35.61 
 
 		 328 aa  138  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0749123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.46 
 
 		 325 aa  138  1e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2856  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5399  transcriptional regulator  35 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654414  hitchhiker  0.00149287 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  32.87 
 
 		 326 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.23 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 335 aa  136  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 322 aa  136  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  37.69 
 
 		 313 aa  136  6.0000000000000005e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 333 aa  136  6.0000000000000005e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 320 aa  135  7.000000000000001e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.59349 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 342 aa  135  8e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 342 aa  135  8e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 344 aa  135  9e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 329 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5349  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 325 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1437  AraC family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.424387 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  31.21 
 
 		 331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>