More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3506 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  98.18 
 
 		 330 aa  652    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 330 aa  662    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  90.61 
 
 		 338 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  54.11 
 
 		 331 aa  347  1e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  53.4 
 
 		 327 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  52.81 
 
 		 332 aa  306  3e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 341 aa  302  5.000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  47.58 
 
 		 326 aa  301  9e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  49.25 
 
 		 344 aa  288  8e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 343 aa  268  8e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 285 aa  252  7e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 337 aa  218  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  37.11 
 
 		 314 aa  211  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 333 aa  207  2e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  35.38 
 
 		 320 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  39.25 
 
 		 325 aa  177  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  33.44 
 
 		 336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  38.7 
 
 		 361 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  33.55 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 306 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  36.23 
 
 		 336 aa  163  4.0000000000000004e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  33.04 
 
 		 347 aa  162  6e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 330 aa  161  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  31.98 
 
 		 326 aa  159  5e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  31.83 
 
 		 336 aa  159  9e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  35.93 
 
 		 331 aa  159  9e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  35.11 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2398  cyclic nucleotide-binding protein  36.14 
 
 		 355 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 335 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 316 aa  156  6e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  36.7 
 
 		 332 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 324 aa  153  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  37.84 
 
 		 340 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  29.15 
 
 		 320 aa  152  8.999999999999999e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.13 
 
 		 326 aa  152  8.999999999999999e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  32.81 
 
 		 319 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  35.15 
 
 		 338 aa  150  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  30.15 
 
 		 329 aa  150  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 332 aa  150  4e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  39.65 
 
 		 320 aa  149  6e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0731  transcriptional regulator  33.44 
 
 		 349 aa  149  6e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.523916 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  36.45 
 
 		 338 aa  149  8e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  29.02 
 
 		 326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.32 
 
 		 293 aa  146  5e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 348 aa  145  6e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  39.74 
 
 		 322 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  39.91 
 
 		 329 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  37.9 
 
 		 345 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  32.42 
 
 		 324 aa  145  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  30.83 
 
 		 324 aa  145  1e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 321 aa  144  3e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  38.7 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4142  transcriptional regulator, AraC family  37.4 
 
 		 318 aa  142  5e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00637596  normal  0.887483 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  32.87 
 
 		 330 aa  143  5e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.64 
 
 		 327 aa  142  6e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  36.16 
 
 		 332 aa  142  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 330 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 387 aa  142  6e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 323 aa  142  7e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 328 aa  142  7e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.77 
 
 		 327 aa  142  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  28.83 
 
 		 360 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4403  transcriptional activator FtrA  38.63 
 
 		 333 aa  140  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4834  transcriptional regulator  35.81 
 
 		 326 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5134  transcriptional regulator  35.81 
 
 		 326 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.479216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4748  transcriptional regulator  35.81 
 
 		 326 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.760248  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  39.38 
 
 		 313 aa  140  3.9999999999999997e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  31.15 
 
 		 326 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  32.44 
 
 		 326 aa  140  3.9999999999999997e-32  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5399  transcriptional regulator  34.47 
 
 		 321 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654414  hitchhiker  0.00149287 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 335 aa  139  6e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.41 
 
 		 324 aa  139  7e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2856  AraC family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 314 aa  139  7.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0475  AraC family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 350 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.625315  normal  0.0311111 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7121  transcriptional activator FtrA  36.02 
 
 		 328 aa  139  7.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0749123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.84 
 
 		 323 aa  139  8.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 333 aa  139  8.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.84 
 
 		 325 aa  138  1e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 342 aa  138  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2133  transcriptional regulator, AraC family  36.96 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.205913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  32.7 
 
 		 322 aa  139  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 344 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0231  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 343 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0955  DarR  40.19 
 
 		 369 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2526  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  40.19 
 
 		 369 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374888  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1610  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 346 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0268  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 346 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2667  DarR  40.19 
 
 		 374 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.59349 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1414  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 346 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4426  transcriptional activator FtrA  36.52 
 
 		 331 aa  136  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 322 aa  136  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5349  AraC family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 325 aa  136  5e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4080  transcriptional regulator  34 
 
 		 348 aa  135  9e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  35.27 
 
 		 347 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>