More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0104 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 328 aa  683    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  41.05 
 
 		 335 aa  263  4e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  41.69 
 
 		 336 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  40.75 
 
 		 334 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  40.44 
 
 		 334 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  40.44 
 
 		 334 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  41.07 
 
 		 334 aa  257  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  40.62 
 
 		 331 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  39.31 
 
 		 332 aa  250  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 299 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  33.95 
 
 		 331 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  30.56 
 
 		 325 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  38.93 
 
 		 330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 329 aa  175  9e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 326 aa  171  1e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  31.6 
 
 		 339 aa  169  5e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  32.73 
 
 		 336 aa  168  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 324 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  29.21 
 
 		 321 aa  166  4e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 322 aa  166  5e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  30.34 
 
 		 330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  32.19 
 
 		 331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.09 
 
 		 327 aa  163  3e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 		 332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  33.13 
 
 		 337 aa  162  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  29.84 
 
 		 326 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 335 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  29.72 
 
 		 329 aa  156  4e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 334 aa  155  8e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 348 aa  155  9e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  31.31 
 
 		 347 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.06 
 
 		 325 aa  154  2e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  29.94 
 
 		 324 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  31 
 
 		 347 aa  152  5e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 347 aa  152  8e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 322 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.53 
 
 		 327 aa  151  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 		 326 aa  151  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  32.66 
 
 		 322 aa  150  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  28.05 
 
 		 324 aa  150  4e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 344 aa  148  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 335 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 324 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  31.93 
 
 		 347 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  30.46 
 
 		 340 aa  147  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 326 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  32.13 
 
 		 336 aa  145  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  30.91 
 
 		 327 aa  144  1e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  27.91 
 
 		 361 aa  144  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  29.5 
 
 		 329 aa  144  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.04 
 
 		 293 aa  144  3e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  30.42 
 
 		 326 aa  143  4e-33  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 343 aa  143  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.08 
 
 		 326 aa  142  6e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 330 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 341 aa  142  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  29.23 
 
 		 361 aa  142  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  28.92 
 
 		 345 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0731  transcriptional regulator  27.73 
 
 		 349 aa  140  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.523916 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  32.27 
 
 		 319 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 338 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  29.81 
 
 		 322 aa  139  7e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 387 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2578  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 330 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 331 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2399  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 324 aa  137  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  27.36 
 
 		 320 aa  137  4e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  27.79 
 
 		 360 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  26.81 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2808  transcriptional regulator, AraC family  32.47 
 
 		 330 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.627946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  26.4 
 
 		 320 aa  133  5e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  28.05 
 
 		 351 aa  132  6e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.34 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.73 
 
 		 324 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1844  transcriptional regulator, AraC family  29.85 
 
 		 326 aa  129  6e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.59349 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  29.56 
 
 		 338 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  36.2 
 
 		 320 aa  128  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3774  transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 349 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0964953  normal  0.0117202 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 342 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  29.97 
 
 		 338 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 336 aa  126  6e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1856  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.922042  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5976  transcriptional regulator  25.62 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.557743  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0230  transcriptional regulator  35.02 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0954  transcriptional regulator, AraC family  28.22 
 
 		 346 aa  125  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.856165  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 338 aa  125  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3004  transcriptional regulator  27.04 
 
 		 319 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000291789  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>