More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1772 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 293 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  53.21 
 
 		 321 aa  337  9.999999999999999e-92  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  48.4 
 
 		 326 aa  317  1e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  50.53 
 
 		 327 aa  315  7e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  51.79 
 
 		 327 aa  314  9.999999999999999e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  50.18 
 
 		 326 aa  311  7.999999999999999e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  48.06 
 
 		 326 aa  302  3.0000000000000004e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  48.08 
 
 		 325 aa  281  8.000000000000001e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  45.39 
 
 		 326 aa  278  8e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  45.17 
 
 		 326 aa  271  1e-71  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  43.75 
 
 		 323 aa  268  1e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  43.84 
 
 		 324 aa  266  2.9999999999999995e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  43.53 
 
 		 322 aa  238  1e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  41.77 
 
 		 332 aa  218  7e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.73 
 
 		 324 aa  215  8e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  40.86 
 
 		 339 aa  208  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  32.52 
 
 		 329 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  37.1 
 
 		 320 aa  184  1.0000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 324 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 343 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  30.55 
 
 		 325 aa  169  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  34.8 
 
 		 330 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 285 aa  166  5.9999999999999996e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  31.62 
 
 		 334 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  30.92 
 
 		 334 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  31.85 
 
 		 335 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  32.67 
 
 		 331 aa  159  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  31.92 
 
 		 336 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 299 aa  159  8e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  30.61 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  27.3 
 
 		 361 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 348 aa  154  1e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 341 aa  152  8e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 326 aa  150  2e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 332 aa  149  5e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  29.12 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 		 360 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 342 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  30.3 
 
 		 336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  31.73 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  32.42 
 
 		 327 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 330 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  27.55 
 
 		 340 aa  145  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  25.09 
 
 		 336 aa  143  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  26.55 
 
 		 330 aa  144  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 333 aa  142  5e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 330 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 335 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 320 aa  139  3.9999999999999997e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  30.4 
 
 		 347 aa  139  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 322 aa  137  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  28.76 
 
 		 345 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 		 344 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 329 aa  136  4e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 338 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 351 aa  134  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  27.35 
 
 		 331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 337 aa  132  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  30.73 
 
 		 347 aa  132  6e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  27.24 
 
 		 331 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  30.28 
 
 		 347 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  30.28 
 
 		 347 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 341 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  30.53 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 335 aa  127  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 342 aa  127  3e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 322 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 331 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  25.89 
 
 		 338 aa  123  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  26.89 
 
 		 334 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2955  transcriptional regulator, AraC family  26.37 
 
 		 317 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.012422  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  24.81 
 
 		 338 aa  120  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  25.33 
 
 		 319 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 387 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  23 
 
 		 313 aa  119  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2667  DarR  26.67 
 
 		 374 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2740  transcriptional activator FtrA  25.74 
 
 		 317 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1704  transcriptional regulator, AraC family  26.8 
 
 		 362 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5976  transcriptional regulator  25.93 
 
 		 325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.557743  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5796  transcriptional regulator, AraC family  25.17 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0231  AraC family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 343 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0955  DarR  26.27 
 
 		 369 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1414  AraC family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 346 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0268  AraC family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 346 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2526  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 369 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374888  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1610  AraC family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 346 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  24.48 
 
 		 361 aa  116  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2695  transcriptional regulator, AraC family  29.39 
 
 		 344 aa  116  5e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.448661  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 344 aa  115  8.999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2578  AraC family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>