More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5796 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5796  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
317 aa  635    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  60.95 
 
 
319 aa  384  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3465  transcriptional regulator, AraC family  55.24 
 
 
327 aa  341  1e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3129  transcriptional regulator, AraC family  55.24 
 
 
328 aa  324  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.554919  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  50.16 
 
 
341 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6986  transcriptional regulator, AraC family  52.38 
 
 
356 aa  311  6.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.667581  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  52.52 
 
 
322 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6979  transcriptional regulator, AraC family  50.16 
 
 
319 aa  301  1e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2287  transcriptional regulator, AraC family  53.48 
 
 
328 aa  300  3e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322568  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1145  AraC family transcriptional regulator  55.87 
 
 
326 aa  298  1e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.480921  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5748  AraC family transcriptional regulator  51.6 
 
 
321 aa  297  2e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.389978  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4827  transcriptional regulator, AraC family  53.85 
 
 
319 aa  296  3e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3004  transcriptional regulator  48.88 
 
 
319 aa  295  6e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000291789  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1481  transcriptional regulator, AraC family  53.31 
 
 
321 aa  294  2e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5992  AraC family transcriptional regulator  51.6 
 
 
348 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  normal  0.755382 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  51.41 
 
 
324 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  51.1 
 
 
324 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  46.03 
 
 
331 aa  293  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  51.1 
 
 
324 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 
322 aa  288  7e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1836  transcriptional regulator  48.26 
 
 
327 aa  288  9e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4246  AraC family transcriptional regulator  48.24 
 
 
319 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5842  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 
321 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6209  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 
321 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00677646 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6612  transcriptional regulator  50 
 
 
341 aa  286  5e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5085  transcriptional regulator, AraC family  45.71 
 
 
358 aa  285  9e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.145128  normal  0.0831016 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1880  AraC family transcriptional regulator  53.21 
 
 
327 aa  284  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1615  transcriptional regulator  48.74 
 
 
333 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  50 
 
 
334 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6685  AraC family transcriptional regulator  49.36 
 
 
321 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal  0.261527 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5330  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 
325 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0697804 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  45.4 
 
 
341 aa  278  6e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2578  AraC family transcriptional regulator  50.63 
 
 
322 aa  278  8e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  51.42 
 
 
387 aa  278  1e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  49.37 
 
 
338 aa  277  2e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5399  transcriptional regulator  47.13 
 
 
321 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654414  hitchhiker  0.00149287 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5148  AraC family transcriptional regulator  52.85 
 
 
328 aa  271  1e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0642429  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5819  transcriptional regulator  48.75 
 
 
338 aa  268  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321081  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1704  transcriptional regulator, AraC family  47.24 
 
 
362 aa  267  2e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1848  transcriptional regulator, AraC family  48.74 
 
 
338 aa  266  4e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.172735  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  46.23 
 
 
344 aa  266  5e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2667  DarR  51.74 
 
 
374 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2518  transcriptional regulator, AraC family  46.01 
 
 
336 aa  265  8.999999999999999e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.179818 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1414  AraC family transcriptional regulator  51.1 
 
 
346 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2526  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  51.42 
 
 
369 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374888  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1023  AraC family transcription regulator  46.23 
 
 
345 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.243872  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0955  DarR  51.42 
 
 
369 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1956  transcriptional regulator  44.59 
 
 
316 aa  265  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0268  AraC family transcriptional regulator  51.1 
 
 
346 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1610  AraC family transcriptional regulator  51.1 
 
 
346 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  46.23 
 
 
344 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  46.23 
 
 
344 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0231  AraC family transcriptional regulator  51.1 
 
 
343 aa  264  2e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1617  transcriptional regulator  43.59 
 
 
344 aa  263  3e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2196  transcriptional regulator  46.34 
 
 
334 aa  263  3e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0323  AraC family transcriptional regulator  45.91 
 
 
344 aa  262  6e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  45.91 
 
 
344 aa  262  6e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0069  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  45.91 
 
 
344 aa  262  6e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0621  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  45.91 
 
 
344 aa  262  6e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.627949  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  48.74 
 
 
338 aa  261  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1652  AraC family transcriptional regulator  50.8 
 
 
327 aa  261  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.193118 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  41.01 
 
 
361 aa  259  3e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2043  transcriptional regulator, AraC family  45.96 
 
 
330 aa  259  5.0000000000000005e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.437  normal  0.109712 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5675  transcriptional regulator, AraC family  48.56 
 
 
320 aa  258  1e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  44.01 
 
 
338 aa  257  2e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  43.93 
 
 
336 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2808  transcriptional regulator, AraC family  42.45 
 
 
330 aa  253  4.0000000000000004e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.627946  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2640  AraC family transcriptional regulator  43.08 
 
 
329 aa  252  5.000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708344  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5976  transcriptional regulator  42.9 
 
 
325 aa  250  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.557743  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1581  transcriptional regulator  45.6 
 
 
335 aa  248  1e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0522474  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0160  transcriptional regulator, AraC family  46.54 
 
 
323 aa  247  2e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0641212  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5246  transcriptional regulator, AraC family  42.95 
 
 
331 aa  246  4e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.893549 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2415  AraC family transcriptional regulator  44.38 
 
 
345 aa  245  6e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2747  transcriptional regulator  44.97 
 
 
338 aa  245  8e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2502  transcriptional regulator, AraC family  43.21 
 
 
327 aa  244  9.999999999999999e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4876  AraC family transcriptional regulator  50.48 
 
 
321 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395791  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0573  transcriptional regulator  43.67 
 
 
342 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0972711  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2453  transcriptional regulator  43.12 
 
 
339 aa  242  7e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1645  transcriptional regulator AraC family  45.65 
 
 
327 aa  241  9e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3465  transcriptional regulator  43.3 
 
 
341 aa  241  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40600  putative transcriptional regulator  43.21 
 
 
334 aa  241  1e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  41.69 
 
 
334 aa  241  1e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3442  putative transcriptional regulator  42.59 
 
 
334 aa  240  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5155  AraC family transcriptional regulator  40.89 
 
 
348 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.976904 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0113  transcriptional regulator, AraC family  39.5 
 
 
354 aa  239  4e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5245  AraC family transcriptional regulator  40.58 
 
 
328 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.608948  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2164  transcriptional regulator  44.17 
 
 
340 aa  238  8e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.124166  normal  0.0201995 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0468  AraC family transcriptional regulator  47.5 
 
 
357 aa  238  9e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3889  transcriptional regulator, AraC family  43.77 
 
 
311 aa  237  2e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.363483 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4002  transcriptional regulator, AraC family  43.77 
 
 
311 aa  237  2e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474244  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1088  transcriptional regulator, AraC family  42.99 
 
 
332 aa  236  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1772  AraC family transcriptional regulator  43.67 
 
 
321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2061  AraC family transcriptional regulator  43.67 
 
 
321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.284962  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1055  AraC family transcriptional regulator  43.67 
 
 
321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0776  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  43.67 
 
 
321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4095  AraC family transcriptional regulator  44.62 
 
 
336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0687  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  43.67 
 
 
321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4745  AraC family transcriptional regulator  44.62 
 
 
336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0762  AraC family transcriptional regulator  43.67 
 
 
321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3422  AraC family transcriptional regulator  44.62 
 
 
336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>