More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1182 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 324 aa  672    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  57.05 
 
 		 339 aa  389  1e-107  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  55.94 
 
 		 332 aa  370  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  49.06 
 
 		 320 aa  313  1.9999999999999998e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  39.01 
 
 		 326 aa  251  9.000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  40.13 
 
 		 321 aa  245  6e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 		 326 aa  241  9e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40 
 
 		 327 aa  241  2e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39.74 
 
 		 327 aa  237  2e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.73 
 
 		 326 aa  236  4e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  37.38 
 
 		 324 aa  233  2.0000000000000002e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  37.08 
 
 		 326 aa  231  2e-59  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  36.57 
 
 		 322 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.17 
 
 		 325 aa  218  8.999999999999998e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.81 
 
 		 323 aa  218  1e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  35.39 
 
 		 326 aa  216  5e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.73 
 
 		 293 aa  215  9.999999999999999e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  38.15 
 
 		 324 aa  188  8e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  38.84 
 
 		 330 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 324 aa  176  4e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 341 aa  172  6.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 285 aa  167  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  36.05 
 
 		 325 aa  166  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  36.55 
 
 		 329 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 332 aa  163  3e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  30.06 
 
 		 331 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 326 aa  161  1e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 348 aa  160  2e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  30.03 
 
 		 360 aa  161  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 335 aa  160  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  36.56 
 
 		 345 aa  160  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  36 
 
 		 337 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  30.45 
 
 		 347 aa  160  4e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  28.92 
 
 		 347 aa  159  4e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  32.59 
 
 		 336 aa  159  9e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  31.63 
 
 		 336 aa  157  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  29.87 
 
 		 340 aa  157  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  30.16 
 
 		 361 aa  157  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  28.61 
 
 		 347 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 343 aa  156  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 333 aa  155  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 306 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  34.14 
 
 		 344 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 334 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  34.27 
 
 		 334 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  29.65 
 
 		 327 aa  153  5e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 336 aa  152  7e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  33.46 
 
 		 334 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 331 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  31.6 
 
 		 320 aa  150  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  28.92 
 
 		 341 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 337 aa  149  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 331 aa  149  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 335 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 347 aa  146  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  29.85 
 
 		 320 aa  144  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  34.36 
 
 		 330 aa  143  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 322 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  33.19 
 
 		 351 aa  143  4e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  32.68 
 
 		 332 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  28.92 
 
 		 331 aa  142  7e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 299 aa  142  9e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  26.3 
 
 		 361 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 338 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 330 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1848  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 338 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.172735  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 329 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 330 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 344 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 344 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1023  AraC family transcription regulator  25 
 
 		 345 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.243872  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 344 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 336 aa  133  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 344 aa  133  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2856  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 314 aa  133  5e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5155  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 348 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.976904 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 316 aa  132  6.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5245  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 328 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.608948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  30.62 
 
 		 341 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  29.1 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5976  transcriptional regulator  26.23 
 
 		 325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.557743  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 333 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 328 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0323  AraC family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0621  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  24.69 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.627949  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  24.69 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0069  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  24.69 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4043  transcriptional regulator, AraC family  29.12 
 
 		 321 aa  130  3e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1956  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1836  transcriptional regulator  26.98 
 
 		 327 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  33.86 
 
 		 319 aa  129  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  26.22 
 
 		 319 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  26.5 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>