More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_3003 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_3003  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 240 aa  495  1e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723875 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  72.57 
 
 		 241 aa  370  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01433  transcriptional regulator  55.56 
 
 		 242 aa  276  3e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.738294  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4130  putative transcriptional regulator  44.59 
 
 		 265 aa  202  4e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3416  AraC family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 279 aa  201  7e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0904858  normal  0.667905 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4961  AraC family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 264 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0263791 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3060  AraC family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 264 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5196  AraC family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 264 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.82206  normal  0.599062 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4668  AraC family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 264 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.622787 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5307  AraC family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 264 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0341  AraC family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.729431 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2063  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 311 aa  196  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1415  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 290 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.172682  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1891  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 294 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0477  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 290 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.555067  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0885  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 290 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0574  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 290 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.389496  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2199  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 290 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4602  AraC family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 279 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0287774  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2310  AraC family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 256 aa  194  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.141971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1287  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 260 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.400393 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47910  putative transcriptional regulator  44.19 
 
 		 224 aa  193  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00926121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4131  AraC family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 260 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2498  AraC family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 245 aa  192  4e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4671  AraC family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 279 aa  191  7e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4563  transcriptional regulator, AraC family  39.91 
 
 		 255 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0238722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0878  AraC family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776666  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1839  AraC family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 281 aa  184  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 267 aa  146  3e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1669  PAS fold-4 domain protein  36.67 
 
 		 261 aa  142  7e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 248 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2851  transcriptional regulator with PAS/PAC sensors, AraC family  38.43 
 
 		 256 aa  134  9.999999999999999e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.595855 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  30.17 
 
 		 255 aa  129  4.0000000000000003e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  41.84 
 
 		 287 aa  79  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  41.76 
 
 		 284 aa  76.6  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 285 aa  75.1  0.0000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  39.39 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  37.04 
 
 		 278 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 278 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  37.04 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  37.04 
 
 		 278 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  37.04 
 
 		 278 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  37.04 
 
 		 278 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  37.04 
 
 		 278 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0773  AraC family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 237 aa  70.5  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  37.04 
 
 		 278 aa  70.5  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  40.2 
 
 		 273 aa  70.1  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  36.11 
 
 		 278 aa  69.3  0.00000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 328 aa  66.6  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  37.37 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  37.37 
 
 		 278 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  37.37 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  37.37 
 
 		 278 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  37.37 
 
 		 278 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 295 aa  65.5  0.0000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 		 278 aa  65.1  0.0000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4787  sensory box putative digualylate cyclase  29.25 
 
 		 292 aa  65.1  0.0000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243221  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  36.73 
 
 		 286 aa  65.1  0.0000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1355  transcriptional regulator, AraC family  27.43 
 
 		 303 aa  65.1  0.0000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000118066  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5582  transcriptional regulator, AraC family  41.3 
 
 		 272 aa  65.1  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 366 aa  64.7  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  27.35 
 
 		 266 aa  65.1  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0967  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.56 
 
 		 1004 aa  64.3  0.000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 313 aa  64.3  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 1201 aa  63.9  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 282 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  30.51 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 157 aa  63.5  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 345 aa  63.5  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0910  helix-turn-helix, AraC type  38 
 
 		 243 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 316 aa  63.2  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0771  transcriptional regulator, AraC family  34.4 
 
 		 303 aa  63.2  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.594317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 		 272 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1421  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 277 aa  62.8  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  38.14 
 
 		 273 aa  62.8  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  38.14 
 
 		 273 aa  62.8  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  38.14 
 
 		 273 aa  62.8  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 331 aa  62.4  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 304 aa  62  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1619  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.31 
 
 		 286 aa  61.2  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0667714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 196 aa  61.6  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2604  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 		 1254 aa  61.2  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.545668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0818  AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 293 aa  61.6  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  32.73 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1881  transcriptional regulator, AraC family  36.28 
 
 		 305 aa  61.6  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0117859 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 279 aa  61.6  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 401 aa  61.2  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 274 aa  61.6  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  31.19 
 
 		 280 aa  60.8  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.98 
 
 		 986 aa  60.5  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 300 aa  60.8  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0694  transcriptional regulator, AraC family  35.19 
 
 		 303 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.78426 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  35.35 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  35.87 
 
 		 304 aa  60.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 319 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 355 aa  60.5  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>