More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3439 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 282 aa  577  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2324  AraC family transcriptional regulator  95.39 
 
 		 282 aa  547  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  87.64 
 
 		 260 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2434  AraC family transcriptional regulator  77.13 
 
 		 273 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2165  AraC family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 277 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2505  transcriptional regulator, AraC family  50.76 
 
 		 277 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470919  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1385  AraC family transcriptional regulator  49.24 
 
 		 272 aa  248  1e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.791872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0033  transcriptional regulator, AraC family  47.39 
 
 		 281 aa  239  5e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  48.9 
 
 		 280 aa  236  4e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3237  AraC family transcriptional regulator  46.47 
 
 		 281 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601996 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4280  AraC family transcriptional regulator  45.72 
 
 		 281 aa  229  6e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.682937 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4318  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 272 aa  228  1e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103262  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1732  AraC family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 281 aa  227  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4086  AraC family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 281 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3705  AraC family transcriptional regulator  44.73 
 
 		 282 aa  223  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4183  AraC family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 282 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.43701  normal  0.806695 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3855  AraC family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 285 aa  217  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0043  AraC family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 266 aa  172  7.999999999999999e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1665  transcriptional regulator, AraC family  37.27 
 
 		 271 aa  166  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.127281  normal  0.0761778 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  33.96 
 
 		 280 aa  165  9e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2723  AraC family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 273 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0671245 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 271 aa  155  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2799  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 269 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0653395  normal  0.0991111 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2657  AraC family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 269 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3022  AraC family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 269 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.179069 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1906  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2167  AraC family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 261 aa  135  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.241927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 273 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 279 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4856  negative transcriptional regulator of cel operon  31.91 
 
 		 271 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4782  negative transcriptional regulator of cel operon  31.91 
 
 		 271 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0663748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2911  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 277 aa  125  6e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4141  helix-turn-helix domain-containing protein  28.83 
 
 		 278 aa  123  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000207295  hitchhiker  0.0000292463 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2399  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 277 aa  122  9e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 274 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1551  transcriptional regulator, AraC family  27.61 
 
 		 281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0918  transcriptional regulator, AraC family  32.72 
 
 		 283 aa  112  7.000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473523  normal  0.595819 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 278 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 285 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 278 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7070  transcriptional regulator AraC family  29.63 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2950  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 268 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0105763  normal  0.912836 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 278 aa  106  4e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 278 aa  105  7e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0617  AraC family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 273 aa  104  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0294699 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3802  AraC family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 264 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00614706 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  27.57 
 
 		 275 aa  105  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 278 aa  103  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 279 aa  103  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 278 aa  103  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 279 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2348  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 277 aa  103  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2692  transcriptional regulator, AraC family  32.51 
 
 		 268 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 266 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 276 aa  102  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 284 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 278 aa  102  9e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  27.6 
 
 		 278 aa  100  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 278 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 278 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  26.23 
 
 		 275 aa  100  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3557  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 269 aa  99.4  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 276 aa  99.4  6e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 300 aa  99  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  27.05 
 
 		 271 aa  99  8e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 278 aa  98.6  9e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01763  transcription regulator protein  29.69 
 
 		 274 aa  98.2  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.246898 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 277 aa  98.6  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3359  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 285 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4183  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 264 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.928352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5008  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 285 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.896385 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 278 aa  97.8  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1472  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 269 aa  98.2  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5279  AraC family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 285 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0007  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 272 aa  96.7  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0586  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 276 aa  96.7  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0688  transcriptional regulator, AraC family  26.91 
 
 		 280 aa  96.7  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0667  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 280 aa  96.3  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3367  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 276 aa  96.3  5e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5582  transcriptional regulator, AraC family  28.96 
 
 		 272 aa  96.3  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3537  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 276 aa  96.3  5e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4705  AraC family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 264 aa  95.9  7e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.974796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0698  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 280 aa  95.5  8e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3689  AraC family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 280 aa  95.5  8e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5726  transcriptional regulator, AraC family  30.98 
 
 		 286 aa  95.1  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2371  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 263 aa  94.7  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0360277  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4319  transcriptional regulator, AraC family  31.15 
 
 		 259 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15706 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  31.9 
 
 		 284 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4246  AraC family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 273 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4394  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 266 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.140673 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3068  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 276 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.210951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4209  transcriptional regulator, AraC family  31.15 
 
 		 275 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0776695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6122  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 280 aa  94  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0193396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4452  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 275 aa  94  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.686924 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0766  AraC/XylS family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 273 aa  94  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0693  AraC family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 276 aa  93.6  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0516  putative transcriptional regulator  28.63 
 
 		 264 aa  94  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>