More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_03791 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  100 
 
 
278 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  99.64 
 
 
278 aa  571  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  99.64 
 
 
278 aa  571  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  100 
 
 
278 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  99.64 
 
 
278 aa  571  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  98.92 
 
 
278 aa  568  1e-161  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  99.28 
 
 
278 aa  568  1e-161  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  99.28 
 
 
278 aa  568  1e-161  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  98.92 
 
 
278 aa  566  1e-160  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.082999 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  82.73 
 
 
278 aa  464  9.999999999999999e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  82.73 
 
 
278 aa  463  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  82.37 
 
 
278 aa  462  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  82.73 
 
 
278 aa  463  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  82.73 
 
 
278 aa  462  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  82.01 
 
 
278 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  60 
 
 
273 aa  344  8.999999999999999e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  60 
 
 
273 aa  344  8.999999999999999e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  60 
 
 
273 aa  344  1e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3484  transcriptional activator RhaS  53.14 
 
 
281 aa  284  1.0000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0500  transcriptional activator RhaS  52.03 
 
 
279 aa  275  5e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3608  transcriptional activator RhaS  52.03 
 
 
278 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0421  transcriptional activator RhaS  50.92 
 
 
279 aa  271  8.000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4065  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 
282 aa  179  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.209723  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  37.41 
 
 
296 aa  175  8e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3841  transcriptional activator RhaR  36.76 
 
 
290 aa  175  9e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0738  transcriptional activator RhaR  36.76 
 
 
290 aa  175  9e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0386443 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3753  transcriptional activator RhaR  36.4 
 
 
290 aa  172  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.890732  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  33.58 
 
 
282 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  35.38 
 
 
312 aa  169  7e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  35.38 
 
 
312 aa  169  7e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  35.71 
 
 
312 aa  168  7e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4378  transcriptional activator RhaR  33.95 
 
 
282 aa  168  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4263  transcriptional activator RhaR  33.58 
 
 
282 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  35.71 
 
 
312 aa  168  9e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 
312 aa  167  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  33.58 
 
 
282 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  35.71 
 
 
312 aa  167  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  35.71 
 
 
312 aa  167  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4292  transcriptional activator RhaR  33.58 
 
 
282 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  35.71 
 
 
312 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  35.34 
 
 
312 aa  166  5e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0471375 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3607  transcriptional regulator, AraC family  35.19 
 
 
284 aa  150  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0501  transcriptional regulator, AraC family  35.93 
 
 
284 aa  149  6e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0422  transcriptional regulator, AraC family  36.3 
 
 
284 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.205512  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 
273 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2057  AraC family transcriptional regulator  24.3 
 
 
293 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.227096  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  41.3 
 
 
330 aa  80.5  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 
361 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4153  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 
309 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.24804 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0116  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 
351 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  23.34 
 
 
300 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  39.78 
 
 
331 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 
336 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  31.9 
 
 
367 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 
367 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  37.04 
 
 
241 aa  75.5  0.0000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  38.71 
 
 
334 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 
329 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2425  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 
301 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.989434  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  33.33 
 
 
316 aa  74.7  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 
334 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3442  putative transcriptional regulator  29.94 
 
 
334 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40600  putative transcriptional regulator  29.94 
 
 
334 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  32.46 
 
 
364 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 
306 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  38.71 
 
 
334 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 
334 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  38.71 
 
 
332 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  40.43 
 
 
360 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  37.63 
 
 
291 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  35.2 
 
 
345 aa  74.3  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 
368 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 
368 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1856  transcriptional regulator, AraC family  30.5 
 
 
320 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.922042  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 
328 aa  73.9  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  39.36 
 
 
360 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2164  transcriptional regulator  28.98 
 
 
340 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.124166  normal  0.0201995 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  29.63 
 
 
537 aa  73.2  0.000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  28.86 
 
 
263 aa  73.2  0.000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 
299 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3270  AraC-like transcriptional regulator  33.67 
 
 
301 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 
316 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  36.56 
 
 
335 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 
322 aa  73.2  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  40.86 
 
 
325 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 
309 aa  73.2  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  31.86 
 
 
367 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  38.3 
 
 
338 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  31.86 
 
 
367 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2050  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 
284 aa  72.8  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.192935  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 
368 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 
368 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0309  transcriptional regulator  38.95 
 
 
320 aa  72.8  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.312356  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2070  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 
301 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  32.54 
 
 
336 aa  72.4  0.000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  35.78 
 
 
353 aa  72.4  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  31.86 
 
 
367 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 
361 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  22.39 
 
 
293 aa  72  0.000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3072  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 
301 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.675846  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>