More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7634 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  100 
 
 		 304 aa  630  1e-179  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  60.69 
 
 		 299 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  55.67 
 
 		 353 aa  333  3e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 292 aa  188  8e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 		 300 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 292 aa  115  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  29.05 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 319 aa  112  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  28.36 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 361 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  27.05 
 
 		 331 aa  103  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 307 aa  102  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  32.37 
 
 		 287 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3089  helix-turn-helix domain-containing protein  31.42 
 
 		 297 aa  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  28.83 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 287 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  32.54 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  32.64 
 
 		 322 aa  98.2  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 289 aa  95.9  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 301 aa  95.9  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 296 aa  95.9  8e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 299 aa  95.5  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  32.16 
 
 		 301 aa  95.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 299 aa  94.7  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 		 308 aa  94  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  30.63 
 
 		 291 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  29.22 
 
 		 293 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  26.35 
 
 		 301 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  35.23 
 
 		 312 aa  93.6  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  30.05 
 
 		 291 aa  93.2  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  29.95 
 
 		 278 aa  93.2  5e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 312 aa  92  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 304 aa  92  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1881  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0117859 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 322 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 301 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 301 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 301 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 278 aa  90.1  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 293 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 305 aa  89.7  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  28.25 
 
 		 291 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  25.57 
 
 		 310 aa  89.4  7e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2981  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  32.76 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2337  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 289 aa  87.8  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000580503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5093  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  26.77 
 
 		 289 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 291 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3244  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 301 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 287 aa  87  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 305 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 305 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 296 aa  87  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 296 aa  86.7  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  28.43 
 
 		 295 aa  86.7  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  37.59 
 
 		 278 aa  86.3  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  27.54 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 293 aa  86.3  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  31.18 
 
 		 302 aa  85.9  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  27.5 
 
 		 272 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 303 aa  85.5  9e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 306 aa  85.5  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 		 294 aa  85.5  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 291 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  29.32 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  30.59 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  28.09 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5245  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 312 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  41.9 
 
 		 282 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1549  transcriptional regulator, AraC family  32.45 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0143415  hitchhiker  0.00302933 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0816  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 319 aa  82.8  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 270 aa  82.8  0.000000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  27.18 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  29.23 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 327 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  32.16 
 
 		 325 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  41.58 
 
 		 284 aa  81.6  0.00000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6896  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 275 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.770331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 318 aa  81.6  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0608  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  27.37 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  31.79 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  40.59 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>