More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3975 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 302 aa  616  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 304 aa  263  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 305 aa  255  6e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 304 aa  235  8e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 306 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 300 aa  219  6e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 384 aa  218  7e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 300 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  41.46 
 
 		 306 aa  215  8e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  33.88 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 306 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  36.15 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  35.32 
 
 		 318 aa  116  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  31.28 
 
 		 336 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7140  AraC-like transcriptional regulator  36.36 
 
 		 174 aa  108  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  32.02 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  28.31 
 
 		 297 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  27.73 
 
 		 272 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  35.75 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  33.72 
 
 		 294 aa  99.4  7e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 307 aa  95.9  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 309 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  50.53 
 
 		 291 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  36.5 
 
 		 289 aa  93.2  4e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0608  AraC family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 305 aa  93.2  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  49.47 
 
 		 291 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 293 aa  92.4  7e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  30.05 
 
 		 316 aa  91.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 304 aa  92  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 353 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 327 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  42.62 
 
 		 291 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 291 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 299 aa  89  9e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 306 aa  89  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2973  AraC family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 127 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.947385  normal  0.597443 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 291 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  41.88 
 
 		 306 aa  87  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  35.51 
 
 		 294 aa  87.4  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 299 aa  86.7  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  31.18 
 
 		 304 aa  85.9  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 291 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 312 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  29.74 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 143 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  38.52 
 
 		 346 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3977  helix-turn-helix domain-containing protein  27.09 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  33.54 
 
 		 275 aa  82.4  0.000000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0228  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 123 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.654381 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  28.27 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  38.12 
 
 		 277 aa  81.3  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43580  putative transcriptional regulator  42.71 
 
 		 274 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.417491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 311 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 301 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 311 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  38.66 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 		 274 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  27.91 
 
 		 280 aa  79.3  0.00000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 332 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 276 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 291 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  30.19 
 
 		 291 aa  79  0.00000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2462  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 267 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177963  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 134 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  45.57 
 
 		 270 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 678 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 279 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  32.92 
 
 		 275 aa  79  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  49.41 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>