More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1960 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 143 aa  297  4e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  46.85 
 
 		 318 aa  116  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  47.62 
 
 		 126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2973  AraC family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 127 aa  110  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.947385  normal  0.597443 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  46.96 
 
 		 272 aa  107  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  47.12 
 
 		 297 aa  105  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0228  AraC family transcriptional regulator  49.57 
 
 		 123 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.654381 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 134 aa  103  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  49.53 
 
 		 120 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  99  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  99  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  99  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  44.17 
 
 		 180 aa  99.4  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 302 aa  94.4  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 302 aa  94  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  42.45 
 
 		 305 aa  93.6  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  93.6  8e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  37.98 
 
 		 305 aa  93.6  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 304 aa  92.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  41.28 
 
 		 306 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 304 aa  90.1  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 306 aa  89.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 306 aa  90.1  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 301 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 306 aa  90.1  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 311 aa  88.2  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 311 aa  88.6  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 311 aa  87.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 311 aa  87.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 306 aa  87.4  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 307 aa  87  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  39.69 
 
 		 291 aa  87  7e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 315 aa  87  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 315 aa  87  8e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 315 aa  87  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 332 aa  87  8e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 291 aa  86.7  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  40.52 
 
 		 202 aa  86.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 315 aa  86.7  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 223 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  33.61 
 
 		 306 aa  85.5  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  33.63 
 
 		 308 aa  84.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 308 aa  84.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  38.28 
 
 		 296 aa  84.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 251 aa  84.7  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 306 aa  84.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 678 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  35.51 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 		 282 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  40.78 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 316 aa  82  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  38.89 
 
 		 346 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  34.75 
 
 		 133 aa  81.3  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  37.86 
 
 		 294 aa  80.9  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 274 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 316 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 		 312 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  40.2 
 
 		 292 aa  80.1  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  37.14 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 384 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 316 aa  79.3  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  32.86 
 
 		 293 aa  79  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 291 aa  78.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3201  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 182 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0116989 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 322 aa  79.3  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0708  AraC family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 311 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0725  AraC family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 311 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.576949 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2555  AraC family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 311 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  37.14 
 
 		 293 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  37.14 
 
 		 291 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2224  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 278 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000575993  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 112 aa  77.4  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  35.59 
 
 		 295 aa  77  0.00000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  37.17 
 
 		 336 aa  76.3  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  37.08 
 
 		 331 aa  76.3  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 287 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 287 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 287 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  34.26 
 
 		 288 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 287 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 293 aa  76.3  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  36.11 
 
 		 324 aa  75.9  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 281 aa  74.7  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 281 aa  74.7  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  35.85 
 
 		 287 aa  75.1  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 304 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2387  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 209 aa  74.7  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0159935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 299 aa  73.9  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 293 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 290 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 292 aa  73.9  0.0000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  35.79 
 
 		 250 aa  73.9  0.0000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 327 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  37.76 
 
 		 160 aa  73.2  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 279 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>